1988年，經過文化大革命浩劫以後的中國，學術、文化和思想開始復甦。藉助1982年美國夏威夷國際朱子學會議的東風，在朱子生長終老的故鄉――福建省武夷山建立了武夷山朱熹研究中心。同時，在朱子故里建陽市成立了朱子後裔聯誼會。
1990年10月，在福州－武夷山召開了一次盛大的紀念朱熹誕辰860周年國際學術討論會。來自中國大陸和世界各國的二百多知名學者參加了這一盛會，交流了朱子學研究的成果，為長期以來橫遭歪曲和誣衊的朱子推倒了種種誣陷不實之詞，從理論上確立了朱子及其學說思想在中國乃至世界文化史、思想史、人類文明史上不可取代的地位。
具有另一重大意義的事件是，以朱昌均為首的韓國朱氏中央宗親會代表團一行20餘人出席了這次大會。當時，中國和韓國還沒有建立外交關係，韓國宗親是衝破了重重障礙，克服了無數困難才來到中國，來到他們的先祖所在地的故土。韓國宗親的來訪，打開了中國內地朱氏宗親們與海外交往的全新篇章，開始了世界範圍內朱氏族裔們友好交往、親睦團結的光輝歷史。1990年以後，韓國朱氏中央宗親會，每年都組織文公墓祭拜代表團來建陽、武夷山訪問、祭祖，並與國內各省、市的宗親們建立了廣泛的聯繫。由於朱昌均每次都以團長的身份帶團來訪，給國內的宗親們留下深刻的印象，他的遠見卓識，他的深厚的學養，他入木三分的洞察力和豐富的國際組織的領導經驗形成了一種無形的威望和強大的親和力。
繼韓國宗親以後，中國台灣、新加坡、馬來西亞、美國等國家和地區的宗親們也紛紛來到國門洞開的中國大陸，來到福建建陽、武夷山尋根問祖。1992年清明，在建陽舉行了例行的祭祖活動，在活動以後舉行的國內外朱子後裔懇談會上，與會的朱子後裔們提出了組建世界朱子後裔聯誼會的建議，大家並一致推舉並懇切希望朱昌均先生及韓國朱氏中央宗親會能出面領導這一具有重大意義的組織籌備工作。當時，朱昌均先生表示出非常謙虛的態度，一再推辭。但是，各國宗親，尤其是中國國內的宗親們認為，此事關係重大，朱昌均先生是唯一合適的人選。朱昌均先生回國以後，國內宗親們繼續以各種形式表達了對昌均先生的希望和懇請。朱昌均先生終為世界各國廣大朱氏宗親的誠意所動，允諾出面負責籌備事宜。
經過整整一年的聯絡、準備，1993年5月5日至7日，來自韓國、中國、馬來西亞、新加坡、日本、美國等國家和地區的朱氏宗親代表聚首韓國漢城，共商建立全世界的朱氏裔孫們的共同組織的大事。
5月4日晚舉行了第一次預備會議。在這次會議上各國代表對廣泛的問題達成了共識。朱昌均先生著重對朱氏的世界性組織的名稱發表了一段重要的講話。他建議以“世界朱氏聯合會”取代原先擬定的“世界朱子後裔聯誼會”。他說：全世界的朱氏，不論何派何系，都起源於一個共同的祖宗，我們應該最大限度地團結全世界所有的朱氏，來為我們共同的目標奮鬥。我們的目的是求得全球一切朱氏的大團結，而不是一派一支的小團結。他的講話受到與會代表的一致贊同和擁護。於是，“世界朱氏聯合會”這個代表全球朱氏唯一的組織的名稱誕生了。
5月5日全體代表參加了韓國朱氏中央宗親會主持的一年一度的朱子廟和韓國始祖廟大祭。在5月6日舉行的全體會議上，一致通過了“世界朱氏聯合會章程”，一致推舉朱昌均先生為世界朱氏聯合會第一任會長。同時選舉馬來西亞朱祥南、新加坡朱啟高、中國朱兆祥、韓國朱仁鎬為副會長。同時朱昌均會長任命中國楊青為秘書長，中國朱傑人為常務副秘書長。會議決定，世界朱氏聯合會總部設在韓國漢城，秘書處設在中國上海華東師範大學。會議決定出版發行會刊，兩年召開一次世界代表大會。
