拼音方案
拼音符號
通用拼音韻母：a、o、e、-i、-u
連韻：ai、ei、ao、ou、an、en(-in；-un；yun)、ang、eng(-ing；-ong；yong)、er
y,w,yu作為結合音—yan、wan、yuan的開頭使用。
特徵
通用拼音和漢語拼音有部分相似性，但是一些輔音不同。
差異
漢語拼音的q、x、zh為通用拼音的ci、si、jh。（所以通用拼音不用x和q）
在漢語拼音中代表空韻的i，在通用拼音中使用ih。所以漢語拼音的zhi、chi、shi、ri、zi、ci、si，在通用拼音中即改拼為jhih、chih、shih、rih、zih、cih、sih。
漢語拼音的en、eng，在通用拼音中，於以下情形拼法有所差異：
連韻eng接於韻母f-、w-（風、翁）拼音時之後，改拼成ong。
wen（文）改拼成wun。
yu及以其開頭的結合音，接於韻母ji-、ci-、si-之後，仍使用yu銜接韻母，完全不使用ü（在漢語拼音中音同“玉”），但韻母皆需將i去除。例如jyu（居）、syue（雪）、cyuan（全）
韻母ji-、ci-、si-與連韻yong結合時，去除韻母的i，但保留連韻的y。例如漢語拼音的yong（永）和jiong（窘），在通用拼音中即拼為yong（永）和jyong（窘）。
原本縮寫的iu（“六”的尾音）和ui（“灰”的尾音）回歸為iou和uei。（過去實際上不常如此拼寫，不過目前當局教育主管部門已統一規範。）
標記符號
聲調符號與注音符號相同：一聲沒有符號，輕聲有一點。
地名第二個漢字音節以a、o、e為首時，前面以短劃連線，如Da-an（大安）。除了地名，同個字中的音節也可以用短劃分開。例：漢語拼音的liánzìfú（連字元），通用拼音拼為lián-zìh-fú。
一般如果單詞的音節可能不明，也可以用撇號分開音節。例“Jian”難以看出是“吉安”或“簡”，可用“Ji'an”表記。
規範化
通用拼音20世紀90年代中期，台灣學者為了在科技文化、學術資料交流方面與世界接軌，便於國際化，信息化，經過長期醞釀，充分考慮，於1999年由台灣當局行政主管部門議決，採用大陸的漢語拼音法，並擬定於兩年後，將漢語拼音列為國小生的必修課程。當時，港澳各大報刊都報導了這一訊息。
2000年台灣大選之後，有少數人主張改變過去的決定，要求用通用拼音來取代漢語拼音，於是在台灣觸發了異常激烈的持續幾個月的引人注目的“拼音大戰”。當時，台灣以及海外的很多學者都是反對以通用拼音取代漢語拼音的。他們認為原計畫是經過許多專業人士的研究討論而作出的決定。漢語拼音方案目前世界通行，國際公認，採用它，便一通百通，在信息公路上可通行無阻，而通用拼音則從學理上看，尚不成熟，還有待檢驗，且目前無通用價值可言，採用它將陷入難以走出台灣的窘境。
優缺點
當初設計通用拼音的主要目的，是為了貼近台灣人的發音習慣，並去除漢語拼音中不符合英文讀寫習慣的聲母（x、q，因為x在英文中一般拼作ks、q拼作k）。對於完全沒有學習過漢語拼音的外籍人士而言，可能比較容易閱讀。但jh（相對於漢語拼音的zh）在英文中完全沒有此種拼法，導致發音的困難（漢語拼音的zh則在韋氏音標中有此音）。
去除了x、q，分別以s、c取代的結果，卻也造成s、c用於兩個以上聲母的情形，增加區分麻煩。例如，在漢語拼音中拼為xi的，在通用拼音中拼為si；但在漢語拼音中拼為si，在通用拼音中只好改拼為sih。看到s的時候必須根據後方的韻母去判斷。
漢語拼音、威妥瑪拼音中皆以連韻eng結尾的“風”、“瓮”音，在台灣普遍有念成連韻ong結尾的現象。通用拼音將feng、weng改拼為fong、wong，不過其他輔音（聲母）開頭的仍以eng結尾，因而存在拼法不一致的問題，學習者必須當作特例記憶。
2008年9月16日，台當局“行政院跨部會會議”通過相關主管部門的提案，確定未來中文譯音政策將改採漢語拼音，不再使用民進黨政府6年前決定的通用拼音。持續多年的兩岸“拼音大戰”，終於落下帷幕。
