建築布局
吐蕃時期建築
乃寧寺位於日喀則地區康馬縣南尼鄉，主要建築包括圍牆、佛堂、佛塔、歐子札倉、吉察札倉、曲康札倉、丁吉札倉、額古夏札倉、那布札倉等，均為夯土建築。圍牆南北長３８４米，東西寬１７０米，高５米，厚２米。東北角為一碉樓，僅存牆體。牆內建築分南北兩部分。
①南部。有佛堂、歐子札倉及３座靈塔等建築。佛堂坐西朝東，長２６米，寬１７米。佛堂西部為佛殿，東部為經堂。歐子札倉位於佛堂北部，坐西朝東，長３０米，寬２４米，其建築尚存。佛堂與歐子札倉間為３座靈塔。佛堂南側為該寺創始人阿羌甲?強拜桑布的墓地，原建有小型護法神殿，現存牆基。
②北部。有吉察札倉、丁吉札倉、曲康札倉、額古夏札倉、那布札倉和佛塔。５座札倉以佛塔為中心，佛塔在建築群中占有主導的地位，其建築風格與古印度寺院相一致。佛塔其結構為壇城狀。塔座方形，長、寬各１０米，高１米。塔身為圓盤狀，直徑９米，高１．５米。塔心長、寬各３米，高１．５米，上部已殘缺。佛塔東部為曲康札倉，占地面積３００平方米，現為廢墟。佛塔西部為額古夏札倉、那布札倉。額古夏札倉坐北朝南，是進深３間，面闊３間，高三層的夯土樓；那布札倉已成廢墟。佛塔南部為吉察札倉，坐南朝北，占地面積２ ４００平方米，有４座建築物，其中２座建築為進深４間，面闊４間，高三層的夯土樓。札倉內一面牆上殘存有釋迦牟尼坐像壁畫。佛塔北部為丁吉札倉，坐北朝南，高三層，面積１８０平方米。
宗喀巴時期建築
宗喀巴曾在該寺生活、講學，該時期建築主要包括１座佛殿和２座札倉。佛殿坐西朝東，長１７米，寬１５米。札倉位於佛殿北側，坐西朝東，長２５米，寬１９米，進深２間，開５間，夯土築成，共三層。２０世紀７０年代初期，佛殿和札倉被拆毀，僅留遺址。
色拉札倉，為拉薩色拉寺設在該寺的下屬札倉，位於吐蕃時期的佛殿南側。札倉為石砌建築，坐西朝東，南北長４３米，東西寬１５米，高二層，內有大小２０余間房。
１９世紀建築
主要包括１座佛殿和７座札倉，由拉薩下密院堪布雄奴奧所建。佛殿和札倉原作為康馬縣所建色丁寺僧眾往返拉薩等地，途中住宿念經之地，故稱“江如色丁”。佛殿坐西朝東，長３５米，寬１８米，占地面積６３０平方米。札倉中面積最大為４５０平方米，最小為１２６平方米。２０世紀７０年代被拆毀，已成廢墟。
十三世達賴時期建築
乃寧寺英雄故事
乃寧寺被後世敬仰，除了因為她是藏傳佛教著名寺廟、是八大藏戲之一的《朗薩雯波》的發祥地外，還因為這裡曾經發生過的“乃寧大血戰”。乃寧寺門廊入口處，一段文字訴說著當年的慘烈：
1904年6月，英軍入侵西藏江孜，乃寧寺地處英軍的軍需供應要道。英軍為奪取乃寧寺，與藏軍及寺廟喇嘛在乃寧寺烏孜大殿前發生激戰。乃寧寺的喇嘛、寺管會副主任平措日桑帶領記者來到當年發生血戰的烏孜大殿。平措日桑說，乃寧僧民協同前來保衛乃寧寺的800多名藏軍於6月25日開始，幾天時間內同以榮赫鵬為首的18600名英軍發生了兩次激戰。英勇的藏族軍民手拿藏槍土刀並肩奮戰，抵抗手握洋槍大炮的侵略軍。戰役中，英軍屢次受到慘重打擊。
平措日桑介紹了當年戰鬥的細節：由於乃寧寺圍牆堅固，上下兩層樓有許多射擊孔，加之藏兵把守大門，不易攻入，布置在兩山頭的藏軍，居高臨下，夾擊敵人，侵略軍死傷慘重。隨後，英軍又從東、南兩方向乃寧寺發起炮擊，緊接著集中兵力又一次猛攻乃寧寺。這次敵人調來步兵80餘人，繞道爬上乃寧寺後山，守衛乃寧寺後山的藏北“那倉六部”14名藏兵揮刀沖向山頭敵人，在奮勇殺傷數十名敵人後，全部壯烈犧牲。敵人在後山頭以密集的炮火掩護，工兵用炸藥把寺院圍牆炸開了一個缺口，大批英軍湧入寺內。
“聚集在大殿中的藏軍官兵奮勇衝殺，在烏孜大殿前與敵人展開肉搏，民兵首領阿達尼瑪扎巴舉刀一揮，將英軍將領則娜•色赫劈成兩斷，大挫英軍銳氣。”流傳在西藏的一首民歌唱道：“阿達工布(民兵首領)兵到了，英軍倒下去了，乃寧寺院裡面，成了血的海洋。”民歌所記述的就是這一次的血戰。
戰鬥的結局是這樣的：乃寧寺僧民雖奮勇抵抗，重挫敵軍，但因寡不敵眾最終全部陣亡。史料記載，英軍攻占乃寧寺後，進行了大屠殺，並將寺內文物洗劫一空，縱火焚燒了寺院。
大血戰雖發生在百年之前，但侵略者的罪證至今清晰。平措日桑指著烏孜大殿木門上的三四個彈孔說，“這些彈孔就是當年侵略軍留下的”。彈孔很深，猶如斧鑿一般，不難想像當年英軍的子彈重重打擊的情景。
作為對這段歷史的紀念，乃寧寺山門外矗立的一座巨石碑上，用鮮紅的色彩書寫著“乃寧寺大血戰英烈紀念碑”，用以悼念當年保家衛國英勇獻身的烈士們。
保護
寺內文物主要有題款為“大明永樂十年四月十四”的絹畫大明皇帝御製旃檀佛像、題款為“大明成化年制”的霽紅瓷杯、“佛傳故事”木雕等文物。乃寧寺是後藏地區一座古寺，其遺留下的各個時期的建築遺址對於研究西藏各時期寺廟建築的風格、布局、用材都具有十分寶貴的價值。１９９６年被列為自治區級文物保護單位。
現如今的乃寧寺是一處著名寺廟，還是西藏自治區第四批重點文物保護單位，根據西藏自治區發改委的介紹，該寺廟現已申報第七批中國全國重點文物保護單位。
為加強乃寧寺的保護管理，1996年自治區人民政府公布將乃寧寺列為第三批自治區級文物保護單位，並與2006年自治區黨委、政府決定將乃寧寺保護維修工程列入西藏“十一五”重點文物保護工程向國家申報，2007年1月，國務院常務會議原則通過《西藏自治區“十一五”規劃項目方案》，批准實施重點文物保護工程。
2010年9月29日，經中國政府撥款，西藏自治區在乃寧寺啟動乃寧寺保護維修工程，一期工程計畫用一年時間維修這座歷經血戰損毀和歲月侵蝕的古老寺廟。日喀則地區行署副專員普布桑珠在此間開工儀式上說，乃寧寺“彰顯了西藏各族兒女抵禦外侮、維護祖國統一的錚錚豪情”。