1995年10月9日至12日，世界朱氏聯合會第二次世界代表大會在朱子故里江西婺源舉行，來自世界各地的代表300餘人出席了這次大會。大會一致擁戴朱昌均先生連任會長，選舉朱祥南先生為常務副會長，菲律濱朱新富、中國台灣朱正義、韓國朱仁鎬、美國朱元忠、中國朱乃強為副會長。馬來西亞朱光興、中國朱子周為監事。會議回顧世界朱氏聯合會自成立以來的各項工作，總結了經驗，通過了修改後的《世界朱氏聯合會章程》，審議並通過了財務預、決算案，制定了今後事業發展計畫。
1995年10月23日至30日，以朱昌均為團長、常務副會長朱祥南、副會長朱新富為副團長的世界朱氏聯合會東南亞親睦訪問團訪問了泰國、新加坡、馬來西亞三國及中國香港地區，取得了豐碩的成果。
1996年間，由於世界朱氏聯合會卓有成效的工作，極大地加強了世界各地朱氏的交流合作，促進了全球朱氏的親睦和團結。以昌均會長、祥南會長為首的世界朱氏聯合會會長團多次訪問了中國國內的朱氏宗親，他們的足跡遍布福建、江西、廣東、廣西、浙江、江蘇、安徽、海南等省及北京、上海、福州、南昌、廬山、黃山、桂林、廈門、溫州、杭州、廣州、潮州、深圳、香港、南京、鳳陽、盱眙、合肥等城市和地區，他們為中國宗親帶來來世界各國朱氏宗親們的良好祝願和豐富信息，溝通了感情，交流了經驗，加深了了解。
1997年10月14日至16日，世界朱氏聯合會第三次代表大會在朱子的長眠之地中國福建武夷山隆重舉行。來自韓國、馬來西亞、新加坡、菲律濱、加拿大、美國的海外朱子後裔、來自剛剛回歸祖國環抱的中國香港宗親及來自寶島台灣的朱子後裔100餘人出席了大會。來自中國大陸福建、江西、浙江、安徽、江蘇、廣東、海南、山東、湖北、湖南、遼寧、河南、甘肅及北京、上海等省市的朱子後裔代表300餘人出席了大會。本次大會通過了《世界朱氏聯合會第二次代表大會議決案》、《世界朱氏聯合會95－96年度會務報告》、《世界朱氏聯合會95/96年度一般會計決算書及97年1至9月決算簡報》、《世界朱氏聯合會第三次代表大會監事報告》、《世界朱氏聯合會97/98/99年度事業報告》、《世界朱氏聯合會97/98/99年度預算案》，會議通過了朱新富副會長受理事會委託所作的《關於修改世界朱氏聯合會章程的報告》。大會在熱烈和隆重的氣氛中選舉了新一屆領導成員，與會代表一致推戴朱昌均宗長連任世界朱氏聯合會會長，一致擁護會長推舉朱祥南宗長繼任世界朱氏聯合會常務副會長。經會長提名，大會一致擁護朱仁鎬（韓國）、朱新富（菲律濱）、朱正義（中國台灣）、朱乃強（中國深圳）、朱儒仟（馬來西亞）、朱積源（新加坡）為副會長。會議選舉朱光興（馬來西亞）、朱子周（中國福建）為監事。會長任命朱傑人為秘書長。
1998年7月朱昌均會長攜夫人姜亨斌女士及公子朱鍾南教授訪問了美國。在美期間，朱昌均會長與美國的朱族人士進行了廣泛的接觸和交流，擴大了世界朱氏聯合會在北美的影響，增強了與美國宗親的友誼，擴大了世界朱氏聯合會與美國朱氏宗親組織的合作。
1998年適逢朱元璋逝世600周年紀念，世界朱氏聯合會支持並作為協辦者積極參加了1998年8月在中國安徽鳳陽舉行的“紀念朱元璋逝世600周年國際學術討論會”。會議期間，世界朱氏聯合會的代表在鳳陽明皇陵、盱眙明祖陵、南京明孝陵舉行了隆重的祭陵儀式。據權威部門稱，這是1949年以來的第一次祭陵活動，意義十分深遠，受到當地媒體的高度重視。紀念朱元璋的活動，因世界朱氏聯合會的介入而顯示出無限的生機和活力，因而加重了他的分量，提升了他的意義；世界朱氏聯合會也因參加了這一活動而宣傳了自己的組織與宗旨，展示了自己的活力與價值。這一活動，使朱子後裔們了解了我們的又一位傑出的祖先，也使更多的中國人了解了世界朱氏聯合會。
1998年12月中國上海、浙江和廣西的朱氏宗親分兩批訪問了東南亞各國。這是中國國內宗親第一次組團出訪，意義特別重大。他們在新加坡、馬來西亞、泰國和中國香港受到當地宗親們的熱烈歡迎，親身感受到了骨肉情深，同宗相憐的親情，受到極大的教育和感動。
