歷史沿革
1930年7月2日，中華教育文化基金董事會第六次年會（南京）委託農礦部地質調查所舉辦全國土壤調查，地質調查所聘請專家並在所在地北京西四兵馬司9號及豐盛胡同3號成立土壤研究室，開始對中國土壤進行系統的調查與研究，這是中國近代土壤科學研究真正開始的標誌。隨後，土壤研究室相隨中央地質調查所經歷了五次遷址。
中國科學院南京土壤研究所(圖4)1930年12月，農礦部地質調查所在原址更名為實業部地質調查所，並於1935年12月遷至南京珠江路942號，土壤研究室也相隨遷到新址。
1937年11月，實業部地質調查所更名為經濟部地質調查所，並遷至長沙喻家沖，土壤研究室也相隨遷到新址。
1938年8月，經濟部地質調查所遷至重慶復興巷5號，土壤研究室也相隨遷到新址。
1939年4月，經濟部地質調查所更名為經濟部中央地質調查所，並遷至重慶北碚，土壤研究室也相隨遷到新址。
1946年1月，經濟部中央地質調查所遷至南京珠江路942號，土壤研究室也相隨遷到新址。
1949年4月，經濟部中央地質調查所被南京市軍管會文教委接管（後改為700號）。
1950年8月，經濟部中央地質調查所撤消，接受中國地質工作計畫指導委員會領導和改編。
1952年7月，中國科學院決定將原中央地質調查所所屬土壤研究室擴充為土壤研究所並先成立籌備處，自1952年10月1日起改屬中國科學院。
1953年1月8日，啟用中國科學院土壤研究所籌備處印章；1月23日，籌備處工作結束，研究所正式成立；同年5月11日，中國科學院增設包括土壤研究所在內的24個研究機構，中國科學院土壤研究所東北分所籌備處（現中國科學院瀋陽套用生態研究所前身）亦同時成立，新建的中國科學院土壤研究所系以原中央地質調查所土壤研究室為基礎，合併40年代成立的福建地質土壤調查所、江西地質調查所土壤研究室而成。設土壤物理與物理化學研究組（簡稱一組）、土壤化學與農業化學研究組（二組）、土壤微生物與生物化學研究組（三組）、土壤地理與改良組（四組），同時籌建了圖書室和土壤標本展覽室。一、二、三組在珠江路700號原址，四組借用雞鳴寺院內小紅樓，分散兩處工作。
1955年以後，設立了多個研究室（組）：土壤物理研究組、土壤化學研究組、土壤農業化學研究室、土壤生物化學研究組、土壤微生物研究組和土壤地理研究室，並設立為科研服務的附屬工廠。
1961年末，由熊毅、席承藩率原土壤及水土保持研究所百名科技人員並圖書儀器南遷回歸。
1963年，該所的10年發展方向、重點任務和重大措施三定方案形成，研究室（組）也作相應調整：土壤物理研究組、土壤物理化學研究室、土壤電化學研究組、土壤植物營養化學研究室、土壤生物化學研究組、土壤微生物研究組、土壤地理研究室，大比例尺土壤製圖研究組和土壤鹽漬地球化學研究組。
1970年7月15日，該所下放到江蘇省；11月28日，該所歸口於江蘇省科技局。
1973年3月15日，該所改由江蘇省和中國科學院雙重領導。5月21日，“江蘇省土壤研究所革命委員會”改名為“中國科學院南京土壤研究所革命委員會”。期間，研究室（組）變動：土壤物理研究室、土壤物理化學研究室（土壤電化學研究組併入）、土壤植物營養化學研究室、土壤微生物研究室、土壤生物化學研究室、土壤地理研究室（土壤詳測組併入）、土壤鹽漬地球化學研究室，圖書情報室（圖書與資料合併）。
70年代後期，研究室（組）重新布局，設有土壤物理研究室、土壤物理化學研究室、土壤電化學研究室、土壤植物營養化學研究室、土壤微生物研究室、土壤生物化學研究室、土壤地理研究室、土壤鹽漬地球化學研究室、圖書情報室，還有附屬工廠。
1976年，成立土壤環境保護研究室。
中國科學院南京土壤研究所1979年，建立水稻土生態研究組和土壤地球化學研究室（1984年併入地理研究室），土壤實驗技術室和編譯出版室也相繼成立。
1979年4月28日，該所新增6個研究室（組）：土壤電化學研究室、土壤地球化學研究室、水稻土生態研究組、土壤實驗技術研究室、圖書情報研究室和編譯出版室。
