（一）光緒後期京師直隸大疫
光緒二十一年(1895年)，京師地區春荒嚴重，遍野荒地，耕收望絕。入夏以後，大雨成災，而且時有冰雹襲擊。五月初六日，御史李念茲上奏說，四月初旬以後，京師周圍地區普降大雨，田地淹沒，麥苗黃萎，早稻秧苗被雨水浸傷，而賑撫之事政府一直不作計畫打算，寂寂無聞。他對光緒說，現在“京外災黎扶老負幼，來京田食，其鵠面鳩形，貿貿潰亂之狀，實屑目不忍睹”。惡劣的生存條件，導致饑民中“疫癘流行”。七月二十九日，監察御史熙麟上折，因疾疫而死的災民達三千餘人，“其內城歸步軍衙門、順天府經理者，尚不在此數”。
光緒二十六年(1900年)春夏秋三季，直隸南部地區發生互有關聯的嚴重旱災。袁世凱在向光緒的奏摺中說：“畿輔荒早，赤地千里，民不聊生。”惡劣的天氣為病菌的孽生創造了有利的生存環境，疫病廣為流傳。自四月以後，京師內外疫疾流行，範圍既廣，危害又深，流行病中最主要的是時人認為喉症和瘟疫二種。這次喉症和瘟疫的流行，在京師造成大量人口死亡，據《庚子紀事記》載：“居民死者枕藉。”天津的情況大致與京師差不多，春夏之季無雨亢旱，引起“瘟氣流行”。十月，獲鹿縣出現大瘟疫，入侵中國的八國聯軍在燒殺搶掠過程中也染上此病，一個月內前後死了三四十人。十一月，侵略軍首領阿貝及一位中國籍的通使得病，不久就不治身亡。
光緒二十八年(1902年)六月，京津地區再次大範圍的爆發疫病。這次疫病主要以霍亂為主。由於霍亂髮病潛伏期較短，傳染性較強，發病突然，所以病人發病前並無什麼症狀，突然起病後，短者一二個小時、半天左右就不治病死，長者也僅一二天身亡。數日內，京師霍亂因轉相傳染，形成了發病高峰，每天死人不計其數，一時間人心慌慌。天津疫病的出現似較京師要早。五月以後，霍亂已經流傳開來，因缺乏有效的預防和醫治措施，不滿一月，染病死亡的百姓超過一萬餘人。在天津的楊柳青村，每天少則死去十餘人，多時死亡二三十人。直隸總督袁世凱在六月初十日給徐世昌的信函中說：“近日疫症大作，傷人甚多。”直隸府署中上自袁世凱的幕僚，下自一般夫役，沒多少時間也死去了十餘人。而軍營內得病的更多，前後官兵馬弁死亡達七八十人，使袁世凱惶惶不知所措。這一次京師直隸地區的疫病流行，與前幾次的疫病不同，前二次疫病都與惡劣的自然環境相關，而這次霍亂流行前，京師地區氣候正常，並無連續的乾旱或水災，這次霍亂的出現呈突然性，危害大，傳染快的特點。
光緒二十八、二十九年蘇南、杭州疫疾
光緒二十八年(1902年)初春，因一冬春未見雨雪，天氣乾燥，塵土飛揚，蘇南很多地區發生呼吸道傳染病。患病重者，在臥床一段時間後，因無法醫治，也會命歸黃泉。孫寶碹《忘山廬日記》說：“去冬少雪，一時多患喉者，死人無數。”光緒的老師翁同瓤在其日記中，記述了在常熟城內外疫病到處有流傳的事實，他說：“聞城外痧證未淨，乞藥者多。”六月，“城中時疫盛行，乞藥者踵相接。”至六月，常熟城內痧症不但未見減弱，反而更加劇烈的流傳，藥鋪生意紅紅火火，配藥求醫者天天接踵而至。
光緒二十九年(1903年)七月，有一種疫病流傳進了杭州城由於這種疫病感染性較強，所以杭州城內幾乎人人都染上此病。據孫寶碹《忘山廬日記》記載，這次疫病患者的主要症狀大都呈發熱、頭昏目眩，發熱過後，病人四肢出現紅斑。 “然死人甚少。”
（二）1902年黑龍江璦琿霍亂流行