1999年世界朱氏聯合會第四次世界代表大會於12月3日至4日在中國廣西壯族自治區桂林市舉行。來自韓國、馬來西亞、新加坡、美國、加拿大以及中國香港、中國台灣和祖國大陸上海、廣西、廣東、福建、江西、安徽、江蘇、浙江、湖南、湖北、甘肅、海南、河南等省市的代表200餘人出席了大會。
這是在一個特殊的時刻召開的一次具有特殊意義的大會。
世界朱氏聯合會成立於1993年，經過六年的努力已經發展壯大為一個有著廣泛影響的、具有深厚民眾基礎和深刻學術背景的世界性的民眾團體。1999年我們已經走到了世紀之交，我們將以一種怎樣的姿態面對新的世紀？我們將把一個怎樣的世界朱氏聯合會帶入新的世紀？我們應該如何應對新世紀已經和將要帶給我們挑戰和際遇？這一切，正是本次大會所要研究和解決的課題。
本次大會取得了豐碩的成果。
大會推選產生了新的領導集體：
朱祥南當選為新任會長。
朱新富（菲律濱）、朱積源（新加坡）、朱正義（中國台灣）、朱普照（美國）、朱珖銘（馬來西亞）、朱彬（中國溫州）、朱乃強（中國深圳）為副會長。
朱子周（中國）、朱光興（馬來西亞）為監事。
朱傑人（中國）為秘書長。
朱昌均會長創建了世界朱氏聯合會並連續三屆擔任會長，在他的領導下，世界朱氏聯合會成長壯大。朱昌均會長以他的人格魅力和遠見卓識以及豐富的領導經驗，為世界朱氏聯合會制定了正確的基本綱領，規劃了發展藍圖，指明了前進的方向。但是，他畢竟年事已高，已無法勝任繁重的會務和頻繁的社會活動。早在一年多以前，他就已經萌生了退居二線，選賢禪讓的思想。經過一年多與各位副會長、各位顧問以及與各國各地區朱氏宗親及學術團體負責人的多次磋商，昌均會長鄭重地向大會提議，由朱祥南常務副會長繼任會長一職。他的提議得到了會長團全體成員的一致擁護，得到了常務理事會全體理事的一致擁護，最後也得到了第四次代表大會全體代表的一致擁護。1999年12月3日，在全體代表熱烈的掌聲中，朱祥南被正式推舉為世界朱氏聯合會第四屆、第二任會長。
朱祥南會長的當選，標誌著世界朱氏聯合會進入了一個新的時代，如果說朱昌均會長領導下的世界朱氏聯合會是開創的時代的話，那么，朱祥南會長領導下的世界朱氏聯合會將是發展的時代。
為了表彰朱昌均會長對世界朱氏聯合會和全球朱氏作出的偉大貢獻，大會一致通過了《關於授予朱昌均宗先生世界朱氏聯合會永遠名譽會長的決定》。全體代表以長時間的熱烈的掌聲表示了對朱昌均會長的敬意和祝賀。
值得一提的是，本次大會產生了第一位來自美國的副會長——朱普照先生。這是一件具有深遠和重大意義的事。全體代表們對普照先生的光臨表現出極大的熱情。大家表示，普照副會長的加盟將使世界朱氏聯合會更加壯大和富於生命力。
本次大會的又一重要成果是，一大批熱心宗族事務和關心會務的年輕人被充實到領導層中。在我們的會長團中新增補了年輕的企業家朱彬先生，在我們的常務理事和理事中湧現出一大批年輕人。他們有朝氣、有熱情、有能力、有知識，他們的出現將使世界朱氏聯合會更具有活力和生氣。
本次大會對世界朱氏聯合會的發展方向和今後的事業發展取得了共識。
大會決定，繼續編輯出版聯合會會刊，每年以春、秋兩季出版。
大會決定，加強聯合會與海外各國、各地區朱氏宗親的聯絡和親睦。
大會決定，繼續支持和關心世界範圍內的朱子學術的研究和發展。
大會決定，隆重、熱烈地紀念文公誕辰870周年和逝世800周年。
大會決定，將對朱子遺蹟的存留與保護情況做出調查與評估。
大會頒發了首屆徵文獎：廣西朱為瀛的《朱子倫理道德觀通俗談》榮獲一等獎。蘭州朱延有的《大儒後人會聚仁壽山》、廣西朱丙甘的《朱熹建家立業的根本思想》榮獲二等獎。山東朱志學的《朱文公有一支後裔生活在江蘇高郵市張軒鄉的朱家莊》、安徽朱世良、朱光輝的《新安朱氏始祖師古公遷居篁墩始末考》榮獲三等獎。