1984年，該所重新調整了科研機構，共設定10個研究室（組）和4個技術系統：土壤地理研究室、土壤－植物營養化學研究室、土壤生物化學研究室、土壤鹽漬地球化學研究室、土壤物理化學研究室、土壤電化學研究室、土壤物理研究室、土壤微生物研究室、土壤環境保護研究室、水稻土生態研究組以及土壤實驗技術室、電子計算機組、圖書情報研究室和編譯出版室。
1985年8月21日，中國科學院同意將封丘站定名為“中國科學院河南封丘農業生態綜合實驗站”。10月21日，中國科學院同意該所在江西省建立紅壤生態實驗站。
1987年3月19日，中科院資環局在南京主持召開“土壤圈物質循環開放實驗室”論證會。8月20日，批准成立“土壤圈物質循環開放研究實驗室”。
1988年4月12日，全國博士後管委會批准該所建立博士後科研流動站。6月22日，中國科學院批准該所封丘農業生態實驗站對外開放。
1990年10月16日，批准紅壤站對外開放。
2001年3月2日，該所成為中國科學院知識創新工程全面推進階段首批進入試點行列的研究所之一。
2003年5月，科技部正式批准依託該所建設“土壤與農業可持續發展國家重點實驗室”。
2006年初，該所進入中國科學院知識創新三期工程行列。
科研條件
設備資源
•設施設備
中國科學院南京土壤研究所(圖2)據2015年12月研究所官網信息顯示，中國科學院土壤研究所土壤與環境分析測試中心是國家質量技術監督局認定的國家計量認證合格單位，擁有同位素質譜儀、掃描電子顯微鏡、等離子光譜儀、有機質譜儀等各類大型儀器設備近50台。
•館藏資源
圖書館
據2015年12月研究所官網信息顯示，中國科學院土壤研究所圖書館是聯合國糧農組織的特約圖書館，藏有中外文書籍和期刊25萬冊。
標本館
據2015年12月研究所官網信息顯示，中國科學院土壤研究所土壤標本館保存和陳列有中國不同類型及部分其他國家的近6萬號土壤標本。
人員編制
據2015年12月研究所官網信息顯示，中國科學院土壤研究所共有在職職工311名，其中專業技術人員275名，包括中國科學院院士2名，研究員63名，副高級研究人員86名，中初級研究人員126名。其中國家千人計畫1人，國家“百千萬人才工程”4人，國家傑出青年基金獲得者7人，中國科學院“百人計畫”入選者14人。
中國科學院院士（2名）：趙其國、朱兆良
中國科學院“百人計畫”入選者（14人）：駱永明、蔣新、沈仁芳、丁維新、蘇彥華、顏曉元、賈仲君、彭新華、褚海燕、陳夢舫、張甘霖、蘭平、高娟、宋昕
國家傑出青年基金獲得者（7人）：駱永明、蔣新、張甘霖、丁維新、沈仁芳、周東美、吳龍華、顏曉元
科研部門
據2015年12月研究所官網信息顯示，中國科學院土壤研究所共有國家重點實驗室1個、中國科學院重點實驗室1個、國家工程實驗室1個、農業部重點實驗室1個、所級研究單元7個以及中國科學院生態系統研究網路土壤分中心、河南封丘農田生態系統國家野外科學觀測研究站、江西鷹潭農田生態系統國家野外科學觀測研究站、江蘇常熟農田生態系統國家野外科學觀測研究站、中國科學院三峽工程生態環境湖北秭歸實驗站。
國家重點實驗室（1個）：土壤與農業可持續發展國家重點實驗室
中國科學院重點實驗室（1個）：中國科學院土壤環境與污染修復重點實驗室
國家工程實驗室（1個）：土壤養分管理國家工程實驗室
農業部重點實驗室（1個）：農業部耕地保育綜合性重點實驗室
所級研究單元（7個）：土壤資源與遙感套用研究室、土壤－植物營養與肥料研究室、土壤化學與環境保護研究室、土壤物理與鹽漬土研究室、土壤生物與生化研究室、土壤與環境生物修復研究中心、土壤利用與環境變化研究中心
科研成果
科研成就
據2015年12月研究所官網信息顯示，中國科學院土壤研究所先後主持承擔了國家“973”項目6項，科技基礎性工作專項1項，重大科技專項課題4項,“863”重大、重點項目12項，科技支撐計畫項目2項和課題10餘項，公益性行業科技重大專項4項，國家自然科學基金重大項目2項、國際合作重大項目9項等一大批國家重大科技任務。近5年來，獲得18項各級科技進步獎，累計發表SCI論文909篇，中國國核心心期刊論文1200餘篇，出版學術專著20餘部，有近90項發明專利獲得授權。
