早年事跡
黃文雄1937年生於台灣新竹西門的林家大厝，外公是中國歷史名人林占梅的後代，父親則擔任過新竹自來水廠廠長。1950年代，中國國民黨為了安定政局，實施了大規模的“掃匪行動”，島內人人自危，許多“匪諜”因此被捕入獄。黃文雄的父親，一個親共的公務員，被打成“匪諜”，當時台灣由美軍第七艦隊駐防，打擊中共。
黃文雄黃文雄自新竹中學畢業後，考上國立政治大學新聞系，服兵役時駐在馬祖外島東犬島（即東莒），退伍後於1963年曾經就讀政大新聞研究所一年，1964年獲得美國匹茲堡大學獎學金，到該校的社會學研究所就讀，1966年則轉到康乃爾大學社會研究所博士班，活躍於當時美國的反戰運動以及學生運動。
關於黃文雄早年的事跡並無太多記錄，但大概能知道黃文雄是一個靦腆內向的人。曾任台獨聯盟紐約支部支部長的吳木盛，在其自傳中這樣回憶他當時所認識的黃文雄：
“ 黃長得很帥，又瀟灑，又浪漫，還有一隻不離嘴的菸斗，加上那裊裊（sic）而上的黑煙，使人感覺他是用詩寫成的一個人。黃很恬靜，我記憶里沒有他講過話的印象，他的聲音與聲調到現在對我而言還是陌生的。 ”
刺蔣的計畫
在1960年代的末期，台灣獨立組織在美國剛剛萌發不久，海外的台獨運動基本上還是以日本為基地。在得知蔣經國即將於1970年訪美的訊息以後，賴文雄、鄭自才（黃文雄的妹夫）、黃文雄、黃晴美等四個台獨聯盟的盟員暗中決定要對蔣有進一步的行動。賴文雄在2000年的時候這樣回憶這個計畫的緣由：
1970年 蔣經國訪美“ 事實上，蔣經國要來美國之前，先去了日本，當時我們很高興，心想在日本的同志一定會把他修理掉，我們就在等；然而他又平安回到台灣。原本我們認為，日本的同志在台灣獨立運動的歷史及時間上都比較久，在美國成立本部之前，我們一直都是受他們的領導，他們應該會有行動，所以當蔣經國平安回到台灣後，我們開始煩惱了，心想他來美國時，我們要怎么辦？還可以不做表示嗎？除了市議員投反對票外，一定要再進一步作秀……。 ”
他們因此決定刺殺蔣經國，以這個行動來向國際社會表達自己一小撮人的心聲。因為他們在當預官時都學過用手槍，所以他們就買了兩、三支手槍去山上練習。賴文雄提議用抽籤的來決定由誰來開這一槍，黃文雄卻表示不用了，就由他來就好。因為黃文雄認為其為四人裡面唯一未婚、比較沒有家累牽掛的，因而他自願負責開槍。
四二四刺蔣案
1970年4月18日，蔣介石的兒子，時任行政院副院長的蔣經國應美國國務卿羅吉斯之邀，赴美做為期十天的訪問，以爭取美國政府對國民政府的援助。在蔣經國訪美之前，台獨聯盟主席蔡同榮即致函美國總統尼克森，要求其停止對台灣的援助，以便孤立台灣。4月18日蔣經國抵達洛杉磯時，台獨聯盟即揭開反對蔣經國訪美的示威遊行。20日蔣到達華盛頓郊外的安德魯軍用機場時，
美國紐約廣場大飯店60位台獨盟員即手持“我們就是台灣”及“台灣要自決與自由”標語，並高喊口號。同日蔣經國要到白宮訪問尼克森總統時，華府地區台獨聯盟再到白宮前舉行第三次反蔣示威，並散發傳單表明：“台灣需要的是自由，不是軍援！ ”。
4月24日，蔣經國到紐約市的廣場飯店，紐約區的台獨盟員再度舉行第四度示威遊行時 ，終於爆發黃文雄開槍刺蔣未遂被捕的怒吼。近中午時分，蔣經國的座車駛到紐約廣場大飯店（Hotel Plaza）參加美東工商協會的餐會，他在美國警察與其隨扈的護衛下登上石階，走向飯店旋轉門門口。就在此時，當時為康乃爾大學博士生的黃文雄，突然從遊行隊伍跑出來，沖向蔣經國喊道：“我們是台灣，在這裡清算我們的血債冤仇！”黃文雄拔槍時，一位機警的美方人員迅速由下往上將黃文雄持槍的手托高，因此子彈於蔣經國頭上約20厘米飛過，並沒有打到蔣經國，而是射向飯店的旋轉門。黃文雄當場被制伏，被壓倒在地的黃文雄大喊：“讓我像台灣人般地站起來！”（Let me stand like a Taiwanese!）見狀上前搶救的鄭自才也被警棍擊倒在地，頭部流血受傷而被送到醫院急救。兩人在被押進美國警車時，仍一直高喊：“台灣獨立萬歲！
刺蔣案的後續發展與影響