大會頒發了首屆會長特別獎，廣西朱光葳、浙江朱振先、新加坡朱運乾榮獲這一殊榮。
經過全體與會代表的認真討論，大會任命顧問朱高正、秘書長朱傑人和常務理事朱政等組成朱子標準像遴選小組，對秘書處提供的朱子畫像進行了認真負責的研究和鑑別，最後確定台灣故宮博物院藏朱子半身畫像、朱子自畫像，和晚笑堂畫朱子全身像為世界朱氏聯合會認定的文公標準像，頒行全球，供各國、各地供奉和陳列張掛。
在本次大會上，聯合會的財政問題受到廣泛的關注和重視。大會再次重申了會員必須交納會員費。出於對聯合會的熱衷和支持，很多會員當場交納會費和特別贊助金，出現了爭先恐後的熱烈場面。
大會在新任會長朱祥南熱情有力的閉幕演說後宣告結束。新會長充滿希望和信心地宣告：在新的世紀中，世界朱氏聯合會必將會有更大更好的發展，世界朱氏聯合會的前途光明遠大！
2000年，是文公誕辰870周年，逝世800周年。對於朱氏子孫來說，這更是一個值得我們認真對待、好好紀念的日子。世界朱氏聯合會在第四次代表大會制定的各項方針指引和會長的具體指導下開展了卓有成效的工作。
一、成功地進行了對北美朱氏宗親的親睦訪問。
根據第四次代表大會通過的2000年度工作計畫，會長團在2000年5月對北美進行了訪問。訪問團訪問了紐約、舊金山、洛杉磯，拜會了當地的朱氏宗親會，受到熱烈的歡迎。世界朱氏聯合會會長團對北美各國宗親的訪問是又一次足以載入史冊的盛舉。此次訪問有力地加強了聯合會與北美各國宗親的親睦團結和相互了解，擴大了聯合會在北美的影響，為聯合會最終在美國註冊奠定了基礎。
二、成功舉辦紀念朱子誕辰870周年、逝世800周年國際學術會議暨《朱熹全書》新書發布會。
本會作為發起和資助單位，參加了以華東師範大學等聯合舉辦的紀念朱子誕辰870周年、逝世800周年國際學術會議。出席會議的有來自美國、德國、新加坡、日本、韓國和中國大陸的學者60餘人，提交論文50餘篇。世界著名的學者杜維明、田浩、金忠烈、吾妻重二、張立文、陳來等出席了大會。
《朱熹全書》由本會永遠名譽會長昌均、會長祥南、顧問高正資助編修。經過長達八年的努力，全書的編撰工作已經完成，並於2000年10月出了兩冊樣書。全書在2001年年底或2002年年初正式出版。
世界朱氏聯合會為弘揚以朱子為代表的東亞優秀傳統文化作出了巨大的貢獻。《朱子大傳》的出版，《朱熹全書》的編修都得到了世界朱氏聯合會和各國宗親在資金上的資助。會刊的發行，為研究和發揚朱子學術推波助瀾，中國國內幾乎每年都有一次的朱子學術討論會，也大多是在當地朱子宗親的策劃和支持下才得以順利舉行。
三，世界朱氏聯合會直接介入中國國內修復朱熹遺蹟的工作，取得明顯成效。早在1993年韓國朱氏宗親即已出資在建陽黃坑修建了“思源亭”，接著，韓國宗親又提議修復朱子祠堂，1998年秋，位於建陽考亭的朱子祠終於竣工。1995年在江西婺源舉行世界朱氏聯合會第二次代表大會期間，與會代表募集經費，為修復朱子一世祖朱瑰墓作出貢獻。常務副會長朱祥南對修復朱熹遺蹟的事業懷有深厚的感情，自1992年以來，他已經出資修復了朱熹長子朱塾墓，並修通墓地幹道3000餘米，修復了朱熹祖父朱森之墓、朱熹父親朱松之墓，修復了位於五夫里的朱熹故居。無庸置疑，如果沒有世界朱氏聯合會，要完成這些耗資巨大的修復工程是不可想像的。
四，處理關於中國政府宣布世界朱氏聯合會為“非法”組織的突發事件。
2000年7月24日，上海市社團管理局來人了解世界朱氏聯合會情況並宣布世界朱氏聯合會為非法組織。與此同時，從福建東山、浙江溫州、安徽合肥等地也傳來各種相同的信息。秘書處及時了解了情況，並向秘書處所在地華東師範大學的黨委作了匯報。華東師範大學對秘書處採取了理解和保護的態度，並對上海市社團管理局進行了解釋和交涉。但由於世界朱氏聯合會沒有在中國註冊，與中國的現行法律有衝突，所以學校也無計可施。但經過學校和秘書長作了工作，上海市社團管理局態度有所軟化，11月，上海市社團管理局發函給學校，不再提“非法組織”，只是說世界朱氏聯合會沒有在國內註冊，要求停止在國內的活動。