| 獲獎名稱 | 獲獎類別 | 獲獎時間 |
| 中國水土保持學會科學技術獎 | 中國水土保持學會一等獎 | 2011-04-02 |
| 中國濕地生態系統溫室氣體（CH4和N2O）排放規律研究項目 | 國家自然科學二等獎 | 2009-01-01 |
| 低丘紅壤區節水農業綜合技術體系集成與示範 | 江西省科學技術進步二等獎 | 2008-12-1 |
| 太湖河網區農村污染控制技術及其套用 | 江蘇省科學技術進步二等獎 | 2006-12-1 |
| 高效循環經濟型設施漁業水質淨化系統關鍵技術研究 | 江蘇省科學技術進步三等獎 | 2006-12-1 |
| 東南丘陵區優質高效種植業結構模式與技術研究 | 江西省科學技術進步二等獎 | 2006-12-1 |
| 稻田氮肥污染控制技術研究與套用 | 江蘇省科學技術進步二等獎 | 2006-12-1 |
| 太湖河網區農村面源污染控制技術及其套用 | 江蘇省科學技術進步二等獎 | 2006-12-1 |
| 《香港土壤及其環境研究》 | 國家環保總局科學技術進步三等獎 | 2005-12-1 |
| 《土壤質量演變規律與持續利用》 | 江蘇省科學技術進步一等獎 | 2005-12-1 |
| 《中國土壤系統分類》 | 國家科技部國家自然科學二等獎 | 2005-12-1 |
| 《農田水分因子高精度遠傳數據採集系統》 | 江西省科學技術進步三等獎 | 2005-12-1 |
| 參考資料： | ||
學術期刊
試驗示範推廣(圖2)據2015年12月研究所官網信息顯示，中國科學院土壤研究所主辦有《PEDOSPHERE》（土壤圈）、《土壤學報》、《土壤》等3份學術期刊。
•《PEDOSPHERE（土壤圈）》
《PEDOSPHERE（土壤圈）》創刊於1991年2月，由中國科學院主管，中國土壤學會、中科院南京土壤研究所和土壤與農業可持續發展國家重點實驗室共同主辦，是中國出版的土壤學科唯一外文版國際性學術期刊，也是中國土壤學領域唯一的SCI源刊、中國自然科學核心期刊和“中國期刊方陣”期刊，主要刊登土壤學領域未曾公開發表的具有堅實科學理論和實驗基礎與創新的最新高水平科研成果，內容包括土壤化學、土壤物理學、土壤生物與生物化學、土壤肥力與植物營養等與生物圈、岩石圈、水圈和大氣圈密切關聯的土壤科學理論、實驗技術及套用的學術研究論文、專題綜述、研究簡報等。《PEDOSPHERE》已被俄羅斯《文摘雜誌》、日本《科學技術文獻速報》、中國科技論文統計源期刊（中國科技核心期刊）、中國科技期刊精品資料庫、中國科技期刊引證報告、中國科技論文統計與引文分析資料庫、中國科學引文資料庫、中國學術期刊文摘（英文版）、中國學術期刊綜合評價資料庫、中國核心期刊（遴選）資料庫、中國知網、萬方數據系統科技期刊群、中國學術期刊（光碟版）、中文科技期刊資料庫、中國期刊網等重要的相關檢索和文摘資料庫收錄為來源期刊。
•《土壤學報》
《土壤學報》的前身是《中國土壤學會會志》，於1948年12月創刊，1952年更名為《土壤學報》，是由中國土壤學會主辦、中國科學院南京土壤研究所承辦的中文核心科技學術期刊（雙月刊）。該刊為《中國學術期刊綜合評價資料庫》、《中國科技文獻資料庫》、《中國科學引文資料庫》等的來源期刊和《中國期刊網》、《中國學術期刊（光碟版）》、《萬方數據系統科技期刊群》的收錄期刊，被美國出版的CA、CAB文摘收錄。
•《土壤》
《土壤》是介紹土壤、肥料、土壤生態及環境保護等方面的研究論文和調查報告為主的通報類期刊，公開發行，創刊於1958年10月，是中國自然科學核心期刊，被《中國期刊網》、《中國學術期刊（光碟版）》全文收錄，被認定為《中國學術期刊綜合評價資料庫》、《中國科學引文資料庫》來源期刊。
人才培養
學科建設
