機構沿革
1998年6月28日玉溪撤地設市，“玉溪地區國家稅務局”更名為“玉溪市國家稅務局”，原“玉溪市國家稅務局”更名為“紅塔區國家稅務局”，其他八個縣國家稅務局的名稱及隸屬關係等均不變。
玉溪市國家稅務局現轄九個縣（區）局，即：紅塔區國家稅務局、通海縣國家稅務局、 江川縣國家稅務局、澂江縣國家稅務局、華寧縣國家稅務局、易門縣國家稅務局、峨山縣國家稅務局、新平縣國家稅務局、元江縣國家稅務局。市局有內設機構9個，即辦公室、政策法規處、流轉稅管理處、所得稅管理處、進出口稅收管理處（含國際稅務管理職責）、徵收管理處、計畫統計處（含財務管理職責）、人事教育處、監察室；直屬機構：2個，即稽查局、玉溪經濟技術開發區國家稅務局（非全職能局）；事業單位：3個，即信息中心、機關服務中心、培訓中心。同時，設離退休幹部辦公室、機關黨委辦公室。
玉溪市局把信息化作為征管改革和推進各項工作的突破口，全市國稅系統建成了11個區域網路和1個廣域網，2002年9月1日順利上線運行CTAIS，稅收征管實行了歷史性的跨越。湧現了以 “九小軟體”為代表的一大批技術創新的成果。基本脫離了傳統的辦公模式，紙質傳遞方式逐步推出歷史舞台，行政管理系統的決策、指揮、協調、執行、反饋大量通過網路方式進行，全盤工作的效率大幅提高。被國家稅務總局評為信息化建設先進單位，被省國稅局評為推廣套用綜合徵管軟體特殊榮譽獎。
2005年玉溪市國家稅務局被中央文明委授予全國文明單位稱號，成為全省國稅系統的第一個全國文明單位。全市國稅系統被部級表彰的單位有13個，被部級表彰的個人3名；被廳級表彰的單位有53個，被廳級表彰的個人44人。有3個單位被國家稅務總局命名為全國稅務系統文明單位；全市國稅系統被省局命名為文明系統。
團隊規模
在全市國稅系統開展以加強領導班子建設為龍頭，以個人學習和團隊學習為基礎，以組織活動為載體，以績效考核為機制，以發現和解決工作中存在的問題為重點，以建設一流的隊伍、實行一流的管理、創造一流的業績為目標的創建學習型國稅組織活動方興未艾。1994年全市國稅系統幹部職工688人，其中具有大專以上學歷的141人，占20.49%。2007年全市國稅系統幹部職工765人，其中具有大專以上學歷的641人，占83.79%。有12人獲雲南省國稅系統業務能手稱號。
玉溪市國稅系統下設9個縣區局，11個直屬分局。全系統共有幹部職工995人，其中：在職幹部職工734人，離退休幹部職工261人；在職幹部職工中，黨員437人，占59.54%；大專以上學歷699人，占95.23%。市局機關內設機構13個，有幹部職工150人，其中，在職110人，離退休40人。在職幹部職工中有：共產黨員92人，大專以上學歷109人。
稅收情況
機構分設以來，玉溪市國家稅務局堅持依法治稅原則，將應收盡收作為稅收征管的最高目標，作為玉溪國稅文化的核心價值和主要內容，以組織收入為中心，強化稅收征管，建立欠稅預警機制，充分發揮執法責任考核追究機制，最大限度地避免稅款拖延、漏報、漏繳的情況發生，加強稅收宣傳，營造社會良好的納稅環境。1994年至2007年，全市共組織入庫國稅收入1693.17億元，占全省同期稅收收入5328.48億元的31.78%。從2004年起，實現了連續四年無新增欠稅的目標。
