背景
第一次侵日戰爭結束後，忽必烈認為日本人已領教了蒙古人的威力，遂再次派使者去日本要求臣服，但日本人很乾脆地將蒙古使者斬首。忽必烈自然不會忍氣吞聲，在統一中國之後，他便著手準備第二次海上入侵。軍隊由中國各地，蒙古和高麗招集至沿海地區接受登入作戰訓練，遠征軍的糧秣補給也源源不斷從全國各地徵集，同時高麗和中國東南沿海的造船廠也晝夜趕工，製造大小戰艦和運兵船。如此大規模的遠征準備自然無法保密，日本人嚴密偵視元帝國的動向，對即將到來的第二次“蒙古來襲”做了充足的戰爭準備。此時日本政局穩定，北條時宗對鎌倉幕府和日本各藩的控制遠勝以往，因此日本人能夠動用更多的人力物力抗擊入侵。幕府在九州徵用民夫於伯多灣一帶敵人最有可能登入的地區沿海灘構築了一道石牆，用以阻礙蒙古騎兵。當敵人進攻日期臨近時，北條宗盛和北條宗政分別率精銳武士軍開往本州和九州沿海地區布防，北條宗政的鎮西軍後來成為戰鬥的主力。同時九州各藩開始動員民兵，日本其他地區的武士也趕來參戰。
戰役經過
集結在伯多灣的蒙古·高麗艦隊六月上旬，南方艦隊抵達，兩支龐大艦隊在九州外海會合，之後元軍開始登入作戰，登入地點九龍山距上次戰爭主力部隊登入的地點不遠。這次遠征軍遇到了更頑強更有效的抵抗，日本軍隊以石牆為掩護，不斷擊退元軍的進攻，還伺機組織反衝鋒。日本人最成功的一次反擊擊潰了高麗軍主力，高麗軍統帥洪茶丘被俘殺，幾名蒙古高級指揮官也相繼陣亡。激烈的戰鬥持續了一個多月，遠征軍的損失已超過三分之一，但依然不能突破石牆。到七月下旬，元軍的糧草和箭已基本告罄，此時無論蒙古人還是日本人大概都以為這次戰爭的結局將和上次相同，會以元軍的撤退收場。
結果
八月一日，太平洋上突然颳起了猛烈的颶風，風暴持續四天，元軍南方艦隊的艦船基本被毀，北方艦隊的艦船也損失大半。北方艦隊剩餘的艦船搭載指揮官以及部分蒙古軍和高麗軍逃離戰場駛返高麗。南方軍的指揮官和部分高級官員眼看回天無術，也只得丟下大部隊，乘南方艦隊殘存的幾艘船逃離。此時九龍山的海灘上尚留有近十萬元軍，這些人失去了補給和退路，又無力突破日軍的防線，現在只得等死。三天后，日本人開始反攻，將殘存的元軍驅趕至一處名為八角島的狹窄地區，然後縱兵攻擊。元軍大部被殺，剩餘的兩萬多人作了俘虜。日本人按照蒙古人的標準把俘虜分四等，前三等，即蒙古人，色目人，女真人，高麗人和北方漢人全部被處死，四等的唐人，即南方漢人，免死後成為部民，就是奴隸。今天的伯多灣還有一座名為“元冠冢”的小山，據說是當年元軍將士的集體墓地。
在這次慘敗中，南方軍只有三名士兵逃脫，他們拼湊了一 艘小船，幸運地漂回中國。忽必烈透過這三位倖存者終於知道了戰敗的真相，此次戰爭的副統帥范文虎被斬首，其他官員也受到不同程度的處罰。
