成立背景及過程
中美特種技術合作所1941年12月7日，日本偷襲珍珠港成功，使美國最終參戰。美國與日本隔太平洋相望，打擊日本必須主要依靠海軍及空軍，掌握足夠的氣象、地理及軍情信息就成了重要的工作。而美國認為中國在地理位置上占有優勢，可以為美國提供這些信息。為了戰勝日本，美國必須要同中國的軍情機構合作，在中國成立一個軍事情治單位，為中美共同打擊日本提供相應情報。
1942年5月，美國海軍上校梅樂斯奉命來到中國，主要任務是“蒐集情報和騷擾日本”。在中國駐美武官蕭信如的幫助下，梅樂斯與軍統戴笠取得了聯繫，並就合作事宜進行了磋商。
1943年國中美雙方共同擬定了一份名為《中美合作所協定》的條約。中美合作所的成立得到了羅斯福和蔣介石的批准，成立於1943年4月15日。
《中美特種技術合作協定草案》第一條為：
“為中美兩國共同對日作戰，組織中美特種技術合作所（簡稱中美所），交換日軍海陸空軍事情報和蒐集中國大陸氣象情報，訓練游擊隊，挺進日軍後方，協助美軍在中國沿海登入作戰，共同迅速殲滅日寇。”
在1943年4月至1946年5月的中美合作所時期，白公館並未被用作監獄。它本是一個軍閥的別墅；1939年戴笠把它改成他的秘密警察（軍統）下的一個看守所。在1943年春中美合作所成立時，為了安置美國人，戴笠把白公館改為了招待所，稱為"中美合作第三招待所"。1946年底，中美合作所關閉之後，它才又重新被用作監獄。
《中美特種技術合作協定》也寫明了合作的目的是共同抗日。儘管在字面上並找不到任何其它涉及中國國內問題的內容，但中美所的主要工作，即培訓人員，在其主要課程中卻有大量的"特別"內容。除了如何收集政治、軍事、氣象等情報外，還有如何對政治犯實施有效的鎮壓手段，以及特種警察訓練等。
到了1944年下半年，美國出於中國戰場的作用隨著戰爭的進展日益減少的考慮和蘇聯答應出兵中國東北，美國對華政策終於明顯地轉向了扶蔣反共。中美所的主要作用也就總體上完全轉向反共。
其突出特點是把主要的人財物都放在培訓特種警察方面。培訓的主要內容除了偵察、審訊、指紋、痕跡、罪犯心理、化裝、拘捕和警犬使用等等以外，更注重各種實習工作，如刑事實驗、手槍射擊、機動車駕駛、爆破等。美方還提供一些最新的美國刑具供學員學習使用。戴笠欣賞美制手鐐腳銬，美方便立即贈送五千副給軍統。
蔣介石最感興趣的是中美特警班的美國刑事實驗室。因為這裡有美國最新式的各種審訊人犯用的刑具，和大批從美國運來的良種警犬。他每看到一樣新的刑具，問明了它的用途和功效後，總是連連點頭讚不絕口。這從一個側面說明了蔣介石一直希望借美國人之手達到安內的目的。但使蔣介石始料未及的是，這種大力發展特工組織的後果卻幫了倒忙。國共內戰時期國民黨特務橫行無忌，造成民怨沸騰，除了中共抨擊外，海內外民主力量及各階層人士也紛紛譴責蔣介石的特務暴行，中間人物轉而同情和支持中國共產黨的政治主張。
解放前夕在中美所駐地附近的白公館和渣滓洞的大屠殺中，許多烈士們手上和腳上都還帶著那些美制的鐐銬。雖然中美所存在期間並沒有以中美所的名義直接對共產黨人和其他民主進步人士進行過殘害，但中美所培養的警察特工以及提供的刑具，卻實實在在地成為了殘害共產黨人和其他民主進步人士的主要力量
歷史作用
1943年戴笠在中美合作所成立檔案上籤字按照成立時的約定，中美合作所的主要任務是：
擴大蒐集與交換情報，分呈兩國最高統帥部參考；嚴密布置東南沿海的敵後情報網，準備策應美軍登入；
布置中國全國氣象網，制定氣象預報，提供美國海、空軍參考；
偵譯敵方電訊、研究敵人動態；
加強情報通訊、爭取情報的時效，使能制敵機先；
擴大警特訓練，以達成防奸防諜，維護治安的任務；
開展心理作戰；
加強秘密破壞工作，摧毀敵人的軍事設施及軍用物資。
按照上述任務要求，中美合作所做了大量工作，為取得對日作戰勝利起到了重要作用。如中美合作所經過電訊偵測與密碼破譯，為美國準確提供了情報，使得美國空軍得以擊落日本海軍大將山本五十六的座機。中美合作所還建立了165座氣象台、通訊電台、觀測哨等，為作戰提供氣象信息，這些情報對美軍日後在太平洋上進攻日占島嶼和轟炸日本本土都起了重要作用。此外，中美合作所還對日進行了心理戰，如在中國淪陷區用秘密廣播進行干擾日本廣播並進行反宣傳，展開宣傳攻勢瓦解日軍士氣，或者加強抗戰宣傳，增強淪陷區中國人的信心。
