發現第三種“古人類”
登尼索哇人的指骨和牙齒化石2010年1月，科學家在西伯利亞南部距離中國新疆不遠處的一個名為登尼索哇Denisova的山洞中先後發現了大約3萬年前的古人類的指骨和牙齒化石，據《自然》雜誌報導，從化石上提取的DNA數據卻與尼人及現代人的遺傳信息不同。
這一發現意味著，3萬年前的人類大家族中，除了尼安德特人和現代人外，還有另一種古人類，登尼索哇人。這些科學家的發現對令人類進化系譜以及現代人走出非洲等理論提出了不小的挑戰。
疑問
中國科學院古脊椎動物與古人類研究所吳新智院士分析稱：“從文中的分析來看，只是說明了登尼索哇人與已發現的尼安德特人和現代人不同，並沒有按照林耐提出的分類系統確定其分類位置，即並沒有指明他與尼人及現代人是否屬於不同的物種或亞種。因此，準確的說應該是屬於第三種類型的古人類。說是第三種人在科學分類上可能會產生歧義”。
此外，物種之間是不能繁衍後代的。我們將古人類分為尼人和現代人，2009年以前的分子生物學研究認為他們之間並不能雜交產生後代，屬於兩個不同的物種，2010年新發表的DNA研究成果指明了他們之間曾經有過交配，改變了2009年以前曾經很流行的觀點。現在已有的研究成果並不能證明登尼索哇人能否同尼人或現代人產生後代。此次對核基因組的分析顯示尼人和登尼索哇人分開的時間大概在64萬年前，他們與現在的非洲人分離在80萬4千年前。而對於線粒體基因組的分析則表明登尼索哇人早在100萬年前就與現代人分開進化，此後50萬年前才出現了現代人和尼人的分離。核基因組和線粒體基因組的完全不同的計算結果使得科學家們無法確定登尼索哇人和尼人與現代人之間究竟存在什麼樣的關係。
另外，吳院士補充說，根據DNA分析結果進行推論所得到的結論也可能存在誤差，如同前面說過的，使用核基因組和線粒體基因組算出的數值的矛盾也充分說明了這個可能性。雖然現代我們有先進的分析DNA的生物技術，但在利用測試結果計算年代時不可避免要引入一些不確定的假設，如在計算核基因組數據時假設人和黑猩猩分離於650萬年前，假設雖有一定的科學依據，但畢竟是假設，帶著或多或少不能確定的成分，這個假設的偏差必然導致結果也不一定準確無誤。再者，實驗只分析了有限的6個尼人的標本，並不能表明登尼索哇人與所有的尼人都不同。這樣一來就更加加劇了對登尼索哇人定性的難度。
釋疑
吳院士表示：“新的發現對於現代人起源理論的影響是非常巨大的，關於現代人起源國際上主要存在兩種不同的學說，一種是取代說，認為在大約二十萬年以前，在非洲就出現了身體結構和我們幾乎相同的、像我們現在這樣長相的人，大概在十萬年以前，她的後代就走出非洲，到亞洲和歐洲，以後大概到六萬年以前到中國，因為某些原因，他們到達的地方原來生活著的古人類全都絕種了，這樣從非洲走出的這些人就不與當地居民發生任何通婚而直接全部取代。另一種學說就是多地區進化說，認為大約二百萬年以前從非洲走出的原始人在歐洲和亞洲各地繁衍產生後代，它們隨時間相對獨立地進化，但各地區間進化線之間互相有交叉，就是說有基因的交流，越早期越少，越到晚期越頻繁，直至發展成了現在的人類。”
“文中報告的登尼索哇人這一新的古人類類型，表明現代人起源遠遠沒有單純的取代說這么簡單，在同一時期很有可能存在尼人、現代人、登尼索哇人甚至更多未被發現的新的類型的古人類。2010年新發表的分子生物學研究表明現代人有1%-4%的基因來自尼安德特人，這也推翻了取代說中走出非洲的人類與當地居民不發生任何基因交流的論點。相比之下，多地區進化說可能更加接近實際的情況。”
其他
2003年7月，澳大利亞新英格蘭大學的科學家及其印尼同行在印尼的偏僻島嶼弗洛勒斯島上的一個洞穴中發現一具女性化石，身高僅1米左右。最終的三維成像顯示，這名女性死時至少已有20歲，距今大約1.8萬年。從化石的身高和腦量和其他特徵看，科學家推斷這是此前從未遇到過的一個古人類新物種，於是將這批化石所代表的“小矮人”命名為“弗洛勒斯人”。
如果將弗洛勒斯人考慮在內，“登尼索哇人”可能是當時地球上同時生活的第四種類型的古人類。
