綠旗兵的編制
綠旗兵的編制，大體上是省設提督，省內重地設鎮，由總兵官統領。下設副將、參將、游擊、都司、守備、千總、把總等官職。總督、巡撫等地方官員節制綠旗官兵。總督、巡撫、提督、總兵官，各有幾營標兵（督標、撫標、提標、鎮標），專備調遣。副將所屬官兵稱“協”，駐守要地。參將至守備所屬官兵，都稱為“營”，防守城邑、鄉鎮，守兵稱為“汛”，駐防巡邏的地區稱“汛地”。京城設巡捕三營兵共有五千餘人（後增至萬人），由步軍統領兼轄。全國共設六十六個鎮（總兵官），約有綠旗兵六十萬人，是清朝的重要支柱。“三藩”戰爭中先後被調遣作戰的綠旗兵即有四十餘萬人。
綠旗兵的改革
（一）綠旗兵的將官由兵部任免，提督、總兵等大員，兵部開列，請旨簡放，後來副將也改為開列。參、游、守備等官，邊疆及省會衝要地方由督撫提鎮揀選才技優長、諳練地方的人員題補、調補，其餘各缺由兵部推升；千總、把總由督撫提鎮撥補。這就在全國範圍內建立起升調製度，兵部掌握軍事行政大權。將官不能世守一方，統率一軍。“三藩”戰爭中立有大功的趙良棟，也被調離原領的綠旗。
（二）將領升調，不準攜帶兵丁。康熙《會典》規定：“凡擅帶營兵：提督、總兵官等升任別省，將本省營內經制兵丁帶赴新任者，十名以下罰俸一年，十名以上於現任內降一級。”將領不能再豢養自己的私人武裝力量，明末軍隊中的家丁親兵制度被廢除了。
（三）將帥調兵，需要呈報皇帝批准。康熙《會典》規定：“
附註:
康熙帝對綠旗兵丁也存有戒心，曾說：“凡地方有綠旗兵丁處，不可無滿兵。滿兵縱至糧缺，艱難困迫，至死斷無二心。若綠旗兵丁，至糧絕時，少或窘迫，即 至怨憤作亂。”（《清聖祖實錄》卷二七四）為加強對綠旗兵的控制，綠旗將官出缺時，可派滿人補任。滿洲八旗兵與綠旗兵共同作戰時，綠旗官兵要接受八旗將領的指揮。
若無警急，不先申上司，不待回報，輒於所屬擅調軍馬，及所屬擅發與者，各杖一百、罷職，發邊遠充軍。”沒有皇帝的“御寶聖旨”，將帥不能調動本部兵丁，兵權更集中於皇帝了。