赫拉克利特靈魂是火
論靈魂真正的智慧（邏各斯）就是認識萬物的主宰，也就是火。“智慧就是一件事情：取得真的認識，即萬物何以通過萬物而被主宰”（殘篇132），“不聽從我而聽從這個邏各斯，就會說萬物是一，就是智慧”（殘篇50）。
在此基礎上，赫拉克利特肯定地指出，產生萬物又駕馭萬物的邏各斯（對立統一）才是真正的神，“唯有智慧是一，它既不願意又願意被人稱之為宙斯”（殘篇128）。只有神才能掌握一，人只能看到事物相對的一面，是有限的，“對於神來說，萬物都是美的、善的和公正的，而人們卻認為有些東西不公正，有些東西公正”（殘篇102）。
由此，赫拉克利特的火與邏各斯、宇宙、神的概念是等同的。赫拉克利特更進一步指出，靈魂是與宇宙同質的，靈魂是火，在宇宙中做同樣的循環。“火生於土之死，氣生於火之死，水生於氣之死，土生於水之死”（殘篇76），這是宇宙的循環。“靈魂死就生成水，水死就生成土；水從土中生成，靈魂從水中生成”（殘篇36），這是靈魂的循環。在這兩個循環中，靈魂對應於火和氣，也就是說靈魂由火和氣構成，但主要是火。亞里士多德在《論靈魂》中說，“赫拉克利特也說：本原－熱的呼氣，照他的說法，萬物都是由它組成的——就是靈魂”，赫拉克利特所說的靈魂——psyche，是熱的呼氣，是乾燥的火。因此，他認為“一個乾燥的靈魂是最智慧的，也是最高貴的”（殘篇118），分有火的特性的靈魂是優秀的，因為火是智慧（邏各斯）。這樣，主體和客體都是火，是統一的。
相互關係
泰勒斯因此，赫拉克利特所說的靈魂，它的生命的含義被淡化了，更多地突出了與宇宙同質的火的屬性。那么，靈魂之火與宇宙之火的關係（也就是人與邏各斯的關係）是一種什麼樣的關係呢？這是赫拉克利特思想中很重要的內容。
首先，人的認識能力來自於邏各斯－火，“按照赫拉克利特的說法，由於吸進了這個神聖的‘邏各斯’，人就變得有聰明才智；”接下來他又說：“睡眠時我們遺忘了，醒來時就又重新得到我們的理智。因為在睡眠中，知覺的通道封閉了，我們的思想和周圍環境的聯繫切斷了。呼吸是保留著的僅有的接觸點，像一種根。由於分離，我們的思想中斷了它和以前具有的記憶能力的聯繫。……但在醒著時，它就通過知覺的途徑再度顯現出來，就象通過一扇窗戶一樣，並且，由於和環境相遇，就恢復了推理能力。”（塞克斯都•恩披里柯《反雜學》129，130），人醒的時候通過知覺和宇宙邏各斯保持聯繫，睡著時只通過呼吸和邏各斯保持極微弱的聯繫，人此時的認識能力是最低的，因為睡眠的狀態是一個近似於死亡的狀態，靈魂之火幾近熄滅。愚蠢的人由於得不到宇宙之火，他們的靈魂之火也是很微弱的，因此在殘篇1也將那些愚蠢的人比喻為夢中之人，他們對邏各斯毫無感覺：“儘管萬物都根據這個邏各斯生成，而我又按其本性劃分每一事物並說明它為什麼是這樣，但是，人們卻像毫無經驗一樣，雖然他們對我所說的和所行的事有所體驗。另外的人則根本沒有注意他們醒時所作的事，猶如忘卻了他們的夢中所為一樣。”那些按著自己的私意生活，而不按照共同的邏各斯生活的人也被看作是睡著的人，是受到赫拉克利特的鄙視的。“醒時有一個共同的世界，但睡時卻進入個別的世界”（殘篇89），個別的世界指人按照自己的主觀意見來生活，“不要像睡夢中的人那樣行事和說話”（殘篇73）。
