保護區東至赤峪河,西連太白縣,南接周至國家級自然保護區,北到黃池河入黑河口,範圍在東經107°46′22″-108°26′22″,北緯33°43′07″-34°11′45″之間。 核心區位於黑河主河道甘峪灣至釣魚台,範圍在東經107°46′22″-108°12′38″,北緯33°52′01″-34°03′15″之間。 實驗區位於黑河支流,西至花耳坪河,東至赤峪河,其中包括黃池河、駱峪河、就峪河、柳葉河、陳家河、大蟒河、虎豹河、王家河、清水河、花耳坪河、太平河、板房子河、田峪河、赤峪河,範圍在東經107°49′05″-108°26′31″,北緯33°43′07″-34°11′45″之間。