評估
與上市公司不同，非上市公司在制訂員工持股及管理者收購計畫時，其股權購買價格的確定沒有相應的股票市場價格作為定價基礎，因此其確定的難度相對要大得多。在美國的非上市公司通常採用的方法是對企業的價值進行專業的評估，以確定企業每股的內在價值並以此作為股權出售價格的基礎。
我國的一些非上市公司在實施員工持股及管理者收購計畫時，股權價格的確定一般採用每股淨資產值為主要的甚至是唯一的依據，一些企業的股權價格乾脆就簡單的確定為普通股票的面值。如武漢國資公司對非上市公司與有限責任公司的股票期權授予的行權價格確定為"按審計的當年企業淨資產折算成企業法定代表人持股份額 "。以每股淨資產值或者以股票面值作為交易價格的基礎，在每股淨資產的基礎上作出部分溢價目前已經成為一種廣泛採用的方式。
股份質押登記
從本質上講，股份質押屬於一種權利質押，是指出質人與質權人協定在出質人所持有的股份上設定限制性物權，當債務人到期不能履行債務時，債權人可以依約定就股份折價受償，或將該股份出售而就其所得價金優先受償的一種擔保方式。與票據、公司債券等權利質押相類似，股份質押生效的要件之一在於履行法律規定的登記或記載義務，登記程式的設定具有公示作用，其意義在於通過股份質押的公示作用達到安全、公平、效率的交易目的。
動產質押的公示作用和形式體現在轉移質押物的占有，而權利是非物化的利益，其公示作用可以通過登記予以體現。非上市公司的股權質押所產生的法律後果將與出資人以外的第三人有關聯；公示的作用體現出交易的公平和透明，其公示的對象至少有兩部分。其一是公司內部，公司及其他股份持有人有必要及時了解公司股份的交易狀況，其意義在於為公司股份的可能變化以及對公司經營管理的影響產生預期認識，由於質押的可能後果之一是被質押股份的被動轉讓，從其他股份持有人角度考慮，根據《公司法》等規定，公司股份變動必然涉及到其他股份持有人的權利義務變化；從公司角度考慮，新的股東構成將對公司的經營管理產生一定程度的影響。基於非上市公司的特徵，股份質押公示作用不言而喻。其二是公司以外的其他人，通過了解公司股份設定質押的狀況，可以避免交易陷阱，了解擬接受質押股份是否符合法律規定的質押條件、是否存在股份的重複質押以及出質人的經營狀況等，從而更好地保證相關人的合法權益。因此，設立股權質押登記生效制度具有重要的意義。
《擔保法》及司法解釋規定，以有限責任公司及非上市股份有限公司的股份出質的，質押契約自股份出質記載於股東名冊之日起生效。基於現階段公司法律相關規定不完善和公司制度運作不規範，上述規定存在制度設計上的缺陷和現實操作的困難，很多股權質押效力之爭即源於上述規定，不但妨害質權的順利實現，也對公司股份交易造成不利影響。
首先，股東名冊本身存在固有的缺陷。
1、股東名冊在實踐中被認可的程度低，未能發揮應有作用。公司法、擔保法以及擔保法司法解釋等法律法規對於股東名冊的內容、法律地位等規定雖然較為詳盡，但是實際操作中未上市公司股東名冊的套用非常有限。很多公司沒有按照法律規定建立股東名冊或者建立之後又廢除，交易中對股東身份的證明均依賴工商機關的記載。司法實踐中，即使公司建立了完整的股東名冊，法院、仲裁機構對股權的認定也以工商機關的登記為準，股東名冊所記載的內容無法成為被法律認可的權威依據。
2、公司的股東名冊缺乏公信公示力。公司法規定的股東名冊制度，立足於意思自治，本質上是一種信用制度。這種信用制度的操作環境取決於公司嚴格依法運行。目前國內大多數企業法律意識不強，更談不上履行建立股東名冊、接受股權查詢等義務。即使建立起股東名冊，也缺乏聯網、發布、查詢的公示條件。股東名冊保存在被出質股份所在的公司手中，該股權質押就不會為除了當事人以外的其他社會公眾所知悉，因而也就不具有公示力和公信力。
其次，擔保法規定的非上市公司股份質押登記於股東名冊的方式缺乏科學性和可操作性，容易引發不必要的爭議。
正是股東名冊存在上述固有的缺陷，股份質押記載股東名冊的實際操作中存在諸多問題。質權人的質權能否順利實現完全依賴於出質人誠實信用的程度，如果出質人不遵守誠實信用的原則，不將該股權出質的事實登記在股東名冊上，或者雖然出質時登記在股東名冊上，但事後私自將該登記予以刪改甚至重新製作一份股東名冊，將該股份非法轉讓或者將其重複質押給其他人，就會嚴重危及到質權人質權的實現。上述問題將牽扯出其他的主要法律問題可能包括：