據了解，此次事件的發生是因為有人寫匿名信誣告所致。在整個過程中秘書長及時向會長作了報告，並與各地宗親保持聯繫，進行了大量的解釋工作，使事態儘量朝好的方向轉化。
五，武夷山紀念朱子逝世800周年系列活動取得圓滿成功。
2000年十月，在朱子長期生活和終老的武夷山舉行了隆重熱烈的系列紀念活動。這是一次有史以來規模最大、規格最高、組織最成功的活動。尤其是政府出面進行的大型公祭儀式，場面之盛大、典式之規範、組織之嚴密，可以和祭孔相比美。由本會主持進行的祭祖儀式也是歷次最完滿的，受到各方好評。
六，2000年11月，由本會副會長朱普照、顧問朱自強捐資修建的朱氏文化樓與朱普照捐資修造的公路落成，當地政府舉行了隆重的慶典，副會長普照、顧問自強、秘書長朱傑人出席了慶典。這是世界朱氏聯合會第一次參加廣東台山宗親的活動，受到熱烈歡迎。
2001年5月，世界朱氏聯合會會長團對昌均永遠名譽會長和韓國新安朱氏中央宗親會進行了表敬訪問。會長祥南在各種場合多次強調了昌均會長對世界朱氏聯合會的創建和發展所作出的傑出貢獻，熱情讚揚韓國新安朱氏中央宗親會在弘揚先祖文公的優秀思想傳統、促進全球朱氏親睦團結的偉大事業中所作出的努力。5月5日，會長團一行參加了韓國宗親會舉辦的朱子廟大祭。
5月6日，世界朱氏聯合會第10次運營委員會在漢城世宗大酒店舉行。會議討論並通過了以下決議：
一、接納了截止2000年12月31日之會務報告和財政報告。
二、批准本會秘書處遷往馬來西亞吉隆坡，並委任朱炳昆為秘書長。
三、本會會刊也將在馬來西亞刊印，2001年度春、秋綜合本在２００１年11月出版。將來若有可能，每年將出版4 期，即春、夏、秋、冬各一期。
四、卸任秘書長朱傑人教授被委任為聯合會會長團特別助理兼上海市常務理事，可出席運營委員會。
五、本會因為沒有在中國註冊，所以不被批准在中國活動。因此，有關在中國國內的各種學術與聯誼活動，以及文公遺蹟的調查和修復工作，暫時停止（註：指２００１年）。
六、會議通過委任朱普照為本會常務副會長。
七、會議委託朱普照常務副會長負責本會在美國申請註冊事宜。為符合美國申請條例，本會的章程必須作一些修改。會議委託新富副會長與普照常委副會長負責修改章程條款。
八、馬來西亞朱氏聯合會在２００１年12月1日慶祝建會45周年，同時將主辦朱子學國際學術研討會，要求本會資助學術研討會的經費，會議批准資助美金二千元整。
九、會議要求馬來西亞朱光銘會長負責聯絡泰國朱氏宗親會，邀請加入世界朱氏聯合會的活動，共同弘揚朱子事業，朱傑人負責協助。
十、會議決定第11次運營委員會在２００１年12月1日假吉隆坡召開。
十一、會議決定2002年5月間訪問泰國曼谷宗親會，並在曼谷召開第12次運營委員會。
十二、會議決定第5屆會員代表大會在菲律賓馬尼拉召開，日期在2002年11月左右。具體籌備工作委託新富副會長於菲律賓朱倪宗親會負責。
十三、會議對昌均永遠名譽會長，京植會長以及明建副會長的熱情接待致以十二萬分的謝意。
2002年11月2日世界朱氏聯合會第五次世界代表大會在菲律賓首都馬尼拉召開。來自世界各國的朱氏宗親代表二百餘人出席了大會。
應秘書長的提議，大會開幕之前，為英年早逝的我會優秀會員朱躍默哀三分鐘。
大會通過了2003年在武夷山舉辦紀念世界朱氏聯合會成立十周年慶典及向武夷山朱子紀念館捐贈朱文公銅像的決定。
副會長朱新富作關於新章程的報告，獲得一致通過。
大會在副會長朱積源的主持下選舉新會長。朱錦富提議朱祥南連任會長。朱光興、朱雲附議。大會一致通過朱祥南連任本會會長。
