圖書信息
書 名: DNA和蛋白質序列數據分析工具
作 者：薛慶中
出版社： 科學出版社
出版時間： 2010年4月1日
ISBN: 9787030270528
開本： 16開
定價: 48.00元
內容簡介
在眾多生物基因組測序項目完成之際，我們面臨的最大挑戰是如何對DNA和蛋白質數掘進行科學的分析和注釋。《DNA和蛋白質序列數據分析工具(第2版)》分三個層次解讀基因資料庫和網路工具：基因組學層面重點介紹序列比對工具BLAST和ClttstalX的使用、真核生物基因結構的預測、電子克隆及分子進化遺傳分析工具(MEGA4)的使用；蛋白質組學層面介紹了蛋白質結構與功能預測、序列模體的識別和解析、蛋白質譜數據分析、基因晶片數據處理和分析，以及套用GO注釋基因功能和通過KEGG分析代謝途徑；系統生物學層面從網路結構分析闡述了蛋白質與蛋白質的相互作用；此外，還增添了使用Bioperl模組進行數據分析和Windows作業系統下Bioperl程式包的安裝等內容。書中提及的各種方法均有充實的例證並附上相關數據和圖表，供讀者理解和參考；書後還附有中英文的專業術語和辭彙。
《DNA和蛋白質序列數據分析工具(第2版)》可作為對生物信息學專業感興趣的本科生、研究生和研究人員學習、研究的重要工具手冊。
圖書目錄
第二版前言
第一版前言
第1章 序列比對工具BLAST和Clustalx的使用
1.1 序列比對BLAST
1.1.1 Basic BLAST
1.1.2 網上blastx比對
1.1.3 網上PSl.Blast比對
1.1.4 Specialized BLAST
1.1.5 網上Blast2比對
1.2 本地運行BLAST(Windows系統)
1.2.1 BLAST程式下載
1.2.2 BLAST程式安裝
1.2.3 進入DOS命令行提示符狀態
1.2.4 搜尋資料庫的格式化
1.2.5 BLAST搜尋程式運行
1.2.6 本地化BLAST搜尋結果查看
1.3 多序列比對(ClustalX)
1.3.1 ClustalX的使用
1.3.2 數據的輸入
1.3.3 數據的輸出
主要參考文獻
第2章 真核生物基因結構的預測
2.1 基因可讀框的識別
2.2 CpG島、轉錄終止信號和啟動子區域的預測
2.2.1 CpG島的預測
2.2.2 轉錄終止信號的預測
2.2.3 啟動子區域的預測
2.3 基因密碼子偏好性計算：CodonW的使用
2.4 採用mRNA序列預測基因：Spidey的使用
2.5 ASTD資料庫簡介
主要參考文獻
第3章 電子克隆
3.1 利用UniGene資料庫進行電子延伸
3.1.1 目標序列的檢索
3.1.2 UniGene資料庫檢索
3.2 從資料庫中獲取CDNA全長序列
3.3 本地序列拼接
3.3.1 CAP3序列拼接程式
3.3.2 Velvet序列拼接程式
3.4 基因的電子表達譜分析
3.5 核酸序列的電子基因定位分析
主要參考文獻
第4章 分子進化遺傳分析工具(MEGA4)的使用
4.1 序列數據的獲取和比對
4.1.1 資料庫直接檢索
4.1.2 多序列比對
4.2 進化距離的估計
4.3 分子鐘假說的檢驗
4.4 系統進化樹構建
4.4.1 系統進化樹構建方法選擇
4.4.2 進化樹的樹形選擇
4.4.3 進化樹的拓撲結構調整
4.4.4 進化樹樹枝形態的最佳化
4.4.5 進化樹的保存
主要參考文獻
第5章 蛋白質結構與功能預測
5.1 蛋白質一級結構分析
5.1.1 ProtParam：蛋白質序列理化參數檢索
5.1.2 ProtScale：蛋白質親疏水性分析
5.1.3 COILS：捲曲螺鏇預測
5.2 蛋白質二級結構預測
5.2.1 PredictProtein：蛋白質結構預測
5.2.2 PSIPRED：不同蛋白質結構預測方法
5.3 InterProScan：模式和序列譜研究
5.3.1 InterPro’Scan簡介
5.3.2 PROSITE：蛋白質結構域、家族和功能位點資料庫
5.3.3 Pfam：蛋白質家族比對和HMM資料庫
5.3.4 BLOCKS：模組搜尋資料庫
5.3.5 SMART：簡單模組構架搜尋工具
5.3.6 TMHMM.跨膜區結構預測伺服器
5.4 蛋白質三級結構預測
5.4.1 Swiss.ModelWorkspace：同源建模的網路綜合伺服器
5.4.2 Phyre(Successorof3D.PSSM)：線串法預測蛋白質摺疊
5.4.3 HMMSTR／Rosetta：從頭預測蛋白質結構
5.4.4 Swiss.PdbViewer：分子建模和可視化工具
主要參考文獻
第6章 序列模體的識別和解析
6.1 MEME程式包
6.2 通過MEME識別DNA或蛋白質序列組中模體
6.3 通過MAST搜尋序列中的已知模體
6.4 通過GLAM2識別有空位的模體
6.5 通過GLAM2scAN搜尋序列中的已知模體
6.6 套用TOMTOM與資料庫中的已知模體進行搜尋比對
6.7 套用GOM0鑑定模體的功能
主要參考文獻
第7章 蛋白質譜數據分析
7.1 生物質譜技術介紹
7.1.1 質譜技術的基本原理
7.1.2 x!Tandem軟體
7.1.3 Mascot軟體
7.1.4 Sequest軟體
7.2 蛋白質組學數據統計分析軟體
7.2.1 TPP簡介
7.2.2 TPP的安裝與配置
7.2.3 樣本數據準備
7.2.4 將RAW檔案轉換成mzXML檔案
7.2.5 由out數據資料夾生成pepXML檔案
7.2.6 運行PeptideProphet
7.2.7 PeptideProphet處理後的結果分析
7.2.8 運行ProteinProphet
7.2.9 數據的過濾篩選和將結果保存成Excel檔案
主要參考文獻
第8章 基因晶片數據處理和分析
8.1 晶片數據的獲取和處理
8.1.1 ExpressCOnVener
8.1.2 MIDAS
8.2 晶片數據聚類分析和差異表達基因篩選
8.2.1 MeV
8.2.2 Cluster
8.2.3 TreeView
8.3 晶片數據的可視化
8.3.1 GenMAPP的概念
8.3.2 GenMAPP的安裝
8.3.3 GenMAPP的使用
8.4 晶片數據的檢索和提交
8.4.1 GEO檢索
8.4.2 Platform信息
8.4.3 Series信息_
8.4.4 Samples信息
8.4.5 晶片數據的提交
主要參考文獻
第9章 套用GO注釋基因功能和通過KEGG分析代謝途徑
9.1 GeneOntology資料庫
9.1.1 簡介
9.1.2 用關鍵字檢索GO資料庫
9.1.3 用序列檢索GO資料庫
9.2 KEGG資料庫
9.2.1 簡介
9.2.2 根據代謝途徑名稱檢索
9.2.3 根據基因名稱檢索
9.2.4 根據序列檢索
9.2.5 利用KAAS工具作批量注釋
9.2.6 基因晶片數據的代謝途徑分析
主要參考文獻
第10章 系統生物學網路結構分析
10.1 CytoScape軟體簡介
……
第11章 使用Bioperl模組作數據分析
第12章 Winodws環境下Bioperl程式包的安裝
英漢對照辭彙
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