1、因質權人因無法證明股份質押已經記載於公司股東名冊而導致質押契約無效問題。股東名單雖然可以通過工商行政管理部門查詢證實，但股東名冊保存於公司，因此即使股份出質已經記載於公司股東名冊，但出質人或公司採取修改、刪除、另立名冊等手段刻意隱瞞出質登記事實，將導致質權人無法證明股份出質已履行法定的記載程式，質權人的合法權益可能遭受損失。
2、已質押股份被轉讓問題。根據《公司法》及《公司登記管理條例》等法律法規的規定，股份轉讓的應履行變更登記手續；股份有限公司股東轉讓其股份，必須在依法設立的證券交易所進行。有限責任公司的股份出質登記並未在工商部門辦理，非上市股份有限公司的股份出質登記也不在證券交易機構辦理，因此將已質押股份轉讓不存在操作上的障礙，事實上這種情況已經大量存在。在股份轉讓已經支付對價並依法辦理登記變更手續後，不論質權人能否證明股份出質已記載股東名冊的事實，均會產生質押效力爭議和股份轉讓效力爭議，最終損害質權人的利益。
3、已出質股份被重複質押問題。由於出質人或公司可以採取修改、刪除、另立名冊等手段刻意隱瞞出質登記事實，股份出質情況在股東名冊上得不到體現，出質人可以將該部分股份重複質押並記載於股東名冊，前手質權人的質權無疑將得不到保障。
正由於存在上述問題，非上市公司股份質押登記制度有待於改進。
股份出質登記
非上市公司股份質押登記中股東名冊的操作缺位造成的問題困擾著產權交易的諸多方面，並引起不必要的爭議和損失。同樣，上述問題在上市公司中幾乎不存在。由於中國採用的是託管、清算、結算三位一體的清算體系，證券法規定股份公司上市之前必須將股東名冊統一託管到證券登記結算機構，上市交易和託管是聯動的，剛剛由深滬兩市的證券登記公司改組而來的中國證券登記結算有限責任公司對公司法規定的股東名冊制度起到了完全的替代作用，由於上市公司的股份（股票）質押登記的操作性強，運作成熟，因質押登記引起的相關爭議很少。中國證券登記公司是對上市公司股東名冊的獨立第三方託管，股東名冊質押記載制度的操作性缺陷，因此，思考建立合理的股份質押登記制度很有必要，必須結合獨立第三方的託管和具有公示意義的登記才具有操作性，才可以避免前述的弊端存在。
非上市公司的股份託管制度建立是解決股份質押登記存在問題的關鍵。
1、託管的概念和性質
所謂託管，狹義上是指實物證券的安全保管和簿記式證券的帳務記錄和管理。實物證券的安全保管，是託管的本意。對於簿記式股票，登記是託管的必要前提。隨著實物證券交易日漸減少，託管首要含義是登記託管，股權（股票）的託管主要指股權登記託管，證券市場上的股權託管，全稱是股權的委託管理。在登記託管基礎上，提供託管的機構衍生出的託管業務包括：開戶、查詢、掛失、凍結、質押、過戶、代理分紅派息、信息諮詢等。但從另外一個角度看，託管也可以包括對特定事項的委託管理並履行與託管相適應的一系列管理和交易職責、義務，因此，在提供託管的機構角度看，託管是一個廣義概念。
有觀點認為，託管機構的業務性質是一種政府行政管理職能。我們認為，股權登記託管是一種服務，或者說是一種帶有壟斷競爭意義的服務，但這種服務是基於政府行政管理的要求而產生；也就是說，託管是政府行政管理要求下的強制性要求，但與託管機構之間是平等的民事主體關係。
股份登記託管的法律效力可以衍生於股東名冊，託管的性質也必須延伸到股東名冊記載事務的性質。股東名冊是公司法要求的一種公司義務，公司的這種義務對公司自身來說是一種民事法律行為。股東認為公司記載不當可以提起民事確權、民事變更之訴，而非行政訴訟，被告也是公司，證監會關於股東名冊訴訟事務的規定明白的說明了這一點。那么，公司為了規避股東名冊記載錯誤等風險，或者為了更好地履行法定義務，提升該義務的公信力、公示力，可以委託獨立第三方進行股份登記託管，在公司和託管機構之間建立了委託代理關係。這些都是民事法律行為。因此，作為提供託管服務的機構的業務性質，只能是一種平等主體的服務。實踐中，證券登記結算機構也作為一個企業，接受委託的時候要和上市公司簽訂上市託管協定。
然而，託管機構提供的服務，特殊性在於公共管理色彩。由於託管的本質在於提供具有公示力和公信力的股東名冊記載，不能是市場準入較低的服務。相反，它必然帶有壟斷特徵的服務。政府應當提高託管服務的市場準入門檻，加強監管，制訂較低的託管業務收費標準。
既然是服務，必須講求服務品質和減少業務風險。這就要求各地在開展託管業務時，應當以市場經濟的眼光來確定託管機構。不能把託管事務當做政府職能進行管理，確定託管機構要注重託管機構的服務意識。託管機構應當謹慎從業，必要時提取業務賠償風險準備金、完善託管保險機制。
2、非上市公司股份登記託管體系
