起源
南洋公學光緒22年（1896年）刑部左侍郎李端棻上奏《推廣學校》一折，建議自京師以及各省府州縣皆設學堂。10月，盛宣懷向清朝政府正式上奏《條陳自強大計折》，附奏《請設學堂片》，稟明兩江總督劉坤一，擬在上海捐地開辦南洋公學，經費由輪電兩局捐輸，聘請何嗣焜出任總理。12月得到光緒皇帝準允。至此，標誌南洋公學正式創立。因學堂地處南洋（當時稱江、浙、閩、廣等地為南洋），參考西方學堂經費“半由商民所捐，半由官助者為公學”，故定名為南洋公學。
南洋公學創始於徐家匯，即今上海交通大學所在的徐匯校區，時隸屬於招商局和電報局，設立了師範院、外院、中院和上院四院，盛宣懷任督辦。由於19世紀末天津發生義和團運動，因此北洋大學堂的師生被迫轉移到南洋公學繼續教學，1899年畢業生王寵惠於北洋大學（今天津大學）法律科獲得中國第一張大學文憑。
南洋公學因為地處上海租界，較少受戰火侵擾。
南洋公學的初創
在清廷的支持下，盛宣懷加緊了對南洋公學的籌備。不久，南洋公學在洋務運動的聲浪中誕生了。時任大理寺少卿盛宣懷親自擔任公學督辦，設總理（校長）1人，聘請他的同鄉何嗣焜擔任；設監院（西文總教習，相當於教務長）1人，聘請美國傳教士、前南京匯文書院（後改為金陵大學）院長福開森擔任；還任用了前梅溪書院負責人張煥綸為總教習（中文教務長）。同時，還設提調（協助教務長管理教習、教員的行政工作）1人，文牘員1人，庶務員1人，司會記1人，圖書兼備教習2人，醫生1人。學校遂開始運作起來了。
1897年1月26日，盛宣懷呈《開辦鐵路總公司並啟用關防折》與《籌建南洋公學及達成館舍》片，主要是關於經費的籌集問題。當日，光緒朱批：“該衙門知道，欽此。”
盛宣懷首立四院，分層設學。他十分重視基礎，把師範和國小放在學堂的首要地位。於1897年首先招收師範生，設立師範院，這是中國近代最早的新型師範學校，標誌著中國師範教育的開始。盛宣懷後又仿照日本師範學校有附屬國小校的做法，挑選了120名10歲—18歲的聰明幼童建立了外院。外院就是國小堂，由師範生分班教學。南洋公學外院是中國最早的公立新式國小。接著於1898年開辦二等學堂中院，等待條件成熟再開設頭等學堂大學。南洋公學是我國最早兼有師範、國小、中學、大學的完整教育體制的學校。它加速了延續一千三百多年的科舉制度對學校教育統治的滅亡，同時也為清廷2次學制的頒布提供了成功實例。
相關發展
南洋公學成立後幾經更名。1910年代後期改為南洋大學。之後又改為上海工業專門學堂。
1911年至1912年，唐文治掌校期間，曾把“郵傳部高等實業學堂”改名為“南洋大學堂”。
1920年（民國9年）12月，北洋政府交通總長葉恭綽以交通部所屬上海工業專門學校、北平鐵路管理學校、北平郵電學校、唐山工業專門學校四校散居各地，不便管理，於1921年統一學制，統稱交通大學。而分稱各校為交通大學上海學校（滬校）、北京學校（平校）、唐山學校（唐校），其中交通大學上海學校為總校。校慶4月8日也是取自交通要“四通八達”之意。
抗日戰爭時期，交通大學總部內遷到重慶，唐山分部和北平分部也內遷到貴州平越。
退學風潮
南洋公學由盛宣懷奏請創辦於1896年12月，教學內容以中國經史為主，嚴禁學生集會、議政，極力鉗制學生思想，甚至連改良派的《新民叢報》也在禁讀之列，學生對這種奴隸式教育素懷不滿。尤其是五班教習郭鎮瀛，不學無術，思想又特別反動，專以欺壓學生為能事，向來為學生所不滿。
1902年11月14日下午，郭鎮瀛去五班上國文課，發現座椅上有一個空墨水瓶，認為是學生故意同他過不去，便大發雷霆，責罵學生不敬師長。由於查不出事情到底是哪位同學所為，郭鎮瀛便妄加猜想，把事情定在伍正鈞等三名學生頭上。事後，郭鎮瀛便呈請校方開除三名學生，又以“匿不告”罪名要求給五班學生集體記過處分。訊息公布，五班全體學生不服，找到學堂總辦汪鳳藻辯護，要求辭退郭鎮瀛，收回開除、記過的成令。汪鳳藻非但不允，反以五班學生“聚眾開會，倡行革命”罪名將全班學生開除。汪鳳藻的這一舉措，引起全校學生公憤。各班學生群起抗議，即行罷課，200餘名學生一齊去見汪鳳藻。學生代表與汪鳳藻反覆論辯數小時，請求不要將五班學生全體開除，並以“全班去留爭之”。汪鳳藻惱羞成怒，堅持不允，還宣布：“五班已經開除，非諸生所能幹預，（他班學生）願去者聽！”聞聽此言，學生憤怒異常：“愚等奴隸教育，凡為國民，誰能堪之？我輩居此何為者？”於是南洋公學學生紛紛宣布退學，以示抗議。蔡元培十分同情學生，不願意他們學無所成，就各奔東西。他向公學當局據理力爭，要求考慮學生的合理要求，但未能奏效。他便憤然辭職，率領退學學生離開了學校。這次學潮，最終統計的退學學生名單，計有145人。
南洋公學學生集體退學後，在《蘇報》上列名發表《南洋公學退學意見書》，公開控訴反動的守舊教育制度。以南洋公學學潮為起點，東南各省學生退學、罷課、集會風起雲湧，被稱為“學界風潮”或“學界革命”。
為解決退學學生的學習問題，蔡元培積極奔走。他聯絡中國教育會的幾位負責人，請求同意收容退學學生。11月19日，中國教育會與退學學生集議張園，議決成立愛國學社。11月下旬，愛國學社在南京路泥城橋福源里正式成立，由蔡元培擔任總理，吳敬恆為學監，黃炎培、蔣智由、蔣維喬、章太炎等任教員。各地退學學生紛紛來到愛國學社繼續學習。1903年7月，愛國學社因受《蘇報》案牽連被迫解散，部分學生轉入震旦學院。
南洋公學退學風潮與當時如火如荼的愛國運動交相輝映，並為將愛國運動推向反清革命運動起到了很好的宣傳。
優良學風
當時交通大學的老師大部分是留美博士，水平很高。而交通大學對學生的管理也很嚴格，因此畢業生大都較為優秀。當時交通大學在世界上也享有極高的知名度。錢學森上海總校畢業後去美國麻省理工學院求學時，發現許多課程與在交通大學學習的完全一樣，要求免修得到批准。茅以升從交通大學唐山學院畢業去美國卡內基梅隆大學時，該校起初不承認交通大學唐校之學歷，故出題考核茅之水平，因為茅回答極為出色， 故該校後來決定從此對交通大學的留學生免試入學，後來茅以升成為卡耐基梅隆大學的第一位博士學位獲得者。王安從交通大學上海總校去美國哈佛大學時，由於抗戰沒有帶交大畢業證書和成績單，哈佛大學知道是交大畢業的，決定破格錄取。中華人民共和國原國家主席江澤民的簡歷顯示也是畢業於交通大學。
