企業為職工代扣代繳個人所得稅有兩種情況：一種是職工自己承擔個人所得稅，企業只負有扣繳義務，另一種是企業既承擔稅款，又負有扣繳義務。舉例說明如下：
一、企業作為個人所得稅的扣繳義務人，應按規定扣繳該職工應繳納的個人所得稅。代扣個人所得稅時，借記“應付工資”科目，貸記“應交稅金—代扣代繳個人所得稅”科目。
例：某企業為職工張某發放9月份工資3000元。稅款（205元）由張某自己承擔，企業負責代扣代繳。
借：應付工資 3000
貸：現金 2795
應交稅金-代扣代繳個人所得稅 205
二、企業為個人代付個人所得稅通常有兩種情況：一種是按照契約或者協定，納稅人應納的個人所得稅全部或者部分由企業負擔。這種情況通常是雙方自願行為。另一種是因企業未履行扣繳義務，個人所得稅由企業賠繳（舊征管法規定，扣繳義務人應扣未扣、應收未收稅款的，可以由扣繳義務人賠繳。但是從2001年5月1日開始，新征管法規定稅務機關向納稅人追繳稅款，對扣繳義務人處以罰款）。
由於個人所得稅是對取得應稅收入的個人徵收的一種稅，其稅款本應由個人負擔。企業代納稅人負擔的稅款屬於與企業經營活動無關的支出，應計入“營業外支出”科目。與之相適應，企業代負的個人所得稅也不得在企業所得稅前扣除，應全額調增應納稅所得額。
仍以上題為例：如果按照協定規定，張某的個人所得稅稅款由企業負擔。
在計算個人所得稅時，應將不含稅收入換算成含稅收入：應納稅所得額=（不含稅收入-800-速算扣除數）÷（1-稅率）=（3000-800-125）÷（1-15%）=2441.18（元）
應扣繳個人所得稅=2441.18×15%-125=241.18（元）
借：營業外支出 241.18
貸：應付工資 241.18
發放工資：
借：應付工資 3241.18
貸： 銀行存款/現金 3000
應交稅金-代扣代繳個人所得稅 241.18
如果對該扣繳義務人應扣未扣個人所得稅處以1倍的罰款：
借：營業外支出 241.18
貸：銀行存款/現金 241.18
