《奇效醫述》
《奇效醫述》是他在寧化任縣令時，治療疑難重病的記錄，也就是診藉，即醫案，是明以來獨立的醫案學科逐漸形成的醫案著作之一。該書分二卷，收驗方四十二例，以婦科為主。每一案例都從頭到尾把病的起因、病情、變化、用什麼藥，用藥後的反應都一一詳盡記述。案後還附原用藥方、計量、服法等。《奇效醫述》是論病專著，以辨證為主，每敘述一個病例，都：究其原委、審其病因，判明病狀，然後對症下藥。對於寒熱虛實真假似的辨別，卓有見地。
《活幼心法》
《活幼心法》在我國醫藥史上都有地位。痘是幼科中的一症，疹也是幼科中的一症，兩種病症在幼科中頗為重要。但在明代以前治法都不完備。聶尚恆的《活動心法》和魏桂岩（真）的《博愛心鑒》
活幼心法刊出後，治療痘疹才有了一定的“標準途轍可循”。在此前各家痘疹不分，或痘詳而疹略，聶尚恆在診治這兩個方面的造詣都比較深。他根據痘、疹病情的
不同階段和特點，提出的治療原則和方法，很有創見。為後世所重視。
學醫目的
聶尚恆為什麼學醫? 據他在《奇效醫述》一書小引中曾說到：儒醫燮理，可是古今高明之士常常把醫道看作是小技而漫不經心．一旦患病，就由庸醫之手握其生死；有人雖略涉獵，但又白持高明，不肯深入鑽研，反致誤己誤人。他為自身計，為親者計，遂“窮心於斯術”數十年。他勤於政事，在寧化任縣令時，常常在大廳署里診病，他平易近人，平民百姓，有求必應，同樣診治，逐個建立“病式”（即今天的病歷表）詳細記載。經他診治的病人，很少不痊癒的。
著名救治病例
有一次他在田間散步，一位游醫向他求救，說有一個懷孕八、九個月的少婦，突然大小便不通，他已聞藥無效，病情很危急。聶尚恆詳細問了病情，只用一味藥，病人大小便全通了。第二天孕婦丈夫向他道謝時，說妻子小便時還須用手緊按小腹，聶尚恆要她再跟一劑藥就全好了，一個月之後安全分娩。
萬曆二十一年（1603）聶尚恆任廬陵訓諭時，吉安司理毛具次五十九歲的老母患怪病，每到一個月左右，就會有一兩夜煩躁而吐血，不吐則便血，凡是活動關鍵的地方筋脈青腫突出，行動不便久治不愈。毛攜母向聶尚恆求醫。聶詳細診斷，又查閱歷年所服之藥，發現診斷不確，有的作風濕治療，有的作血熱治療，沒對症下藥。據此判斷，他專以扶肝養血為主，用八物湯加減，服藥一個月先停吐血便血，服至兩月筋腫消除，服至三個月即愈。
聶尚恆自己的妹妹得了一種更怪的病，年僅三十，卻“肉削骨露”，晚上發熱，天明退燒，飲食少進，煩躁不安，脈歇至心，難以救治，開始用藥也未對症，再詳明發熱部位，其妹才說到先是右肋一團先熱，再擴至全身，聶才頓然省悟，認定是鬱氣郁痰，結成痞塊，’胸膈壅滯。於是用藥先攻痞塊，果然奏效，塊消熱退，—不幾個月痊癒。
聶尚恆在診治兒科痘疹時，他的親家有個姓周的鄰居，家中富有，五十多歲·廠，卻只有一個十四歲的兒子，視為掌上明珠。兒子染上痘疹，六天之後，痘已出齊，但還是說胡話，有時發狂。請了許多醫生，用藥無效。經聶診治，只吃了一劑藥，即有好轉。第二天再去診時，發現病孩仍會突然驚跳，尚恆領悟到，可能因痘疹出得太密，血氣內虛、毒氣難排，攻擾心經，而驚悸發狂。於是，就用加減內托散，另一位醫生在旁，看到處方大吃一驚，認為病人已毒盛發狂了，再服熱藥，定暴熱而死。誰知病孩服藥後，卻安然而睡，已不再說胡話，再據病情服藥，終於痊癒。
