1937年,學校劃歸教育部管轄,改名國立交通大學。將原電機工程學院、機械工程學院、土木工程學院降格為三個系;原科學院改為理學院;管理學院則停辦。同年11月日軍占領上海,徐家匯校舍為日寇強占,我校遷入法租界,借震旦大學與中華學藝社部分房屋,繼續辦學。1940年,教育部批准設立交通大學重慶分校(渝校)。暫借重慶小龍坎無線電製造厂部分房屋辦學,同時在九龍坡建立校舍,建電機與機械二系。1941年,太平洋戰爭爆發,日寇占領上海租界,不久交大滬校被汪偽政權強行接管,在法國租界堅持辦學的大部分師生紛紛內遷渝校。1942年,教育部令渝校為國立交通大學本部,設土木、電機、機械、航空、管理五系,建成九龍坡校舍。1943年,增設造船、運輸管理、財務管理、工業管理四系及輪船、駕駛兩專科,籌建工科(電信)研究所。1944年,工科研究所首次招收研究生10名。1945年,渝校在校學生已達1340人,增設電信管理系與電信專科,而輪機與航海兩個專修科改為系(四年制)。抗日戰爭勝利後,渝校師生開始分期分批遷返上海。1946年5月復員工作順利完成,渝校1240餘名學生回到上海,滬校800餘名學生亦全部集中,共同匯合於徐家匯交大校園,恢復校名為國立交通大學,重建工學院(下設土木工程系、機械工程系、電機工程系、航空工程系、造船工程系、工業管理系、電信專修科、輪機專修科、航海專修科以及化學工程系、水利工程系、紡織工程系)、理學院(下設數、理、化三系)、管理學院(下設運輸管理系、財務管理系、電信管理系、航業管理系)三院體制。
1949年5月27日上海解放。6月15日,上海市軍管會任命唐守愚為軍代表接管交大,組成以吳有訓、陳石英先生為正副主任的19人校務委員會,交通大學從此迎來了一個新紀元。1950年學校建有理學院(下設數學系、物理學系、化學系)、管理學院(下設運輸管理系、財務管理系、電信管理系、航業管理系)、工學院(下設土木工程系、機械工程系、電機工程系、航空工程系、造船工程系、工業管理工程系、化學工程系、水利系、紡織工程系、輪機工程系)、電信專修科、電訊研究所等。教職工641人(其中教授110人、副教授39人、講師24人、助教116人),學生2795人,全校有黨員119人,團員847人。1951~1952年,華東教育部對我校的院、系進行了調整,調整後學校設7個系:機械製造系、動力機械製造系、運輸起重機械製造系、電工器材製造系、電力工程系、電信工程系、造船工程系。在此基礎上,陸續設定了機、電方面19個專業,形成了以機、電為基礎的多科性工業大學的規模。1953年,學校建立了以彭康為書記的黨委會,開始調整行政領導班子和行政組織機構,成立在校長領導下的校務委員會。開始公費派遣出國留學,當年派往蘇聯、東歐留學人員53人。
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