歷史沿革
據漳州府志與寺內現存的聖旨碑記載，此院建於唐朝垂拱二年（即公元686年）。石室禪院在有歷史記載的修建年代中——宋、元、明、清、民國均有考證。
明代倭寇侵擾閩海，戚繼光將軍領兵入閩，抗擊倭寇，至今石室禪院後山，仍然留有戚將軍抗倭的“游城古寨”與“尖山古寨”遺蹟，及當年扎兵駐寨時所用馬槽，這些歷史遺物，無不一一昭示，當年的豐功偉績。
石室禪院歷經興衰史遷，在明朝時傳為全盛。寺內有僧數百，但後來據說最多只能住99個出家人，再不增至100，其中有一緣故，原來古石室禪院所在地風水極佳，名為“金雞抱卵”——（卵圓光形，喻比出家人），而寺院對面有一山為蛇形，寺山之間一河相隔，故而無恙，否則，蛇吞雞卵，極是不詳，後寺院來一道士，自感受怠慢，便暗中鼓動鄉人造橋於河上。於是風水被破，“金雞”受“蛇”侵襲，難以護卵至百個。此後寺院漸漸衰落。
寺廟風景改革開放初，有人盜運石室禪院古石獅，車行半路莫名連續爆胎，竊者 驚怕。就把石獅扔至附近甘蔗地，而由當地人尋回。據說古石獅嘴裡含的圓石，若有人想求小孩，多摸幾下就會如願。
文革期間，盛傳一事。說是石室禪院內本有一尊玉觀音，有一教師，趁寺院慘遭浩劫之時，突發奇念，砍掉佛頭，背佛身回家，欲作一玉茶几，激怒護法善神，施以懲罰，其人路至海滄嵩嶼碼頭，還未上船，途中暴死。
1989年，宗教政策落實後，在霞陽村眾姓居士的辛苦努力下，掃除穢物，重塑金身，禪院開始重現香火。昔日的牛房，頓成悠古的寺院，香客絡繹不絕。當時的區委辦公室主任楊炳坤居士還把所有石室禪院的歷史資料整理成冊。
1996年底，受市佛協委託，兼當地居士邀請。忠明法師、朗明法師來此寺常住。兩位法師畢業於閩南佛學院，乃發起重興石室禪院之宏願，內重自修，舉辦各種法會，外重弘法，積極促進與各界交流，並在2000年初創立廈門市石室禪院慈善功德會。
2001年初開建的蔡尖尾山隧道打通後，禪院前面一條主幹道將其直通海滄大橋，廈門及海滄交通愈加方便。
寺院後山，自古以來就相傳有十八景，如高山天湖、試劍石、仙腳石、石鼓、石旗、觀音崖、三魁嶺古道等自然景觀和人文遺產，為此也留下不少民間故事和神話傳說，令人發古之幽情，感今之盛世。
，並在2000年初創立廈門市石室禪院慈善功德會。功德會以“效仿佛陀慈悲，弘揚藥師精神”為宗旨，以“感恩、淨心、惜福”為理念，聯合了一大批學佛青年及熱心人士參與慈善活動，舉行了諸如助學、濟貧、環保、救病、義賣、文化講座、老幼關懷等各種活動，在島內外產生很大影響，各大電視、報紙常有報導。
主要景點
千年的古寺，崇峻的玳瑁山，自古就相傳有十八景。而今好多景色都僅成了歷史名詞，然而仍留有不少景跡供後人玩賞，“高山天湖”、“試劍石”、“高山飛瀑”、“仙人足跡”、“觀音 崖”、“石旗石鼓”等等。也留下不少傳說，令後人回味。
1、山間迭石：相傳為秦始皇一統天下後，為平江山，令人用神鞭趕石至此入海，趕石之人懈怠。至玳瑁時以為大功即可告成。打了一盹，起來後群石已駐留定形而不前了，故留跡於今。
2、觀音崖：寺院前四周皆為村莊。村中有一寡婦，因不堪鄉人誣為不軌，而在寺內佛祖前發一狠願後，就上山爬至後山崖跳下，以證清白。得觀音救護，安然無恙，故稱此崖為“觀音崖”。
3、試劍石：文殊菩薩曾因此寺興為藥師法會而光臨禪院，玳瑁山神向菩薩請教佛法，對答之間，菩薩以劍試石，來喻佛法之妙，猶如寶劍，砍斷世間一切煩惱。今留此跡供後人瞻仰。
4、仙腳石：禪院後有一巨石，名為“仙腳石”，相傳古時有龜精作怪，騷擾民間，鄉人祈求禪院觀音佛祖，顯靈降伏，菩薩大顯神通，龜精化為石頭，菩薩所站之處，也因此留下腳印。故稱“仙腳石”。
建築布局
禪院有重修大雄寶殿、福壽樓、福慧樓、齋堂、講堂、禪堂、雲水堂、功德堂、琉璃寶塔、祈福鍾殿、天王殿、鐘樓、鼓樓、內外山門。使禪院將來成為一個集弘法、學修、慈善、旅遊為一體的綜合性寺院。
位於石室禪院後山的鐘殿里的萬福萬壽和平鍾，是現存在世界上獨一無二的萬福萬壽鍾。
住持簡介
忠明法師石室禪院住持忠明法師簡介：1973年生於浙江寧波寧 海；1990年在寧波寧海福泉禪寺學佛；1991年於寧波福泉禪寺出家；1992年於廈門閩南佛學院進修深造；1997年廈門閩南佛學院本科畢業，禮請到海滄石室禪院任住持；1999年當選為廈門市杏林區政協委員；2000年創立廈門石室禪院慈善功德會；2004年當選為廈門市海滄區政協委員至今；2005年禮請為廈門天竺山真寂寺住持；2006年受聘為浙江寧波寧海縣佛協顧問；2006年當選廈門市佛教協會副秘書長；2010年受聘為廈門市佛教文化學會名譽會長。
交通信息
前往海滄石室禪院行車路線
經海滄隧道到海滄石室禪院的車輛（12座麵包車以下），可直接在出隧道時第一個紅綠燈處左拐調頭（德彥紙業門口）。[調頭時請勿超出斑馬線]。
①自駕車請行至海滄大橋過收費站後直接走東孚方向，過海滄隧道左邊即到，杏林方向可乘坐快2或62路（杏林寧寶——旭日海灣）到寺院山腳。
②從火車站（華星大廈門口）坐快2線（火車站—杏林內茂）過海滄隧道後在通士達公司下車過馬路即到，沿途停靠站點：新村、閩南大廈、中山醫院、非礦、市政府、中行、東渡、水產、商檢、通士達。
③從文屏山莊坐海滄公交804（經火車站）或從江頭坐89路到許厝站換乘機車或向霞飛路步行即到；
④從廈大坐71路、從火車站坐72路、從前埔坐95路、金山小區坐73路、大唐世家坐83路或乘坐海滄公交
（廈大809、禾祥808、濱南810）到石塘下車，走到對面車站轉乘62路、454路或面的計程車（往新垵方向）出隧道口到寺院前下車。
實用信息
開放時間：
每天上午6點到晚上7點（夏季）
每天上午7點到晚上6點（冬季）
收費情況：免門票
