“嘌呤型”三螺旋DNA

“嘌呤型”或嘌呤-嘌呤-嘧啶型(R·RY)三螺旋中,第三條嘌呤鏈以反平行於Watson-Crick雙螺旋嘌呤鏈的方向纏繞到雙螺旋的大溝上,專一性地與嘌呤鏈結合。例如,典型的R·RY型三螺旋G·GC和A·AT,其相應的結構單元三鹼基體(圖3-26);其專一性體現在G對GC、A對AT的識別。

“嘌呤型”三螺旋DNA

早期,在利用光譜學超分離測量方法探索三鏈複合物時發現了G·GC和I·IC兩種R·RY型三螺旋。後來,Fresco等用親和色譜法確認R·RY型三螺旋中也包括A·AU∕I、I·AU∕T和I·GC三螺旋。隨後,又確認了G·GC、A·GC和T·AT 3種典型的R·RY型三螺旋,以及C·AT、A·GC和T·CG等相互作用較弱的三螺旋。研究發現R·RY型三螺旋(C·AT、A·GC和A·AT等)第三條嘌呤鏈和Watson-Crick雙螺旋的嘌呤鏈以兩個反-Hoogsteen氫鍵相連線,且糖環的二面角限制在anti區。
核磁共振實驗在研究R·RY型、內含一個T·CG三鹼基體的G·GC三螺旋(Karen, 1994)時,發現所有的糖環構象包括T·CG的轉化位點,均採取接近於C2′-endo的堆積形式。在三螺旋中,C2′-endo的糖環構象在每一條鏈上的分布按下列順序增加:嘧啶型<雙螺旋的嘌呤鏈<第三條嘌呤鏈。從目前的情況看,有關糖環構象以及R·RY型三螺旋整體結構尚需詳細研究。
在R·RY型三螺旋中,第三條核苷酸鏈的加入引起了扭轉角和X位移的變化。結果顯示,此三螺旋既不同於通常的A型也不同於B型DNA。雙螺旋的鹼基對向小溝方向移動了約19nm(原文為"-19nm"疑為"波浪線19nm"),以此來容納大溝上的第三條鏈(圖3-27)。總之,三螺旋中的雙螺旋區似乎並未受到第三條鏈太大的影響,而且雙螺旋區的鹼基堆積形式有些像A型DNA。然而與A型DNA不同的是雙螺旋區的大部分核苷酸的糖環構象是S型而非N型,R·RY型三螺旋的詳細結構仍需進一步研究。

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