澳門的耶穌會被取締
1762年(清乾隆二十七年),澳葡當局根據葡萄牙的命令,也鎮壓澳門的耶穌會。 耶穌會擁有的一切財產、包括聖保祿教堂,都被沒收,聖保祿神學院和聖約瑟修院也被封閉,學員均被驅散,聖保祿神學院圖書館在近兩個世紀內大量收藏的珍貴圖書,全部被賤賣。 24名耶穌會士被押送義大利,關在聖朱利安堡壘。
湖北的耶穌會被取締
明崇禎十年(1637年),葡萄牙籍耶穌會神父何大化(Antonics de gainea)來湖北傳教,建堂於武昌漢陽門蛇山腳下,受洗300餘人。張獻忠起義軍攻打武昌時,何賣掉房產,逃往福建,教徒遂散失。清順治十八年(1661年),法籍耶穌會神父穆迪我(Gocotus mote)來武昌重新建堂,4年之間,發展教徒2 200多人。自此天主教在武漢地區的傳教活動一直延續下來。到清乾隆三十八年(1773年)耶穌會被羅馬教廷取締為止,湖廣地區基本上都是耶穌會的傳教區。耶穌會被取締後,他們原在中國的傳教區大部分由遣使會(亦名聖味增爵會)所接管。
當時生活在北京和澳門的傳教士——法國的、西班牙的、義大利的、葡萄牙的對使團的活動十分關注。著名的耶穌會神父錢德明生前寫的最後一批信件涉及英國使華的事。耶穌會的檔案中有數十封信,如果耶穌會沒有在1773年被取締的話,本來也會在《耶穌會士書簡集》里發表的。