背景
金門協定依照“金門協定”的規定， 本著“人道、安全、便利”的原則，祖國大陸紅十字會與台灣紅十字組織一直保持著聯繫，實施海峽兩岸私渡人員和刑事嫌疑犯或刑事犯的海上雙向遣返作業。
協定內容
1990年九月11日~12日，海峽兩岸紅十字組織代表韓長林、陳長文等在金門就雙方參與見證其主管部門執行海上遣返事宜舉行工作商談、經充分交換意見後，達成協定。協定如下：遣返原則
應確保遣返作業符合人道精神與安全便利的原則。遣返對象
(一)違反有關規定進入對方地區的居民(但因捕魚作業遭遇緊急避風等不可抗力因素必須暫入對方地區者，不在此列)。(二)刑事嫌疑犯或刑事犯。
遣返交接地點
雙方商定為馬尾—馬祖(馬祖—馬尾)。但依被遣返人員的原居地分布情況及氣候、海象等因素，雙方得協定另擇廈門—金門(金門—廈門)。遣返程式
(一)一方應將被遣返人員的有關資料通知對方，對方應於二十日核心查答覆，並按商定時間、地點遣返交接。如核查對象有疑問者，亦應通知對方以便複查。(二)遣返交接雙方均用紅十字專用船，並用民用船隻在約定地點引導。遣返船、引導船均懸掛白底紅十字旗(不掛其它旗幟．不使用其他的標誌)。
(三)遣返交接時，應由雙方事先約定的代表二方簽署交接見證書。
其他
雙方應儘速解決有關技術問題，以期在短期間內付諸實施。如有未盡事宜，雙方得另行商定
金門歷程
“兩岸紅會合作肇始於《金門協定》的簽訂。”《金門協定》簽訂參與者、時任福州市紅十字會副會長的方慶雲說，“雙向遣返作業、辦理查人轉信，是合作之初的主要業務。”據了解，1990年海峽兩岸《金門協定》簽訂至今，兩岸紅十字組織共同實施雙向遣返作業227批，總人數39035人。
而截至2013年底，福建省紅十字會組織共受理大陸查找在台親人4516宗，找到173宗，受理台胞查找大陸親人1379宗，找到578宗，使兩岸眾多分離骨肉得以團聚。
“小三通”、“大三通”的先後實現，使得兩岸溝通交流愈發便捷，如今每年雙向遣返人員僅有幾十人，尋親及查人轉信業務量也大為減少，每年都在10件以內。
隨之而來的是，兩岸紅十字合作在人道主義救援、生命救助培訓、民間溝通交流等領域的全面展開。
2001年1月，廈門與金門、馬尾與馬祖航線開通後，“兩馬兩門”紅十字組織建立人道救助合作機制，為台胞返台就醫開闢綠色通道。截至2013年底，共攜手護送389名患病台胞返台就醫。
2009年台灣發生八八水災，福建省紅十字會在捐助100萬元人民幣之後，又成功倡議舉辦賑災晚會，舉牌認捐善款達8743．4萬元人民幣。2010年閩西北發生洪災後，台灣紅十字會組織向災區捐助40008盒熟米和5萬美元。
2011年，海峽兩岸紅十字博愛論壇首次舉辦，至今已成功舉辦4屆，論壇以兩岸災害互援、兩岸社區公益合作、志工理念培育為重點，成為兩岸交流合作新的互動平台。
2013年至2015年，中國紅十字總會投入1000萬元人民幣實施兩大項目，一是兩岸紅十字組織水上應急救援培訓項目，二是兩岸紅十字組織民間交流項目。