新任會長朱祥南即席發表了講話，感謝大家對他的信任與支持。他希望各國宗親繼續給與他支持和幫助。
鑒於世界朱氏聯合會已被批准在美國註冊成功，祥南會長宣布重新委任朱傑人教授為本會第五屆秘書長。
2003年11月29日，世界朱氏聯合會成立十周年紀念暨全球朱氏懇親大會在武夷山市隆重舉行。來自全球各國各地的朱氏宗親150餘人出席了大會。南平市和武夷山市的領導出席會議並祝賀大會的勝利召開。
29日上午，以會長朱祥南為首的世界朱氏聯合會會長團率領全體與會宗親前往黃坑文公墓地舉行了隆重的祭拜儀式。
根據菲律賓會議的決議，世界朱氏聯合會將在世界朱氏聯合會成立十周年之際，向武夷山朱子紀念館贈送朱子銅像一尊。
秘書處積極籌劃聘請著名雕塑家主持設計，並在全球範圍內募捐款項。世界朱氏聯合會的各國會員，積極回響，支持此一義舉，共募得人民幣20餘萬元。2003年11月銅像塑制完成，29日下午，在風光秀麗的天游峰下，舉行了朱子銅像落成揭幕暨武夷書院開館儀式。
朱子的銅像現在已經成為武夷山的一個著名景觀，在蒼山與翠柏之間，文公以講學之神態，現身於絡繹不絕的朝拜者和敬仰者之群中。
同時，為捐款者塑造的小銅像業已完成並陸續送達捐款者。
世界朱氏聯合會將因這一尊銅像的存在而與武夷山一起流傳千古。
當晚，紀念世界朱氏聯合會成立十周年大會隆重舉行。南平市領導到會祝賀。
30日上午，全體代表前往五夫瞻仰朱子故居。並舉行武夷山市朱子學校授牌儀式，校牌由本會會長朱祥南撰寫。授牌儀式後舉行了捐書與捐款活動，來自世界各地的朱子後裔慷慨解囊，僅祥南會長一人即捐資30萬元。會上，朱子學校的孩子們表演了精彩的文藝節目。
下午，舉行了全球朱氏的懇親大會。
會議期間，一個代表當今最高水平的朱子學術研討會——《朱熹全書與朱子學國際研討會》同時舉行，來自世界各國的學者30餘人出席了會議。會議共收到論文30餘篇。會後，論文已結集由華東師範大學出版社出版。
這是一次非常成功的大會，會議規模大、層次高、內容豐富、節目精彩、影響深遠。這次大會，徹底改變了世界朱氏聯合會在國內的被動局面，擴大了世界朱氏聯合會在國內的影響，取得了官方的認可和支持，為世界朱氏聯合會的進一步發展創造了條件。
由本會資助，歷經十年艱苦編修而成的《朱子全書》於2003年正式出版，全書2000萬字，27冊，是有史以來第一部文公著作的大全集，填補了中國學術史上的一個空白。2003年8月，上海市、安徽省聯合在上海舉行隆重的新書發布會，安徽省和上海市的領導出席會議並發表重要講話。同年11月，馬來西亞朱熹學術研究會在吉隆坡舉行了《朱子全書》推介禮，馬來西亞房屋及地方政府部長拿督斯里黃家定出席會議並發表演講。在武夷山紀念世界朱氏聯合會成立十周年的大會上，會長朱祥南號召朱氏後裔購買《全書》，以學習文公博大精深的理學思想。
2004年11月，會長團對台北宗親進行了訪問。會長團一行在台灣受到熱烈歡迎。這次訪問，是世界朱氏聯合會第一次對台灣的訪問，意義十分深遠。
在2002—2005年度中，本會會長朱祥南還對江西進行了兩次訪問。2003年年底，會長出席了江西朱氏源流研究會的成立大會；2004年中秋，會長訪問了修水的朱氏宗親。2005年春節期間，會長訪問武夷山，就世界朱氏聯合會在武夷山建立分會的問題與當地的領導舉行了會談，達成了初步意向。
2005年8月，會長對浙江義烏進行了訪問。
同月，會長特意造訪福建泉州市水頭鎮，對正在施工中的水頭朱子祠堂進行了考察。
2002—2005年度中，根據本會章程所賦予會長的權力，會長任命了三位副會長，他們是：新加坡朱耀群，中國台灣朱茂男，中國上海朱建民。
世界朱氏聯合會第六次代表大會於2005年10月16日在河南洛陽召開。來自美國、日本、韓國、新加坡、馬來西亞、中國大陸和中國香港、中國台灣等國家和地區的近千名代表出席了會議。
