基本用途
近來，已有套用酵母單雜交體系進行疾病診斷的研究報導。隨著酵母單雜交體系的不斷發展和完善，它在科研、醫療等方面的套用將會越來越廣泛。採用酵母單雜交體系能在一個簡單實驗過程中，識別與DNA特異結合的蛋白質，同時可直接從基因文庫中找到編碼蛋白的DNA序列，而無需分離純化蛋白，實驗簡單易行。由於酵母單雜交體系檢測到的與DNA結合的蛋白質是處於自然構象，克服了體外研究時蛋白質通常處於非自然構象的缺點，因而具有很高的靈敏性。目前，多種酵母單雜交體系的試劑盒和相應的cDNA文庫已經商品化，為酵母單雜交體系的使用提供了有利的條件。
主要特點
酵母單雜交體系自1993年由Wang和Reed創立以來，在生物學研究領域中已經顯示出巨大的威力。套用酵母單雜交體系已經驗證了許多已知的DNA與蛋白質之間的相互作用，同時發現了新的DNA與蛋白質的相互作用，並由此找到了多種新的轉錄因子。
但酵母單雜交也存在以下缺點：有時由於插入的靶元件與酵母內源轉錄激活因子可能發生相互作用，或插入的靶元件不需要轉錄激活因子就可以激活報告基因的轉錄，因此往往產生假陽性結果。如果酵母表達的AD融合蛋白對細胞有毒性，或融合蛋白在宿主細胞內不能穩定地表達，或融合蛋白發生錯誤摺疊，或者不能定位於酵母細胞核內，以及融合的Gal4AD封閉了蛋白質上與DNA相互作用的位點，則都可能幹擾AD融合蛋白結合於靶元件的能力，從而產生假陰性結果。
