1、作物育成品種系譜優良基因發掘的QTL定位新方法研究
根據幾百個玉米自交系(或大量育成品種)的系譜信息、數量性狀表型和分子標記資料,提出了基於混合模型的定位數量性狀QTL的新方法,然後,用BLUP方法預測各自交系中各QTL效應值。其主要進展在於:① 正如Flint-Garcia(2005)指出,這是一種高解析數量性狀變異的平台;②不作雜交,縮短了試驗時間;③可評價大量的種質資源,直接指導育種工作中包括親本選配、基因聚合和作物超高產育種等的設計育種,並研究基因在品種間的傳遞規律;④QTL定位的精度高,表現在誤差變異係數小(<1.5%)、置信區間長度較小和發現的QTL數量較多;⑤可進行重複試驗,研究基因與環境的互作。
2、數量性狀QTL上位性檢測新方法的研究
在Xu(2003)的工作基礎上,提出了固定區間和可變區間的Bayesian壓縮估計的QTL定位新方法,可用於上位性檢測和F2:3設計的QTL定位。為節約計算時間,還結合Bayesian和最大似然方法的優點,提出了懲罰最大似然方法,解決了在待估參數個數遠遠大於(有時為十幾倍)樣本容量情況下參數的似然估計的難題。
3、基於 設計的複雜性狀QTL定位新方法的研究
作物重要數量性狀的遺傳率不高,因而,人們用家系平均數作為表型單位以提高遺傳分析精度。這就是女兒設計或孫女設計的思想。實際上,植物遺傳專家已發展了女兒設計的植物版本,即用F3的家系平均數作為F2植株的基因型值,以提高QTL作圖功效。這稱為F2:3設計。然而,當Fx代植株QTL基因型是雜合時,其後代Fy的QTL基因型應該有分離,這時,Fy代的遺傳組成應當是多種基因型按一定比例的混合,其平均數不能完全代表先代的基因型值。這種特性被當前的Fx:y設計QTL定位方法所忽略。筆者已將該特性引入到數量性狀QTL定位中,提出了Fy代平均數的精確分布和兩種近似分布,發展了Fx:y設計連續性數量性狀的QTL定位的新方法,顯著提高QTL檢測的功效。
4、植物數量性狀遺傳分離分析方法的拓展
植物數量性狀主基因+多基因混合遺傳的研究是我國的特色。筆者在前人工作的基礎上拓展了數量性狀分離分析方法:①拓展到2~3對主基因+多基因的混合遺傳模型;②為提高檢測的功效,提出了利用永久性分離群體的數量性狀分離分析方法;③提出了分布參數極大似然估計的EIM算法,該算法可直接用於QTL定位研究,以提高檢測效率。上述結果總結於現代遺傳學叢書和教育部研究生指定教材《植物數量性狀遺傳體系》中,編寫軟體包已在全國推廣套用。目前,有60篇學位論文和56篇國內發表論文引用分離分析方法共499次。
5、生活力基因定位新方法的研究
提出了生活力選擇的數量遺傳學模型。Heredity主編Nichols(2005)評論該文的主要進展在於:①使生活力基因定位與QTL定位相銜接;②可同時估計選擇係數s、顯性程度h和重組率r;③能消除系統誤差的影響。
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