朱祥南會長致開幕詞。他對世界朱氏聯合會第六次代表大會的召開表示祝賀，對洛陽方面的有關協助表示誠摯的感謝，同時預祝大會圓滿成功。
朱昌均永遠名譽會長致辭。他強調加強對下一代年輕人的教育是朱氏聯合會成員非常重要的歷史使命。這也就是之所以要建立世界朱氏聯合會體制的原因。他建議首先應該做好朱子“規範論”、“道德論”和“實踐論”的學習，把朱子思想的真髓發揚光大。他強調的另一件事情，就是必須學習《朱子家訓》，他說，《朱子家訓》並不是只為朱家準備的，同時也是為全世界的人準備的。
與會代表、中國台灣地區的“立法委員”朱鳳芝女士也作了熱情洋溢的講話。
北京大學陳來教授以朱子學學者的身份發表講話。他說，洛陽是二程道學的發源地，本次大會在洛陽召開意義重大，程朱理學是千年來中國思想文化的核心和思想精華，是全球聯合和思想進步的重要根源，並代表中國哲學研究會對本次大會的成功召開表示期待。
之後，朱祥南會長為“洛陽朱熹文化研究會”揭牌。
隨後，嶽麓書院院長朱漢民先生作了題為《二程與朱熹》的學術報告。從程朱理學為何能夠成為宋代以後的主導思想、程朱理學是一種哲學化的儒學、從文化角度看理學等方面對程朱學術進行了深刻全面的闡述，並對今後儒學應有的學術地位表達了自己的見解。
大會討論了會長一職的選舉辦法。由朱元忠副會長主持，選舉會長一人、監事三人。經過舉手表決，朱祥南先生連任世界朱氏聯合會會長；朱茂男為常務副會長；朱傑人連任秘書長；朱光興、朱雲連任世界朱氏聯合會監事，選舉朱克倉為第六屆世界朱氏聯合會監事。
本次大會在豐富多姿的旅遊節目後，宣告圓滿結束。
2006年年初，驚悉本會創始人、永遠名譽會長朱昌均受到癌症侵襲而病重。會長得到訊息後立即決定組織會長團赴韓國作表敬慰問訪問。5月4日，由會長、常務副會長、秘書長、副秘書長、監事及各國宗親等組成的代表團一行二十餘人抵達韓國首都首爾。當晚舉行了隆重的授予朱昌均永遠名譽會長世界朱氏聯合會終身榮譽獎的儀式。會議由會長祥南宣布了授獎決定，頒發了獎狀、獎牌和獎勵決定書。祥南會長在講話中高度評價了昌均會長對世界朱氏聯合會所作出的不可替代的偉大貢獻，熱情歌頌了老會長的高尚人格和博大情懷。同時，來自世界各地的宗親向昌均會長贈送了禮品。
5月5日，代表團一行，參加了一年一度的韓國朱子祠大祭。
2006年8月15日至20日，應印度尼西亞巨港朱氏宗親的邀請，世界朱氏聯合會代表團對蘇門達臘巨港市（Palembang）進行了訪問。
說起能與蘇門達臘巨港的朱族人士取得聯繫，完全要歸功於新加坡的宗親朱運乾。因為生意上的往來，運乾宗長和印尼雅加達的商業夥伴，一位才30來歲的青年才俊SONI聊起家常。一問起彼此的中文姓名，才知道是“大水衝倒龍王廟”了，是自家人，都姓“朱”！運乾宗長就興奮地告訴SONI（朱國湞）關於世界朱氏聯合會的組織和會長朱祥南的電話號嗎，要求朱國湞與會長聯繫，邀請會長率領世界朱氏聯合會成員訪問巨港。
世界朱氏聯合會代表團由會長朱祥南夫婦親自率領，常務副會長朱茂男夫婦、副會長朱星河、秘書長朱傑人夫婦、監事朱雲、常務理事馬來西亞朱氏聯合會會長朱炳昆夫婦、常務理事新加坡朱運乾、理事馬來西亞朱永新夫婦、朱權達、理事中國義烏朱蔚森、朱德濟、理事中國南昌朱清源、朱華等一行18人參與訪問。這是世界朱氏聯合會第一次訪問印度尼西亞，也是印尼的朱氏宗親們首次與來自世界各國的宗親們相聚，所以意義非凡，對巨港朱氏宗親和華裔社會產生了極大和長遠的影響。代表團一行參加了一年一度的祭祖與樟格宮祭祀活動與巨港的宗親們舉行了座談會。