玉溪市國家稅務局下轄紅塔區、通海縣、江川縣、澂江縣、華寧縣、易門縣、峨山縣、新平縣和元江縣9個縣（區）國家稅務局，截至2014年底，全系統共有在職幹部職工698人，其中：黨員幹部434人，占62.18%；大專以上學歷幹部648人，占92.84%，全系統共有登記開業納稅人82280戶。2012年，全系統組織入庫稅收收入309.31億元，同比增收34.73億元，增長12.65%；2013年，全系統組織入庫稅收收入329.05億元，同比增收19.74億元，增長6.38%；2014年，全系統組織入庫稅收收入353.5億元，同比增收24.45億元，增長7.43%。
機構職能
玉溪市國家稅務局是主管全市國家稅收的職能部門。其主要職責是：
1、貫徹執行國家的稅收法律、法規和規章，結合本地實際情況，研究貫徹執行意見。
2、根據本地經濟發展規劃，研究制定本系統稅收發展規劃和年度工作計畫並組織實施。
3、根據經濟稅源和省局下達的稅收計畫，編制、分配和下達本系統稅收收入計畫並組織實施。
4、負責本地中央稅、中央地方共享稅等稅種的徵收管理工作；負責增值稅專用發票、普通發票和其它稅收票證的發售和管理工作。
5、負責監督檢查本系統的稅收執行情況；負責稅務行政處罰聽證，行政複議和訴訟工作。
6、負責本地進出口稅收管理和涉外稅收的征管工作。
7、負責本系統稅收會計、統計工作。
8、負責本系統經費、財務、基本建設和資產管理工作，負責審計和政府採購工作。
9、負責本系統機構、編制和人事管理工作。
10、負責本系統思想政治工作，精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理工作。
11、負責本系統的紀檢、監察工作。
12、負責本系統稅收信息化、現代化工作的規劃和實施，建設和管理信息系統。
13、分析稅收信息，掌握稅收動態，組織稅法宣傳工作。
14、承辦省國稅局和地方人民政府交辦的有關事項。
機構設定
內設機構
1、辦公室
負責機關政務、事務及文秘工作。
2、政策法規處
負責稅收政策法規宣傳、教育、執法監督追究、稅務案件審理和稅務行政訴訟、複議、賠償、聽證等工作。
3、流轉稅管理處
負責增值稅、消費稅、車輛購置稅（包括完稅證明）等流轉稅類稅收政策、業務管理。
4、所得稅管理處
負責企業所得稅和儲蓄存款利息所得稅等所得稅類政策、業務管理。
5、進出口稅收管理處
負責進出口稅收及涉外稅收政策、業務的管理。
6、徵收管理處
負責稅款徵收、稅收管理及稅收法律、法規的組織實施。
7、計畫統計處
負責稅收計畫、稅收會計、統計和票證的管理及稅源稅負分析和系統財務、基本建設、裝備和資產的管理和監督。
8、人事教育處
負責本單位的人事管理、幹部培訓教育、精神文明建設工作。
9、離退休幹部管理辦公室（副科級，掛靠人事教育處）
負責機關離退休幹部的管理和服務工作，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
10、監察室
負責本系統各級國稅機關及工作人員的紀律檢查、行政監察和黨風廉政建設工作的管理和監督。
11、機關黨委辦公室
負責機關和直屬機構、事業單位的黨務、紀律檢查、工會、共青團、婦聯工作。
直屬機構
玉溪市國家稅務局稽查局
負責組織、指導、協調和監督本系統的稅收檢查工作和涉稅違法案件的查處。
事業單位
1、信息中心
負責本系統稅收信息化建設，為稅收行政管理、稅務行政執法提供信息保障與服務。
2、機關服務中心
負責本級機關後勤事務的組織管理工作。
開發區國家稅務局
（非全職能局）
負責轄區內的稅收徵收和稅源管理工作。
縣（區）國家稅務局
紅塔區國家稅務局
通海縣國家稅務局
江川縣國家稅務局
澂江縣國家稅務局
華寧縣國家稅務局
易門縣國家稅務局
峨山縣國家稅務局
新平縣國家稅務局
元江縣國家稅務局
玉溪高新技術開發區國家稅務局