黃文雄、鄭自才兩人被送到紐約市西第五十四街管區警局，並於4月29日被曼哈頓法院起訴。黃文雄被控殺人末遂、攜帶危險武器、妨害公務等。鄭自才被控幫助殺人末遂以及妨害公務。四二四刺蔣的槍聲，立即引起全世界對台灣獨立運動的注目，美國、日本 、歐洲、加拿大各地的電台與各大報紙均以頭條新聞大幅報導，同時也掀起海外台獨運動的高潮。為了救援黃文雄和鄭自才，海外同鄉設立“台灣人權訴訟基金”，各地發起救援募款，以籌措黃、鄭二人的保釋金20萬美元。終於在5月26日和7月8日分別將二人保釋出獄。
嚴家淦和蔣經國 後來兩人棄保逃離美國，鄭自才前往瑞典尋求政治庇護，不過在1972年遭引渡回美國，並被判刑5年，在服刑8個月後獲得假釋，先後定居於瑞典與加拿大，1991年偷渡回台；黃文雄則從此未曾露面，一直到1996年春季經過26年的流亡才偷渡回台灣公開露面。
四二四刺蔣事件在台灣政治發展史上具有重要意義。台灣史學者李筱峰曾經這樣評論過該案對台灣政治發展的影響：
“ 這次的刺殺行動雖然失敗了，蔣經國也果然在兩年後（1972.5.29）接掌行政院。不過，蔣經國在遇刺逃過一劫之後，心中盤踞著一個問題，他這樣問身邊的人：“台灣人為什麼要殺我？”…… ”
“ 蔣經國自從那一次遇刺之後，就沒有再出國。不過，正式主政的蔣經國，顯然較諸於五〇、六〇年代的政治有了不同的作風。最明顯的是，開始起用台籍政治精英，讓台籍人士嶄露頭角，而被稱為“本土化”的開始。…… 此外，整肅異己的政治案件雖然沒有在蔣經國主政後絕跡，不過數目顯然減少許多，而且處刑也較寬緩，不像五〇、六〇年代動輒就槍斃處決。 ”
前任國史館館長的台灣史學者張炎憲，則這樣評論該案在台灣歷史的地位：
“ 在台灣人長期反對外來政權統治的過程中，從日本時代到目前，可以說不斷有人在追求台灣獨立、台灣人能當家做主。我相信鄭自才、黃文雄在這個事件所表現的，正是台灣人的一種意志，一種對統治者的反抗，不管這個反抗成功或失敗，它都代表了當時一部分人的意志和想法。…… 我想，他們那一代的人為此可說沒有白活，他們在歷史留下一個紀錄，表明了台灣人為什麼要反抗蔣經國？為什麼反抗國民黨？為什麼有這樣的主張？我想後來的人都可藉此反省而把這些經驗變成台灣歷史文化的一部分。 ”
重回台灣開展人權運動
1996年4月，黃文雄以偷渡方式入境台灣，5月6日公開現身並發表聲明。偷渡入境的黃文雄後來雖被起訴，但勝訴而獲判無罪。
黃文雄聲稱反對中國將來民主的統一。他認為因應之道是“努力把民主化推廣到社會生活的其他領域”，尤其要“建立東方社會市民自我組織”，並表示“將投身台灣的社會運動”。黃文雄曾表示，他返台後花了半年的時間，深入了解台灣各地。他除了曾提出“台北≠台灣”的觀點外，也認為必須以人權、民主理念豐富台獨運動的內涵。因此，他選擇以人權運動作為他的主要工作目標。1998年1月，黃文雄當選為台灣人權促進會會長。
台東縣人權紀念公園&將軍岩2000年，陳水扁當選總統。由於陳水扁競選期間接受黃文雄的建議，在首次就職演說中列入有關人權政策與人權立法之文字，黃文雄辭去台灣人權促進會執行委員之職，接受了陳水扁的邀請擔任總統府國策顧問。陳水扁後來並請黃文雄擔任外交部無任所大使、總統府人權諮詢小組委員，繼續為台灣及其他各國的人權運動奮鬥。但是黃文雄發現，民進黨政府沒有積極推動人權政策，導致一些人權法案被“卡”在立法院；尤其是行政院與內政部提出“全民指紋建檔”一案，明顯侵犯民眾隱私權，甚至在無形之中默認全體台灣人民都是“預謀犯罪者”，加深了黃文雄對民進黨政府的不滿。2005年5月24日，黃文雄與台灣人權促進會、中國人權協會等人權團體合組拒按指紋524行動聯盟，公開反對行政院推行的“全民指紋建檔”計畫。2005年9月，針對“全民指紋建檔”一案，拒按指紋524行動聯盟向法院提出“暫時處分”和“釋憲官司”。2005年10月，黃文雄辭去國策顧問職位，轉任台灣人權促進會顧問。
2006年12月4日，黃文雄在台灣綠黨網站發表〈我為什麼支持綠黨？〉一文，公開表態支持台灣綠黨，並批評泛藍與泛綠關懷的議題主要局限於國家認同與省籍差異，而非公共議題。
