1982年春,王昌恩赴日本富山醫科藥科大學學習,翌年春導師渡邊和夫先生調千葉大學任教授,先生動員他轉學至千葉大學繼續讀他的研究生。1988年3月25日,王昌恩按期完成學業,通過博士論文答辯、被授予藥學博士學位。
回國後,王昌恩作為中國人民解放軍第一個博士後工作人員進入軍事醫學科學院藥學博士後流動站工作。期間受到周金黃教授學術思想影響很大。周老先生是我國藥理學和軍事防化醫學泰斗,是我國中藥藥理學,中藥免疫藥理學研究的奠基人,他對於問題的認識與分析總是從科學、戰略的高度,具有顯明的前瞻性和包容性。周老先生精心指導和教誨,奠定了王昌恩之後研究和管理工作的基礎。在中國協和醫科大學工作期間,科研教學業務工作之餘兼做臨床醫療以及學會兼職。曾兼任中國藥理學會副秘書長兼辦公室主任,中藥藥理專委會常務委員,中國中西醫結合學會活血化瘀專委會副主任兼秘書長,中國留日學人聯誼會常務副會長等職。為學會工作的開展以及國內外學術交流做出了貢獻。
1996年在國家自然科學基金委中醫中藥學科工作,半年後被正式任命為基金委生命科學部預防醫學和免疫學學科主任,2001年被任命為中醫中藥學主任、生命科學九處處長兼管藥物學與藥理學學科。業務範圍包括預防醫學、免疫學、藥物學、藥理學與中醫中藥學領域,工作跨度較大。在科技界相關領域的專家學者、科技人員的支持下,審批、資助及後期管理的項目逾千項,其中有科學基金面上項目、重點項目、重大項目、重大研究計畫項目以及各類專項基金與國際合作交流項目等等。科學基金管理工作加深了自己對巨觀調控科研導向的認識。通過對學科發展優先資助領域的遴選與制定促進新的學科生長點的產生,通過科學基金項目的支持引導和調整相關學科領域的科研發展方向以及高層次科技人才的培養。
兼任中華中醫藥學會理事,中國藥理學會理事,中國免疫學會終身會員,中國信息化推進聯盟醫藥生物學專委會常務副主任,中國留日學人聯誼會常務副會長,國家科技部九七三評審專家,國家藥品監督管理局藥品審評專家庫專家,多家學術雜誌編委會委員。
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