遺址堆積分兩層:
第一層,鬆軟的黃褐色沙質土,出土繩紋陶片和現代瓷片、鐵器等遺物,屬近現代擾亂層。
第二層,灰褐色沙為主,含極少量土質,鬆散。出土大量陶器和瓷器。陶器屬灰陶系,夾砂陶占96%以上,泥質陶很少,分白陶和灰陶兩種,製作非常精細。紋飾以繩紋為主,還有劃紋、水波紋、編織紋、幾何形壓印紋等。器類有釜、罐、盤、圈足盤、盆、缽、碗、筒形器、器座等。石器有磨製石器、打制石器和天然工具。石料為石英岩、沙岩和板岩。
鹹頭嶺遺址是珠江三角洲地區新石器時代中期沙丘遺址中最重要的一處。鹹頭嶺遺址的年代距今約7000年。