主要指針對Win9X作業系統的病毒。現在的電腦用戶一般都安裝Windows系統，Windows病毒一般感染Win9X系統，其中最典型的病毒有CIH病毒。但這並不意味著可以忽略系統是WindowsNT系列(包括Windows2000)的計算機。一些Windows病毒不僅在Windows9X上容易感染，還可以感染WinNT上的其它檔案。主要感染的檔案擴展名為EXE、SCR、DLL、OCX等
Windows病毒是指能感染Windows可執行程式並可在Windows下運行的一類病毒。有相當一部分DOS病毒可在Windows的DOS視窗下運行，傳播和破壞，但它們還不是Windows病毒。Windows病毒按其感染的對象又可分為感染NE格式（Windows3.X）可執行程式的Windows3.X病毒；感染PE格式（Windows95/98）可執行程式的WIN95/98病毒。?
dos病毒是指基於dos作業系統而設計的病毒。
而蠕蟲則多是利用系統漏洞進行主動傳播的程式，
其結合了計算機病毒和黑客技術，可以在網路主動傳播而不需要用戶干預。譬如，slammer,msblaster,sasser。另外，也有人將目前目前流行的一些通過Email傳播的病毒成為蠕蟲，因為他們不再感染檔案，而只是單純地複製自己，有時候他們也會植入一些後門。不過個人認為，蠕蟲依賴於漏洞，實際上具有傳播功能的Exploit。
病毒主要是利用系統的正常功能進行傳播，並且其傳播需要用戶的干預，而蠕蟲是利用系統的非正常功能（漏洞）進行傳播，其傳播過程是自動完成的，不需要用戶的干預.
