農產品加工實驗室始建於1977年,當時主要由甜菜製糖工藝實驗室、分析實驗室、設備實驗室組成。1983年增加了食品工程實驗室,1989年增加了發酵工程實驗室,1991年又增加了亞麻後處理實驗室。1995年起開始了玉米、大豆、亞麻、馬鈴薯等農產品的專項研究工作,相應的實驗室也併入了其中。1998年院系調整,增加了生物科學、生物技術實驗室。在上述沿革的過程中,經過學科專業調整,現農產品加工實驗室下設:1、農產品深加工關鍵技術和設備實驗室;2、植物油脂和蛋白資源綜合開發實驗室;3、農產品生物技術實驗室;4、農產品分析檢測實驗室;5、農產品采後生理及貯藏實驗室;6、農產品加工工程研發中心實驗室。實驗室隸屬於齊齊哈爾大學生命科學與工程學院。
黑龍江省是我國的糧食主產區,其特點是大宗糧食多,農副產品資源豐富,開發利用潛力非常大,所表現出的科學技術工程問題也極有特色,而黑龍江省經濟發展的長遠戰略是發展以“生態、綠色、有機”為主導的現代農業和現代食品產業,並將食品工業列為黑龍江省六大支柱產業之一,這也就是本實驗室最核心的課題和基本的研究對象。近年來,本實驗室在玉米綜合加工技術、大豆磷脂、大豆低聚糖、葵花籽綜合加工、亞麻原料生物處理的研究與開發方面做了比較系統、全面的工作。實施教學與科學研究相結合,注重科學研究與高層次創新人才培養、教師隊伍建設相結合,套用基礎理論與套用技術研究相結合,科學研究與產品開發相結合,開發研究與成果產業化相結合的指導思想,形成了自身的特色和優勢。
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