成熟的雙孢蘑菇個體像一把撐開的小傘,它的組成器官分為子實體和菌絲體兩部分。菌絲體是有許多分枝狀的菌絲互相交織形成的密集的群體,呈蛛網狀。菌絲又可分為絨毛菌絲、線狀菌絲和索狀菌絲。在制種和培養料發菌過程中希望其絨毛狀菌絲生長旺盛,積累更多養分;出菇階段則要求形成線狀菌絲,才能結成子實體。越冬後,大部分絨毛狀菌絲、線狀菌絲已萎縮,而保留在土層中的索狀菌絲多,通過春菇調水後,能萌發成絨毛菌絲再發育成線狀菌絲,利於長菇,故要保護好,防止幹掉或受凍。
子實體由菌絲進一步分化發育而成,分菌蓋、菌褶、菌柄、菌膜、菌環、假菌根等部分。假菌根是著生於菌柄基部和覆土及培養料相接部位的根狀菌絲索。