分子間三鏈DNA
根據第三條鏈的來源，三鏈又可分為分子內和分子間兩大類：分子內的三鏈DNA是由一條鏈通過自身回折形成的，分子間的又分為兩種： ①由一條單鏈與髮夾結構或環狀單鏈所形成，②由一條單鏈與線狀雙鏈形成。但不論何種結構，三鏈中兩條化學同源的鏈（Pu與Pu，Py與Py）都是反平行的定位。
分子間三鏈DNA由單鏈與髮夾結構所形成的三鏈按形成髮夾的序列又分為兩種類型：①經典的髮夾結構，形成髮夾的兩部分在序列上互補，相互間可形成Watson-Crick鍵，其中一部分再與第三條鏈作用形成三鏈。②另一種形式的髮夾由呈鏡像重複的單一嘌呤或嘧啶形成，髮夾的兩部分不成鍵或成Hoogsteen鍵，再與第三條鏈作用形成三鏈。此外，環狀單鏈也可與另一條鏈作用形成三鏈，其結構與上述結構類似，只是用環狀單鏈取代了髮夾。由單鏈與線性雙鏈所形成的三鏈，結構比較常見。
三鏈核酸每條鏈都由單一的嘌呤或嘧啶束道所組成，所以只要鹼基匹配就可形成三鏈，而對於鏈中同時含有嘌呤和嘧啶束道的分子，其要形成三鏈則必須涉及到鏈的極性轉換。如圖中所示，這類分子稱為鏈轉換三鏈（alternate-strand triplex），它對於拓展可形成三鏈的鹼基序列具有重要意義，對於任意的序列，只要其每個相鄰的4~8個鹼基為寡聚嘌呤或寡聚嘧啶序列，它就可通過極性轉換而與相應的靶序列形成三鏈，但這種三鏈的形成效率隨體系不同變化很大，如在第三條鏈上沿3′—Pu—Py—5′方向轉換要比沿3′—Py—Pu—5′方向易於進行。