光緒二十八年(1902年)五月初一日，平靜的璦琿縣城內突然掀起波瀾，因為在城內出現了第一例霍亂病。患病者都出現劇烈的腹瀉與嘔吐，眼眶下陷，兩頰深凹，神志淡漠不清。由於嚴重瀉吐而引起的體內鹽類大量喪失，使鹼儲備下降，出現肌肉痛性痙攣，因而當時史料記載此病為“霍亂轉筋”。從這一天起，璦琿城內一片恐慌，因為霍亂傳染性很強，沒幾天在城內迅速蔓延開來。當時傳染上霍亂的病人都是呈“縮筋構攣”的病症，在一再的腹瀉和嘔吐後，肌肉出現劇烈的痙攣。病人死亡率極高。官府迅即派軍隊封鎖城門，使城內外居民隔斷聯繫，同時進行醫療消毒防治工作。據駐守在城門的士兵清點，發病期間，每日抬到城外荒野掩埋的病者屍體不下七八百具。這種現象持續了半月之久，前後死了數千人。當霍亂流傳時，城內市面蕭條，無任何商業可言，街面上幾乎沒有人行走，老百姓嚇得紛紛躲在自己的家裡不敢出來，生怕不知什麼時候染上病菌。這次霍亂，來得突然，去得也快，為害極大。
清末安東霍亂
今天的丹東，位於中國遼寧省東南部，隔國境界河鴨綠江與朝鮮新義州市相望。丹東原名“安東”。
據史料記載。早在光緒十六年(1890年)夏，安東地區就有疫病發生，其流行迅速，來勢猖獗，僅死者就有千餘人。光緒二十一年六月，疫病再次大流行，以安東之大東溝、沙河鎮兩處最烈，死者不計其數，且多系工人。流行最激烈時，整日掩埋死人不斷。有的送葬抬棺人，未行至墓地而中途即發病身死，令人震驚。光緒二十七年(1901年)七月，安東地區疫情變本加厲，患者以勞動者為多。沙河鎮區，每日死者達30至60人。病死者難計其數。上述幾次疫情，未留下霍亂致病的原始記載，但從其發生時間、流行季節、傳播特點、病死狀況以及以後連續年間的流行程度等情況分析，專家們基本上均認可系霍亂所致疫情。
1907年夏，在中國出現霍亂大流行。安東地區及大連、旅順、遼陽等地均都波及，尤以大連、旅順出現的患者為多，此病於八月下旬首發於大連，終止於十一月上旬。
次年六月，安東的霍亂流行最為劇烈，木排工人死者無算。由於裝著屍體的棺材已無親友故舊安葬，均送集珍珠泡地帶。路旁地內積棺遍野，屍骸暴露，慘不忍睹。
（三）東北鼠疫大流行
清末，1910年10月，中國東北發生鼠疫。首先在海拉爾出現，漸次向齊齊哈爾、哈爾濱等處蔓延，僅哈爾濱(人口不足2萬)一帶即死亡5272人。1911年1至2月間蔓延到吉林省敦化、額木、延吉一帶，僅延吉縣境內死亡者就達323名之多。疫病越過吉林，很快傳播至遼寧省，席捲了該省數十州縣。患病較重者，往往全家斃命，當時採取的辦法是將其房屋估價焚燒，去執行任務的員役兵警也死亡相繼，數月間就死亡了六七千人。據東三省督撫錫良奏陳疫情電文所述，此次鼠疫蔓延所及達66處，死亡人口四萬餘人。另據資料說，這次東北鼠疫大流行死亡總人數約為6萬人。
曹廷傑《防疫芻言及例言序》中記：“宣統二年，歲次庚戌九月下旬，黑龍江省西北滿州里地方發現疫症，病斃人口。鏇由鐵道線及哈爾濱、長春、奉天等處，侵入直隸、山東各界，旁及江省之呼蘭、海倫、綏化，吉省之新城、農安、雙城、賓州、阿城、長春、五常、榆樹、磐石、吉林各府廳州縣。報章所登東三省疫斃人數，自去歲九月至今年二月底止，約計報知及隱匿者已達五六萬口之譜。”
鼠疫出現後，清政府下令各處嚴防，毋令傳染關內。數月間在東北三省內鼠疫蔓延得到了控制。
東北鼠疫大流行期間，其流行區域並非局限在關外，曾有逐漸向關內各地蔓延之勢。涉及直隸、熱河、山東、河南、安徽、湖北、湖南之地。京師地區於宣統二年(1910年)12月開始發現鼠疫。在外城三星客棧有奉天來京旅客王桂林及由天津來京學生於文蔚染疫，陸續傳疫京師各地。清政府曾于山海關設立檢驗所，各海口也同時進行檢疫，以圖遏制鼠疫南下之勢。京師地區雖然病死了一些人，但還沒有發生大的疫情。至宣統三年(1911年)正月，京師已無傳疫之人，疫氣已經消滅淨盡。