對經濟戰方面的工作如印製汪精衛政權儲蓄券的假鈔偷運到淪陷區，擾亂當地金融，並大量收購日貨與淪陷區物資運回大後方等。中美合作所存續期間，美國特工部門主持在各地舉辦了22個特工訓練班，美軍為軍統提供了9000餘噸特工器材、武器彈藥和軍用物資，裝備了10萬餘名軍統人員，加強了中方對日作戰的能力。二戰結束後，美國的一份報告評價中美合作所的軍事及氣象信息“成為美國太平洋艦隊和在中國沿海的美潛艇攻擊敵海軍的惟一情報來源”。
與白公館、渣滓洞的關係
真實的中美合作所現在沒有證據顯示中美合作所和軍統的白公館、渣滓洞等監獄有組織上的關係，但是卻有證據顯示他們沒有關係。而不少人之所以將中美合作所等同於白公館及渣滓洞，主要是從《紅岩》等文藝作品得來的印象。
當時《紅岩》等中共文藝宣傳作品為了宣傳反對“美帝國主義”和中華民國，而將三者糅合在一起，這使得在1949年後，很多中國大陸人對中美合作所的主觀印象傾向負面。實際上，中美合作所的歷史隨著第二次世界大戰的結束而結束，中美特種技術合作所從未參與過國共爭端。不過，在白公館和渣滓洞裡對中共政治犯進行刑訊的一些軍統人員，確實是由中美合作所培養出來的。此外，由於中美合作所的主任是中共所深惡痛絕的軍統局領導人戴笠和不顧美國政府的意見而介入國共兩黨衝突且反共的梅樂斯，因此，美國左翼漢學家費正清對此有這樣的評論：
“中美合作所確實曾經部署過騷擾日軍後方的行動，並為美國海軍的登入做了準備。但中美合作所的弊端在於，當1945年國共內戰爆發時，它把美援全部用在了國民黨一邊。這就在客觀上意味著美國‘過早地’正式加入了反對中共的活動。這為中國共產黨所深惡痛絕，並完全有正當理由把它看作是美國帝國主義的不義行為。”
中國國民黨在撤守到台灣前，實施了對部分被關押的中共政治犯的集體處決，這被中共大肆宣傳為“中美合作所大屠殺”。而事實上關押政治犯的地方，是白公館和渣滓洞等地。所以，中美合作所背負了本不該承受的集中營惡名。
後來，又出現了中美合作所集中營這種誤稱。中美合作所集中營這個名字，最早見於1956年8月16日四川省人民委員會公布的一批文物保護單位的名單里。它主要指位於重慶西北郊歌樂山與磁器口之間，占地約5250畝的一片地區。事實上，中美合作所只在空間上和白公館、渣滓洞有部分空間上的重疊，時間上僅有很短時間的重疊，而且就時間和空間上的重疊來講，目前也沒有證據說明關押、刑訊政治犯和中共黨員與中美合作所有關係。
從調查浙江大學教授費鞏失蹤一案反推，中美合作所也不能幹預看守所的事務。費鞏於1944年春在重慶千廝門碼頭失蹤，當時很多人認為是被國民黨特工綁架，費鞏的同學等通過層層關係聯繫到了美國駐中印緬戰區司令魏德邁，魏德邁將此事交給任中美合作所副主任的梅樂斯來辦理。當有人假設美方有人提出要檢查看守所的時候，戴笠的態度是拒絕的。即中美合作所的美方主任梅樂斯親自指派都不能檢查看守所，可以說明中美合作所根本無權插手看守所事務。
中美合作所和看守所的關係僅僅是中美合作所曾經占用過白公館看守所當美方人員的住處。1939年底，軍統局以軍事委員會戰地工作服務團的名義，將重慶西北郊歌樂山下磁器口、五靈觀、楊家山一帶作為鄉下辦事處。在其中設立的看守所，是軍統將原四川軍閥白駒的香山別墅改建而成。中美合作所成立後，大批美國人來華，軍統將這個看守所遷址於附近的渣滓洞，而香山別墅改為中美合作所第三招待所。中美合作所解散後，白公館又改回看守所，渣滓洞暫時棄用。後來由於犯人增多，渣滓洞重新啟用。
在重慶當地人的口中，中美合作所是國共內戰結束後對軍統重慶繅絲廠地區的總名稱。而實際上這個地區多數都是軍統的機構，中美合作所只有機構本身和一個特警班，只占了少部分。
歷史評價
中美合作所是基於共同對日作戰的出發點而建立的，他是一個跨國軍事合作機構。客觀的講，其抗日的內容應視為中美反法西斯戰爭合作歷史的一部分。