據2015年12月研究所官網信息顯示，中國科學院土壤研究所是中國首批具有碩士和博士學位授予權的單位之一，共擁有3個一級學科博士和碩士學位點；2個二級學科碩士學位點；2個全日制專業學位培養點，還設有2個博士後流動站。
研究人員進行土壤調查一級學科碩士學位點（3個）：農業資源與環境（含土壤學、植物營養學、資源環境與遙感信息）、環境科學與工程（環境科學、環境工程）、生態學
一級學科博士學位點（3個）：農業資源與環境（含土壤學、植物營養學、資源環境與遙感信息）、環境科學與工程（環境科學、環境工程）、生態學
二級學科碩士學位點（2個，不含一級學科覆蓋的二級學科）：地圖學與地理信息系統、水土保持與荒漠化防治
專業學位培養點 （2個）：工程碩士（環境工程、生物工程領域）、農業推廣碩士（農業資源利用領域）
博士後流動站（2個）：農業資源與環境、環境科學與工程
教學建設
據2015年12月研究所官網信息顯示，中國科學院土壤研究所共有在學博士生154人、碩士生122人，在站博士後研究人員30人。
據2015年12月研究所官網信息顯示，自2000年以來，該所培養的研究生學生獲得教育部和中國科學院各類獎項120餘人次，其中4名畢業生獲全國百篇優秀博士學位論文獎（其中1人提名獎），9名畢業生入選中國科學院優秀博士學位論文獎（其中2人提名獎），21名畢業生獲中國科學院院長獎（其中2名特別獎）。
| 序號 | 論文標題 | 作者 | 指導老師 |
| 1 | Cu/Zn在土/液界面上的基本能量參數及其環境化學行為研究 | 王玉軍 | 周東美 |
| 2 | 沼澤濕地及其不同利用方式下甲烷排放機理研究 | 丁維新 | 蔡祖聰 |
| 3 | / | 徐華 | 蔡祖聰 |
| 參考資料： | |||
文化傳統
形象標識
中國科學院南京土壤研究所所徽標識內涵：
1、圓內由“ISSCAS”中的三個“S”組成，如騰飛的大鵬，一氣呵成，喻指土壤事業蒸蒸日上
2、中間反白部分是“SoilScience”中的兩個“S”,指明了我所主要研究內容－土壤科學
3、上半部分自然綠和下半部分土黃色密不可分，暗示黃土地上的盎然生機，背景為淡藍，喻指大氣圈，又似海洋。
此徽標將該所土壤、大氣、水、植物等研究內容包容在裡面。
研究生會
中國科學院南京土壤研究所研究生會是中國科學院南京土壤研究所全體在所研究生“自我教育、自我管理、自我服務”的民眾性自治組織，保障研究生的合法利益。在參與式所內管理、互動式學生維權、學術交流、社會實踐、文體活動等方面，為增進研究生之間、研究生與所之間以及研究生與社會之間的交流起到了橋樑和紐帶作用。
據2015年12月研究所官網信息顯示，中國科學院南京土壤研究所研究生會部門有主席團、學術部、生活部、宣傳部、文藝部、體育部。此外，研究生會經常組織各種文體活動，如組織研究生春遊、舉辦元旦晚會、籃球比賽等。
機構領導
現任領導
| 職務 | 姓名 |
| 所長 | 沈仁芳 |
| 黨委書記 | 蔡立 |
| 黨委副書記 | 蔣新 |
| 副所長 | 蔡立、蔣新、張甘霖 |
| 參考資料： | |
歷任所長
| 職務 | 姓名 | 任職時間 |
| 所長 | 馬溶之 | 1953.6-1965.4 |
| 所長 | 熊 毅 | 1966.5- |
| 所長 | 熊 毅 | 1978.3-1983.9 |
| 所長 | 趙其國 | 1983.9-1986.11 |
| 名譽所長 | 熊 毅 | 1983.9-1985.1 |
| 李慶逵 | 1985.12- | |
| 所長 | 趙其國 | 1986.11-1991.5 |
| 所長 | 趙其國 | 1991.5-1995.10 |
| 所長 | 曹志洪 | 1995.10-1999.6 |
| 所長 | 張桃林 | 1999.6-1999.12 |
| 所長 | 周健民 | 1999.12-2007.12 |
| 所長 | 沈仁芳 | 2009.12-2012.12 |
| 參考資料： | ||
