涵江書院位於福建莆田涵江紫璜山上。
唐敬宗李淇寶曆二年（826），孔子41代孫孔仲良來莆田任縣令，後死於任上，其子孫遂定居在涵江紫璜山麓，後這裡便稱為“孔里”。
南宋淳佑11年（1251），興化知軍楊棟和涵江鎮官鄭雄飛在紫璜山上創建涵江書院，為孔氏後裔讀書之處，同時建孔廟。金定4年（1263），知軍徐直諒向朝廷請匾，理宗皇帝親書“涵江書院”四個大字賜之，並刻在高2.5尺寬11.2尺的厚石板上。
元成宗鐵穆耳大德十一年（1307），總管呂君政擬修涵江書院，曾濤曾寫一篇《興化路修涵江書院記》。同年秋天，上饒人徐汝楫任涵江書院山長，他多方籌劃，復得呂君政的捐俸倡導以及鄉賢和諸生的樂助，改築殿址高六尺余，檐楹榱桷等按體制修建，於武宗海山至大二年（1309）春動工，同年九月落成。
涵江書院在明代曾經多次修葺：洪武十三年（1380），同知趙亨修一次；永樂四年（1406），通判孫日文、董彬重修一次；正統間主簿唐禮以及景泰間鹽運判官周詢等也先後修葺過。成化元年（1465）興化府知府岳正在原涵江書院和孔廟的地址上，合併附近的“三真君殿”，重建涵江書院和孔廟，其規模遠大於前。
《興化府志里圖考》載，涵江街上的“涵江書院”牌坊就是岳正所立的石坊。它是摹刻理宗所書的“涵江書院”四字於石坊上，並立在臨大街之處的，使這條大巷直通涵江書院及孔廟而稱“石坊巷”。此坊毀於“文革”之中。
明嘉靖四十一年（1562），倭寇陷莆時，涵江書院及孔廟被焚毀；清順治十年（1653），鄭成功派遣大鎮王大振率兵攻涵江，此院又被其兵所毀，到康熙元年（1662）才重建。
宋、明朝代的涵江書院原址（即舊時的“正學門庭）“，因迭經兵禍，到康熙元年重建時，已不見其址。依照孔廟建築體制，孔廟下只有石階（即現存的著名49階）和泮池。而泮池前的那座”正學門”是道光十五年（1835）建成的，可能是當時以為“正學門庭”原址已毀不見，特建此“正學門”以志涵江書院的所在。故涵江書院的建築物現只剩下一個“正學門”了，被列為莆田市第一批文物保護單位。
