新中國建立以後,全面快速發展,1949年擴為山東省立徐州農業試驗場,職員增至41人,工人49人,土地1260畝。1953年回歸江蘇,改名江蘇省雜谷試驗場,1955年育成棉花新品種“徐州209”,成為國內第一個大面積產量超美棉的自育棉花品種,1965年獲國家發明獎。1957年為徐州旱作改水稻建成稻麥兩熟旱改水生產示範樣板,1958年12月被評為“農業社會主義建設先進單位”,受到國務院獎勵。
1958年冬季改為徐州專區農科所,建制從省屬轉為徐州專署的省、地雙重領導,1960年職工201人,土地1900畝。1962年精兵簡政,縮短戰線,科技人員素質提高,研究內容突出高產要求,實行內外結合,參加高產樣板和治鹼改土樣板的建設,指導當地民眾開展農村科學實驗運動。樣板田建設經驗曾在全國第一次農村科學實驗大會上作介紹。中國農科院薯類研究所撤併至徐州所,成為後來在徐州建立全國甘薯科研中心的源頭。
文化大革命中,全省農科體系解體,科研長期半停頓。科技人員簡化維持農作物育種。1973年科研工作開始復甦,科技人員重返科研崗位,恢復科研工作。
1977年全面恢復科學研究和科技推廣服務工作。1978年起落實知識分子政策,徹底平反冤假錯案,任用科技人員擔任黨、政領導職務,成立所務委員會、學術委員會,建立新的管理系統和組織結構,建立成果評獎和職稱評定製度。1978~1983年獲國家、部、省、市各級科技成果獎55項,其中,“徐薯18”甘薯、“徐州68—4”花生分獲國家發明一等獎和三等獎,加上棉花“209”發明獎和一批部省級成重大果獎,傳譽省內外,引起農業部和國家科委的關注,部委領導相繼來所視察,給予“小所做出大貢獻”的高度評價。
1983年省委決定按農業區劃設所,更名為“江蘇徐淮地區徐州農業科學研究所”,建制轉歸省農科院,實行以省農科院為主的省、市雙重領導,1991年增掛徐州市農科所牌子,2000年改稱徐州市農業科學院。定編職工272人,經過水利、公路、鐵路、機關建設占地,現余土地1000餘畝。1984年,由農業部科技司、江蘇省農科院、徐州市政府三方協定興辦“江蘇徐州甘薯研究中心”, 2002年增掛中國農科院甘薯研究所牌子。
1985年,中共中央頒布《關於科學技術體制改革的決定》,明確市場化改革方向,實行所長負責制,改革科研撥款制度,開展科技開發和有償科技服務,實行“一院兩體”,一為科研創新體系,一為科技型企業經營體系,兩者相輔相成,形成國家重點支持和自謀發展相結合的科研運行新機制。對外、對台交流合作取得顯著進展,1981~2009年,共接待30多個國家或地區以及國際科研開發機構116批301人次來訪,出訪65批93人次,與國際馬鈴薯中心、亞洲蔬菜發展與研究中心和其他境外相關機構建立多項有成效的合作,聘請7名境外專家任特約研究員。
科技創新體系分國家甘薯科研和區域科研兩大系列共10個研究室,建有各類實驗室9個,每年課題80項左右,年科研經費1000萬元左右。建有國家甘薯改良中心、博士後科研工作站、全國農作物品種區試站等國家級和省級科研平台17個。2009年103名科技人員,研究生占23%,大學本科占43%,高級職稱占44%,博士6人,碩士24人,初步形成由高學歷中青年學科帶頭人為主的甘薯科研國家隊和區域科研麥、稻、棉、油地方隊。2007年全國啟動第一批現代農業產業技術體系建設,徐州農科所獲準定為國家現代農業產業技術體系小麥、水稻、棉花、大豆、花生5個徐淮(州)綜合試驗站;2008年,農業部啟動第二批現代農業產業技術體系建設,徐州甘薯研究中心定為甘薯產業技術體系建設依託單位。
科研方向幾度調整,著重套用開發研究,啟動部分套用基礎研究。育種目標由以往以高產為主調整為高產、優質、多抗、專用型品種為主;栽培技術研究從以往高產為主調整為超高產、輕型、高效、安全、集約栽培為主。育種方法由以往系統選育為主過渡到以雜交育種為主、系統選育為輔,啟動分子標記生物技術用於輔助育種的研究。至2009年止,累計自育各種農作物新品種187個,其中17個獲國家植物新品種保護權,21個品種在不同時期成為黃淮地區糧棉油作物主體品種,在20多個省、市、自治區累計推廣14.95億畝,新創社會經濟效益243.9億元;研創和利用栽培新技術203項;引進鑑定推廣的外地品種98個;在省級以上刊物累計發表論文1190篇,其中學報級167篇,主編或參加編寫專著127部;獲各級成果獎204項、259項次,其中國家級獎19項次,部、省級獎123項次。獲國務院表彰1次,省政府3次嘉獎,市政府4次“先進單位”稱號,連續3次被農業部評為全國百強農業科研單位,在600餘個地市級農業科研單位中一直名列前茅。
科技企業經營體系強化新品種為主的成果開發,註冊成立 “江蘇徐農種業科技有限公司”、“江蘇原生食品有限公司”、 “徐州市農科院科技開發中心”,建有8萬畝新品種生產基地,年開發收入2006年突破1000萬元大關,使科技開發收入與事業費、課題費各占三分之一,共同形成支撐全所(院)生存發展的三大經濟來源。
全院現有東賀村科研區、大廟村示範園和東甸子生活區三部分,根據《國家中長期科學和技術發展規劃綱要》“自主創新,重點跨越,支撐發展,引領未來”的指導方針和總體部署,進一步增強自謀發展能力,結合京滬高速鐵路建設工程的補償機遇,抓緊實施辦公、試驗、生產、生活區改擴建工程,力爭兩年內建成以各種作物科技創新樓為主體的東賀村綜合科研區和徐州市農科院現代農業試驗示範園(大廟村)。到2015年初步建成國際先進的國家甘薯改良中心、國內先進的淮海經濟區稻、麥研發中心,全省先進的淮北大豆、花生研發中心和徐州市領先的蔬菜、果品高效推廣套用中心。並加強與農業推廣體系結合,使科研成果儘快轉化為現實生產力,切實為高效現代農業、設施規模農業提供有力的科技支撐。
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