對於上市的股份公司，依照證券法150條的規定，上市公司的股東名冊強制託管到證券登記結算系統，該類型的託管制度以及在託管制度基礎上的股份質押登記規定已經完善。而根據股東名冊的固有缺陷，我們可以建立非上市公司登記託管體系。
A、對於有限責任公司，由現有的工商登記體系中的股權登記來實現股東名冊的獨立第三方託管。公司置備的股東名冊，只是工商機關的副本，公司有義務將自己保管的股東名冊的記載事項和工商機關的登記事項保持一致，以工商機關登記為準。工商機關的股權登記應當涵蓋公司法規定的股東名冊的法定記載事項。解決了這個定性問題，困擾已久的有限責任公司股權質押登記的管轄權問題則迎刃而解。本來，工商登記系統辦理有限公司股份質押登記具有很強的操作意義，但是由於擔保法規定，有限責任公司股份出質記載於股東名冊生效，工商機關沒法突破擔保法的規定辦理有限公司股份質押登記。在現行法律不作修改的前提下，只有把工商機關登記事項視為公司股東名冊的全面託管才能為工商機關受理股份質押登記的申請提供法律依據，才能為工商機關辦理的股份質押登記提供法律效力。
B、對於未上市股份公司，由於目前基本屬於當地體改部門管理。可以依據屬地管轄權，由省級政府或者省級體改部門頒布地方性規章，指定某間機構辦理未上市股份公司股東名冊的獨立第三方託管，託管業務模式比照前述上市公司的託管體系辦理。目前，託管機構大多由各地方自行指定，包括工商系統、政府其他部門、證券機構、產權交易機構等。比如上海、廈門等地方設立產權交易中心，非上市股份公司的股權託管、質押登記、凍結、過戶交易等均在產權交易中心辦理。上述股份託管應是一種強制性的託管，與股份有關的交易和其他事宜均應在託管機構辦理才有效。
之所以非上市股份公司不能沿用有限公司由工商系統託管的體系，原因在於工商登記事項不能包括未上市公司非發起人股。《中華人民共和國公司登記管理條例》第九條規定：“公司的登記事項包括：名稱、住所、法定代表人、註冊資本、企業類型、經營範圍、營業期限、有限責任公司股東或者股份有限公司發起人的姓名或者名稱。”可見，法律和行政法規認可的強制登記事項只有這八項。工商機關只登記發起人股份，這是由股份公司的性質決定的。股份公司的股份被稱為股票，除發起人股、高管人員股等例外情形外，原則上能夠自由流通，如果將非發起人股列入登記範圍，勢必影響股票的交易流通，違反了股份公司的本質。事實上，非發起人股東數量可能很多，無法進行登記管理，特別是成立較長時間的未上市股份公司。
因此，股份公司的非發起人股不適合在工商機關登記，那么，在沒有合法依據的初始登記的情況下，非發起人股發生股份流轉和變動，工商機關的登記也就成了“無源之水，無本之木”，無法在工商機關辦理股份轉讓等變更登記。此外，工商機關係行政機關，其設立非上市股份公司的股份登記制度必須有法律依據，剛生效不久的《行政許可法》設立新的審批、登記、許可等也作出了嚴格的規定。當前各級政府正在進行的減少審批事項的改革，客觀上更要求不能違反法律和行政法規的規定增設審批、登記、備案等事項。
（二）在前述託管制度建立的基礎上，分別對有限責任公司和非上市股份有限公司的股份質押登記制度進行規範，妥善解決因股份出質記載公司股東名冊方生效的規定而產生的問題。
1、關於有限責任公司的股份出質登記問題。
在託管制度建立後，工商機關成為有限責任公司法定的股權託管機構。根據《公司法》以及《公司登記管理條例》等規定，工商機關對公司設立後的股東和股份的登記、變更等事項均進行詳細記載並具備法律上的公示效力，且股東名冊保存於工商機關，有限責任公司的股份出質登記應在工商機關辦理，即股份出質記載於保存在工商機關的公司股東名冊後，股份質押契約生效。
另一方面，如果直接修改現行股份出質記載方式，而是逕行規定股份出質應在工商機關辦理登記，在工商機關對有限責任公司的股份有詳細的、具有法律意義上登記備案的基礎上，該規定同樣達到解決問題的效果。
2、關於非上市股份有限公司的股份質押登記問題。
非上市股份有限公司的股份強制託管制度建立後，股份出質的登記應在託管機構辦理。
從法律規定的角度出發，《公司法》第一百四十四條規定，（股份有限公司）股東轉讓其股份，必須在依法設立的證券交易場所進行。託管機構本身就是非上市股份有限公司股份交易的指定場所，而股份出質本質上也是一種交易行為，將來實現質權時，必然涉及股份轉讓的問題。因此，由託管機構辦理出質登記符合法律的規定。
從操作層面看，託管機構的股份託管本身具備公示效力，在託管機構進行出質登記具有唯一的法律效力，避免了股份出質記載於股東名冊規定的諸多缺陷，也與現行法律關於上市股份公司股份出質的登記規定具備同樣的良性效果。