其次，人的智慧和德行都來自於邏各斯——火。“一個乾燥的靈魂是最智慧的，也是最高貴的”（殘篇118），因為乾燥的靈魂更接近於火，更接近於宇宙邏各斯（智慧）。“智慧就是一件事情：取得真的認識，即萬物何以通過萬物而被主宰”（殘篇132），“不聽從我而聽從這個邏各斯，就會說萬物是一，就是智慧”（殘篇50）。“人類的本性沒有智慧，只有神的本性才有”（殘篇78），“人的風尚沒有確定不移的論斷，而神的風尚卻有”（殘篇78），邏各斯是宇宙共同的真理，是最高的智慧，人應當盡力接近這個至高的真理。赫拉克利特還認為，“戰場上捐軀的靈魂比在瘟疫中病死的靈魂更純潔”（殘篇136），基爾克的分析是，病死的人他們是在一種意識不清的類似睡眠的狀態中逐漸熄滅了他們的火，而轉化成水；而那些在戰場是捐軀的人，他們是在一種活躍的狀態中突然結束他們的生命的，他們的靈魂至死仍是燃燒的火，他們甚至不需經過水的轉化而直接歸入以太的火中。不管怎樣，可以說德行與火－邏各斯有著十分密切的關係。基爾克還指出，赫拉克利特哲學真正的寓意在於他第一個將道德哲學與自然哲學融合在一起。這確是赫拉克利特一個很重要的特色，也是後來一些西方學者將他視作先知，認為他實際上創立了一種“新的更崇高的宗教”的原因。赫拉克利特以邏各斯－火統一了宇宙的法則和人類社會的法則，並且賦予了邏各斯宗教意義上的含義。邏各斯代表著公義和善，是完美道德的化身，邏各斯就是神，“對於神來說，萬物都是美的、善的和公正的，而人們卻認為有些東西不公正，有些東西公正”（殘篇102）。因此人要向神尋找智慧，必須按著神的智慧去生活，因為它是宇宙共同的真理，是最高的智慧。甚至人類社會的法律也應當尋求邏各斯，“所有人的法律都因那唯一而又神聖的法律哺育生存，因為它擁有任何可能的權力，不僅能滿足一切，而且還有餘”，這裡“唯一而又神聖的法律”、“不僅能滿足一切，而且還有餘”指的就是邏各斯－火。赫拉克利特將那些不認識神的人視作“牲畜”，“最高貴的人只選取其一而捨棄其他的一切，即有死者永存的榮耀；但是，多數人卻只是狼吞虎咽地吃飽肚子，如同牲畜”（殘篇29）。這位神，無疑是具有宗教意義的，而不只是一個自然－理性的神。還有一個值得注意的地方是殘篇66：“火在升騰中判決和處罰萬物”，這裡雖然談論的是自然，但用的卻是“判決”、“處罰”的宗教概念，赫拉克利特的用意似乎是在警戒人們，喚起人們的注意，因為人是萬物的一部分，“人怎能躲逃永無止息的東西呢？”（殘篇16），在這些殘篇中，可以感受他先知般的熱腸，他在呼籲並曉諭人們必須來認識和順服神。
宗教信仰
火赫拉克利特生活在希臘諸神崇拜開始受到抨擊的年代，諸神崇拜仍是城邦生活的主要信仰，但是這個信仰的崇高地位在面臨崩潰，新的神的觀念需要重新確立。赫拉克利特和早於他的塞諾芬尼，被認為是最初對傳統宗教提出批判的兩個人。他們兩人的批判側重點不同，塞諾芬尼批判的是擬人化的神，赫拉克利特則批判傳統的宗教祭神儀式。但是，不能據此推論赫拉克利特完全否定了宗教祭神儀式和神靈崇拜。單從殘篇30“宇宙既不是任何神，也不是任何人所創造的”，不能斷言赫拉克利特是無神論者的。赫拉克利特的神確實不再是希臘諸神中的神，它去掉了那些擬人化的東西，卻保留了神至高、至善的特性。與其說他在否定神創論，不如說他強調宇宙就是神，神就是宇宙，它不是被造的，而是如同耶和華一樣是“自有永有”的。這是赫拉克利特對神的觀念的根本改革。
結語
靈魂