祥南會長作了重要的發言。他感謝巨港宗親們的盛情邀請，感謝巨港宗親們所做出的周到安排。他表彰了巨港宗親們在三十幾年排華的壓力下始終保持的團結與奮鬥精神。他說，他對巨港朱氏宗親們巨大的凝聚力、團結、和睦留下了深刻的印象。他希望巨港宗親們積極參與世界朱氏聯合會的活動，為世界朱氏的大團結作出貢獻。
常務副會長朱茂男發言，他介紹了朱子家訓。他把從台灣帶來的朱子家訓卡片分發給大家，希望印尼的宗親們能夠以此教育自己的子女。秘書長朱傑人介紹了世界朱氏聯合會的成立過程及宗旨，簡略地講解了先祖朱文公及其思想。
2006年11月，適逢馬來西亞朱氏聯合會成立50周年。世界朱氏聯合會組織來自世界各國的朱氏宗親數百人出席了馬來西亞宗親們的盛大慶典。慶典隆重、熱烈，充分展示出馬來西亞朱氏聯合會強大的生命力與凝聚力。
2006年中，會長朱祥南、常務副會長朱茂男訪問了中國山東、廣東、廣西、四川、海南與深圳等地的朱氏宗親，並訪問武夷山，出席了武夷山朱子學校落成的慶典。
2006年，世界朱氏聯合會還決定設立獎學金以激勵朱族子弟努力向學；設立朱子學研究優秀成果獎以推動世界範圍內的朱子學研究。
2007年4月7日-11日，由本會、台灣大學東亞經典與文化研究計畫、台灣師範大學地理系區域研究中心以及廈門大學人文學院聯合在中國廈門大學及武夷山舉行“朱子與閩台文化學術研討會”，同時舉辦“第二屆朱子學兩岸論壇”，獲得兩岸眾多學者和朱子後裔參與其盛，辦的非常成功。尤其是許多台灣學者都未到過武夷山參觀朱子遺蹟和旅遊觀光，所以大家對武夷山的丹山碧水、名勝古蹟、都興致勃勃，印象深刻。
5月份本會會長朱祥南夫婦和常務副會長朱茂男夫婦再次聯袂赴韓國拜訪本會永遠名譽會長朱昌均，之後續程濟州島旅遊。
6月初會長拜訪廣西南寧市的朱氏宗親，並與他們作了懇切的會談。
7月7日會長團與常務理事等組團訪問廣東陸河、豐順和汕頭等地的宗親，並參與汕尾市朱熹紀念館的開幕典禮，這次的參訪，加強了世界朱氏聯合會與潮汕地區朱氏宗親的聯繫。
8月19日，副會長朱良拱代表世界朱氏聯合會出席廣西博白朱熹研究會舉行盛大的學子表彰大會。會長原定出席，但因颱風關係而被阻留在福州機場兩天，所以未能趕上盛會。
9月3日，會長與常務副會長率領世界朱氏宗親代表團一行四十餘人，再次訪問印尼蘇門達臘巨港的朱氏宗親及祭祖活動。南蘇門達臘省省長和巨港市長都蒞臨大會與我們見面拜會言歡。
10月25日新加坡朱氏公會隆重慶祝成立60周年暨太祖文公877年誕辰紀念大會，會長團及理事會近百人出席了慶祝會，同時也成功地召開了本會第十九次運營委員會會議。會議決定2008年10月在中國江西文公故里婺源召開世界朱氏聯合會第七次會員代表大會。
10月27日轉中國武夷山參加10月28-30日由南平地區政府主辦的中國武夷山第二屆朱子文化節活動和建陽市政府簽署共同開發“朱子林”的意向書。
12月2日會長朱祥南參加馬來西亞朱氏聯合會51周年慶。
12月8日會長飛往廣州參加廣西、廣東、香港和四川各省聯辦的中國嶺南“新儒學與和諧社會構建學術”研討會。
12月23日馬來西亞檳城朱氏沛國堂舉行44周年慶。檳城沛國堂是祥南會長一直要爭取加入世界朱氏聯合會活動的對像。會長接到邀請後，立刻飛往檳城參加盛會並代表世界朱氏聯合會致詞和獻上賀儀。
展望2008年，會長計畫訪問台灣、菲律賓、韓國和印度尼西亞。而在中國國內方面，計畫訪問的地區包括四川的西昌、雲南的昆明和麗江、湖北的英山和麻城以及10月17日-20日於江西婺源召開的本會第7次代表大會，這次大會將產生新的領導班子，全世界的朱氏宗親都在翹首期盼著新的會長團來帶領我們邁向更燦爛的明天！
世界朱氏聯合會已經走過了15個春秋。這15年，道路曲折，但他始終在正確的道路上邁進。這15年，歷經艱辛，但他從不氣餒和放棄。我們有理由相信，在新屆會長團的領導下，世界朱氏聯合會一定會繼續創造輝煌，走向更加美好的未來。
