深部真菌是侵犯皮下組織和內臟,引起全身性感染s的真菌,包括下列四大類，其中3類為致病性真菌。
深部真菌病
深部真菌病是指侵害皮膚、黏膜和內臟的真菌所引起的感染。病原菌的種類有很多種。這些病原菌廣泛存在於土壤、動物糞便、乳汁中，犬主要通過接觸污染的土壤或經呼吸道、消化道而感染，只有少數真菌具有接觸傳染性。深部真菌病可發生於體內各臟器，其病變特徵是：肉芽腫性炎症、壞死、膿腫、潰瘍、瘺管、結締組織增生和形成結節。飼料中廣泛添加抗菌藥物，可能是犬發生深部真菌病的重要原因。
犬易發生製造種主要深部真菌病是：
1．組織胞漿菌病
其病原為莢膜組織胞漿菌，生長在土壤中，主要經呼吸道感染。病犬主要呈現持久、不易治癒的頑固性咳嗽和腹瀉，無痰液排出。病犬耒食、消瘦、不規則發熱、嘔吐、皮炎，腹壁觸診常可發現腫大的腸系膜淋巴結。慢性病例有時可見頰黏膜發生潰瘍，扁桃體腫大。
臨床上發現犬呈現難以治癒的咳嗽腹瀉時，即應考慮本病。如有條件應以莢膜組織胞漿菌素做皮試驗，還可做到胸部x線透視、血清補體結合試驗、瓊脂擴散試驗等進行診斷。
兩性黴素b對本病有很好的療效，總用量為4毫克/千克體重，分為10次，每隔2日注射1次，臨用前先以注射用水溶解，再用葡萄糖鹽水稀釋成0。1%（毫克）後靜脈注射。總量不能超過5毫克/千克體重，否則可損害腎臟。克霉唑（抗真菌1號）對本病也有良好的療效，劑量為0。75～1。5克，分兩次內服。
2．球孢子菌病
其病原為球孢子菌。主要經呼吸道感染。
病犬肺臟及支氣管或縱隔淋巴結髮生肉芽腫，病犬呈現體溫升高，咳嗽，呼吸困難，食欲不振，消瘦和腹瀉。侵害關節時，即呈現跛行和肌肉萎縮。
本病在犬群中傳播迅速。當犬中出現可疑症狀時，應進一步進行胸部x線照相，有條件時可做球孢子菌素皮肉試驗及血清補體結合試驗。
治療方法同“組織胞漿菌病”。
3．芽生菌病
其病原為皮炎芽生菌。
本病可分為全身型和皮膚型兩種。全身型主要表現為肺臟的疾病，病犬精神沉鬱、發熱、厭食、消瘦及咳嗽。剖檢病死犬時，肺臟各葉都有結節和膿腫，肺臟呈現灰白色或淡紅色斑紋狀，並有局灶性或瀰漫性硬變。肉芽腫結節的中心發生壞死，但不鈣化。病變向周圍蔓延時，可使支氣管和縱隔淋巴結腫大、化膿，甚至引起胸膜炎。皮膚型芽生菌病表現為單發性或多發性皮膚肉芽腫，最後則在中心液化壞死和發生潰瘍。
胸部x線照片所見到的肺部未鈣化結節或硬變，有助於該病的診斷。最好對皮膚結節做活組織檢查。從膿汁、痰液中鏡檢時，發現有單個的或出芽的球形細胞且細胞壁厚而有折光性（雙層輪廓）時，即可確診。
本病一旦擴散，難以治癒。早期可用兩性黴素b治療。對皮膚結節可施行手術摘除
