穴戶氏起源
穴戶氏然而隨著鎌倉幕府的倒台、南北兩朝對立的動盪時代的到來，天下陷入了日夜不息的戰亂。而穴戶氏也面臨著投靠南朝或者北朝的抉擇。
從《太平記》的相關記載，安藝守知時之子嫡子朝家跟隨於足利尊氏，加入新田義貞的軍隊參與攻打六波羅探題的戰鬥，建立了軍功，並因此從而獲得了安藝守護的職位，並且獲賜了安藝高田郡甲立莊的領地，於是開始在甲立繁衍生息，修築了柳ケ城作為居城。後來基家繼位後在元木山建築了五龍城，然後又將居城遷移到了那裡。
後來，朝家的曾孫——持（家）朝，在應永之亂中參戰加入幕府軍勢，並在泉州擊破了大內義弘的軍勢，因此建立了戰功。然而，家族傳至其子興家一代，家勢卻開始有了衰敗的跡象，常陸穴戶氏的元家在此時進入五龍城。據說興家在眾多的家臣進言下，將家督之位讓給了元家。元家之子元源繼承家督之後，頻繁的與鄰近的毛利及高橋家發生爭鬥，並最終在大永元年攻陷了高橋家的根據地——*掛（掛）城，一時間威名大振。
此時的毛利元就開始意識到繼續與穴戶家對立爭鬥下去對自身的發展是極為不利的，於是開始嘗試與元源交好，再後來的天文三年，使自己的長女（也有一說是次女）與元源之孫隆家締結了婚約。從此，穴戶氏成為了毛利家強有力的依仗，再後來隆家作為毛利氏的一門眾，在侍奉吉川元春、小早川秀秋時備受重視。
常陸穴戶氏
常陸和安藝兩穴戶的原為一家，具體的分化大概是以應永之亂為標誌。在朝家共有四子，嫡子氏家繼承了安藝守。到了他孫子持里的時候，關東官領上杉家與鎌倉公方的對峙開始白熱化了
穴戶氏一般來說，普遍認為戰國時期是以應仁之亂為起始，而關東地區的戰亂，則是認定以鎌倉公方足利成氏與關東管領上杉氏之間互相爭鬥引發的享德之亂為序幕。根據鎌倉府的奉公眾從事的諸多記錄可以得知，常陸穴戶氏（以下簡稱穴戶氏）也被捲入了這場鎌倉公方與管領上杉氏之間的鬥爭——持里曾率軍加入了對供方側陣營小栗氏居城的戰鬥。根據相關資料的記載，在持里之後，持久─政里─政家─通綱相繼繼承家督之位。
而另一方面，穴戶氏的宗家——小田氏，因小田孝朝之亂而一度元氣大衰，實力大不如前，但是，到了小田成治·政治這一代，開始努力的謀求恢復勢力，並很快的擴大了其勢力範圍。看到宗家的勢力開始擴大化，穴戶氏為了謀求自有領地的安定，而開始親近並從屬於其麾下。之後，作為小田氏的旗下勢力，在各地的戰鬥中均有出戰。但是，雖然投靠了小田氏，但是出於自身的領地安全考慮，穴戶氏不得不正視以水戶城為本處地並開始逐漸強盛的江戶氏這一個重要問題，並為了與江戶氏達成姻親關係而絞盡腦汁，根據《常陸史料》的記載，穴戶政里最終迎娶了江戶通雅的女兒為妻。政里死後，更是奉迎了江戶氏的親族——鯉淵氏的義綱為家督。連續兩代與江戶氏的親緣關係所得到的結果，就是必然性的增強了穴戶氏對江戶氏的影響力。
永祿三年，接受被北條氏從關東追放的關東管領山內上杉憲政請求，越後的長尾景虎開始向關東地區出兵，在此時制定的《關東幕注文》所記載的追隨長尾景虎參戰的關東諸將的家紋畫冊上，“穴戸中務大輔”的洲濱也赫然在目，很明顯的，穴戶氏與佐竹氏、小田氏等一道參與了長尾景虎在關東的軍事行動。常陸地區的強勢大名佐竹氏對於景虎向關東展開的軍事行動表現出了很積極的支持態度，與北條氏開始對峙。因為江戶氏和佐竹氏的從屬關係，穴戶氏也開始歸順於佐竹氏。雖然此時的穴戶氏臣從於佐竹氏，卻依然在其領地維持著獨立的領主狀態，並未被佐竹氏家臣化，保持著一定程度的獨立性。
戰國時代的終結
永祿5年之後，
作為佐竹氏從屬勢力的穴戶一族，參與了永祿七年佐竹氏對小田氏的小田成攻略。永祿十二年，手這坂之役佐竹氏再次戰勝小田氏，徹底宣告了小田氏的沒落以及佐竹氏的勢力崛起，穴戶氏因從屬於佐竹氏而使領地得以保全。天正六年的小川台戰役以及天正十二年的沼*戰役等佐竹家歷次重要軍事行動，穴戶氏均以從屬勢力的身份參戰。
天正十八年，著名的小田原征伐戰拉開了帷幕，已成為天下人的豐臣秀吉率軍討伐不臣的北條氏。佐竹氏奉命參與了對小田原的征討，並於此時參見了秀吉，穴戶四郎於真壁氏等一同前往候命參戰，並向秀吉獻上了太刀、馬匹以及金錢。小田原開城投降後，佐竹收到了常陸一國的安堵狀。這個安堵狀的出現，意味著常陸的一些仍保持著獨立性的領主領地（如江戶氏、穴戶氏等的領地），連同佐竹的實際領地一併被豐臣氏政權認定為合法的佐竹氏屬地。
佐竹氏依仗著秀吉頒布的常陸一國安堵狀，開始了強硬的領內統一行動，而江戶氏的水戶城成為了首當其衝的攻擊對象。江戶氏雖然拚死抵抗，不過，最終仍以落敗投靠結城晴朝的結局而告終。身為穴戶氏宗家的義綱因與江戶氏的親緣關係，受到了佐竹氏的進攻，最後戰死沙場，嫡子義長依靠鹿島的大彌宜中臣而開始了流亡生涯。至此，穴戶氏的地方領主的身份被徹底消除了。
然而，身為庶子的義利，因為與佐竹氏的親密關係，而獲得繼承穴戶氏家命的權利，從而使穴戶氏得到名義上的存續。此後，慶長五年關原合戰，佐竹氏對交戰雙方的態度曖昧不明，因為在兩年後的慶長七年被領地置換，轉移到了出羽久保田。此時的穴戶氏，選擇走向繼續滯留於常陸之路，穴戶氏的戰國生涯，也以此畫上了句號。
