背景
兩岸協定監督條例2013年6月兩岸簽署海峽兩岸服務貿易協定，政府立即將協定文本送請立法院備查，後經立法院朝野協商改為審查案，但歷經3個會期仍未審查通過。2014年3月17日下午立法院內政委員會召委張慶忠，將兩岸服貿協定排入聯席會審查，但朝野委員對會議召開有不同意見，張慶忠委員在一片混亂中，以無線麥克風逕行宣布完成服貿協定審查，並將協定送交院會存查，引發學生及公民團體反對，發起占領立法院的之活動，演變為太陽花學運。學生要求“先制定兩岸協定監督條例、再用其審查服貿”。3月28日，國民黨黨團召開記者會表示，“國民黨團今年提出監督4步驟，但社會大眾若認為要法制化，國民黨團不排除入法或修法。若政院願意提出修法，黨團尊重，但審查服貿與建立兩岸監督機制，是可以同步進行，不能有先後”。3月29日，馬英九總統召開中外記者會對此表示，已承諾，將促請朝野立委儘速完成兩岸協定監督機制的法制化，未來尚未簽訂或簽訂後尚未送到立法院的兩岸協定，都可藉由這個監督機制受到更周延的監督；但對於已經簽訂並且送到立法院審議的協定，可以同時進行審查，並行不悖，以免再走向委員會專案報告或召開公聽會的回頭路。3月31日，民進黨立法院黨團表示，民進黨團主張“本會期只有立法、沒有審查”，修正完成兩岸協定監督條例的專法，立法後再審服貿。馬英九總統則進一步表示，政府支持“兩岸協定監督機製法制化”，並希望立法院在本會期結束前能完成立法。4月1日，太陽花學運學生代表林飛帆、陳為廷認為，兩岸協定監督法制化為雙方共識，樂見陸委會將提出相關草案，呼籲馬總統承諾將各版草案儘速付委。
版本
4月3日，行政院提出“台灣地區與大陸地區訂定協定處理及監督條例”草案。內容
草案全文陸委會發布之新聞稿說明草案內容要點：
分四階段向立法院及社會大眾進行溝通以及諮詢：監督專法明定行政機關在辦理兩岸制度化協商時，應分別依“協商議題形成階段”、“協商議題業務溝通階段”、“協定簽署前階段”、“協定簽署後階段”等四個階段，向立法院及社會大眾進行溝通以及諮詢，所得意見作為未來談判參考。外界有批評行政院版內容不具備協定締結計畫，惟依草案第6條規定，於協商議題形成階段，行政機關應向立法院說明協商規劃初步內容、期程、範圍和目標，即為類似締結計畫的設計。
通過國安審查後才能繼續協商並簽署：監督專法建構兩岸協商議題之國家安全評估標準流程，要求協定的主管機關應將協商議題及內容，先進行國家安全評估，提報行政院跨部會審查，之後再提報國家安全會議進行複審，確保兩岸協定不會有危害國家安全之問題，才可以繼續辦理後續協商及協定簽署事宜。外界關切兩岸協定是否有完整的影響評估，也透過此一程式，要求相關機關就國防、外交、兩岸、產業、社會各層面提出衝擊與影響評估報告，並在通過審查後，向立法院及社會說明影響評估及因應方案。
明定兩岸協定審議及備查的相關程式：參考立法院職權行使法、司法院大法官解釋意旨，以及立法院議事前例，納入兩岸協定在立法院審議或備查的相關程式，與現行涉外條約及協定的處理流程一致，可以避免兩岸協定長期懸而不決。
明定協商原則、保密義務、利益迴避：監督專法中規定辦理兩岸協商的協商原則（對等、尊嚴、互惠、確保國家安全等），也規定參與協商的人員應負有的保密義務、利益衝突迴避義務。
批評
學運學生及公民團體召開記者會批評政院版草案:立法院對於兩岸協定只能包裹表決，全案通過或全案否決，一個字都不能修改。
立法院即使把備查改審議，3個月未完成審議，視為通過，“張慶忠條款”。
衝擊影響評估只有國安會國家安全審查，無民間、國會參與，虛應故事。
談判大致完成，木已成舟後，才開公聽會。
簽署前才向委員會做正式報告；在此之前，只與國會少數人私下溝通，是“只能聽報告的密室政治”。
資訊不公開，依舊黑箱。
無明訂人權保障，缺乏人權視野。
無衝擊影響之具體因應方案，弱勢保障不足。
無公投相關規定，違反國民主權原則。
進展
民進黨決定放行《兩岸協定監督條例》2015年04月20日21:39
民進黨下午召開重大議題協調會報討論“兩岸協定監督條例”，黨團與黨中央決定將之列為最優先法案，並送交明天的台民意機構程式委員會審查。民進黨希望本會期可以通過“兩岸協定監督條例”。
民進黨中央下午舉行重大議題會報，“兩岸協定監督條例”草案以及每周40小時工時進行討論，並進行沙盤推演。上周三，民進黨正式提名蔡英文參選2016，她誓言要推動“兩岸協定監督條例”立法，建立交流規範。兩岸監督條例被視為蔡英文實踐“維持兩岸現狀”的具體路徑圖，親自主持會議，包括總召柯建銘、陳其邁、鄭麗君等10多位民代參加，熱烈討論。
蔡英文會中做出兩點裁示，一、民進黨會全力來推動完成“兩岸協定監督條例”立法，為兩岸持續交流協商，建立周全規範，彌補現行作法的不足與缺失，特別是必須強化公民參與、資訊透明以及民意機構實質監督。
另外，有關每周40小時工時進行討論，民進黨認為，國際勞工組織提出“每周工作40小時為原則”，但是台灣的法定工時依舊維持“雙周84小時”，台行政部門雖然已研議修法，至今未能將勞基法修法版本送至台民意機構。
2017年3月，塵封3年的“兩岸協定監督條例”草案上周排入島內“立法院”的議程。
