人物生平
頗有才學
馬日磾為著名經學家馬融的族孫 （一作族子 ），年輕時已傳承了馬融的學說，並且以才學入仕朝廷 。曾任諫議大夫、光祿大夫，與議郎盧植、議郎蔡邕、楊彪等一同在東觀典校官藏的《五經》記傳，並參與補續《東觀漢記》 。
熹平四年（175年），馬日磾與光祿大夫楊賜、五官中郎將堂溪典、議郎蔡邕、張馴、韓說、太史令單颺等人上奏，指出經學典籍傳習久遠，訛謬的情況日趨嚴重，請求正訂《六經》的文字。漢靈帝同意他們的建議，遂命楊賜等進行校勘，並將校正過的經籍刻於石碑，立在太學之外，作為經籍正本（即著名的《熹平石經》）。
光和元年（178年）七月，漢靈帝因此前頻頻發生災異，下詔召馬日磾與議郎蔡邕、張華以及光祿大夫楊賜、議郎、太史令單颺至金商門，入崇德殿，讓中常侍曹節、王甫問他們關於災異及消除變故所應當採取的辦法。
連任三公
中平五年（188年），時為射聲校尉的馬日磾升任太尉 。中平六年（189年）四月，馬日磾被罷免。
初平二年（191年）七月，時任太常的馬日磾轉任太尉。 同年，司徒王允與呂布等殺死董卓，蔡邕因董卓被殺而嘆息，惹怒王允將他收捕下廷尉，士大夫大多都嘗試拯救但不果，馬日磾聽說後急忙前往對王允說：“伯喈是曠世的奇才，清楚很多漢朝的事，應當讓他續寫解決後邊的歷史，讓它成為一代重要的典籍。而且他忠誠孝順的名聲一向顯著，獲罪也沒有緣由，殺了他豈不是會喪失威望嗎？”王允說：“過去漢武帝不殺司馬遷，讓他寫出毀謗的書，流傳於後世。現今國家中途衰落，政權不穩固，不能讓奸邪諂媚的臣子在幼主旁邊寫文章。這既不能增益聖上的仁德，又令我們蒙受毀謗議論。”馬日磾離去後告訴別人說：“王允大概不能長久於世吧。有道德的人，是國家的綱紀；寫作，是國家的典籍。廢棄了綱紀與典籍，難道還能長久嗎！”蔡邕便死在獄中。
出使關東
初平三年（192年），原董卓部將李傕等人攻陷長安，殺死主政的王允並把持朝政。李傕於同年七月庚子日任命馬日磾為太傅、錄尚書事。一個月後與太僕趙岐持節安撫關東（函谷關以東） ，以向關東諸侯示好。馬日磾便順道拜授袁術左將軍、陽翟侯的官爵。
憂憤而死
馬日磾到壽春後，曾舉薦、徵辟朱治 、孫策 、華歆 等人為官。馬日磾多次有求於袁術，袁術便輕侮他，藉故問他取符節觀看，趁機搶奪不還，並強迫他辟命自己軍中將士十多人，馬日磾對袁術說：“你先世諸公徵辟掾屬怎么做？你要催我徵辟，難道認為公府的掾屬可以靠劫迫得到嗎？”馬日磾不能索回符節，於是要求離去，但又被袁術阻止，更試圖強逼馬日磾任其軍師。馬日磾因為他被強搶符節而感到屈辱，於興平元年（194年）在壽春憂憤嘔血而死。
身後議論
建安二年（197年），馬日磾遺體被送回許都，朝廷想加以禮葬，少府孔融議論說：“馬日磾憑上公的尊貴身份，持天子的髦節，奉命處理地方事務，安寧東夏，竟然取媚奸臣，被他所指使，所上章表署名補用，馬日磾都是第一個。依附下級，欺騙朝廷，奸詐事君。從前國佐敵晉軍，不為其折服，宜僚當著白晃晃的刀而面不改色。朝廷大臣難道可以受威脅為藉口嗎？而且袁術越級叛逆，不是一朝一夕的事，與日磾隨從，周旋歷年。《漢律》規定：與罪人往來三天以上，都應該知道他的情況。《春秋》說：魯叔孫得臣死了，為了不張揚襄仲的罪貶，不寫日子。鄭討伐幽公，砍薄子家的棺材，因為他殺君的緣故。陛下可憐舊臣，不忍追究定罪，已經很寬大了，不應該再加禮。”朝廷便採納他的意見。
人物評價
孔融：日磾以上公之尊，秉髦節之使，銜命直指，寧輯東夏，而曲媚奸臣，為所牽率，章表署用，輒使首名，附下罔上，奸以事君。
趙岐《三輔決錄》：少傳融業，以才學進。
王夫之《讀通鑑論》：馬日磾、趙岐之和解關東也誰遣之？於時李傕、郭氾引兵向闕，種拂戰死，天子步出宣平門，王允、宋翼、王弘駢死闕下，宮門之外皆仇敵也，而暇念及於袁、劉、公孫不輯於千里之外邪？故知非獻帝遣之，傕、氾遣之也......嗚呼！日磾、岐為漢之大臣，而受賊之羈絡以聽其頤指，其頑鄙而不知恥，亦至是哉......夫與賊同立於朝，所難者不能自拔耳。二子者，幸而得銜命以出，是溫嶠假手以圖王敦之機會也。紹、術、瓚、表雖懷異志，而朱儁、曹操、劉虞、孫策，夫豈不可激厲入援以解天子之困厄。而命之曰和解，則以和解畢事，曾不知有問及中朝者，二子將何辭以答也？故遣日磾、岐者，傕、氾也；奔走於諸將之間，靦顏以嚅囁者，為傕、氾效也；為天下賤，不亦宜乎！
史料記載
《三輔決錄》
《三國志》
《後漢書》
《資治通鑑》（ 卷第五十九至卷六十二）
