心咒注音
藥師佛心咒vaiḍūryaprabharājāyatathāgatāya
arhatesamyaksambuddhāyatadyathā:
oṃbhaiṣajyebhaiṣajyemahābhaiṣajya-samudgatesvāhā.
漢字注音
南謨薄伽伐帝。鞞（Pi）殺社。窶（jv）嚕薜琉璃。缽喇婆。喝羅（la）闍也。怛他（Tuo）揭多耶。阿羅（La）喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他（Tuo）。唵。鞞（Pi）殺逝。鞞（Pi）殺逝。鞞（Pi）殺社。三沒揭帝莎訶。漢文歷代傳承多有變化（古代唐文為國語，現代廣州。）。以念梵文藏文為參考，注即說咒曰音為他得壓他（連讀）
藏傳心咒
羅馬字注音TayataOmBekanze
BekanzeMahaBeKanze
RadzaSamudgateSoha
漢字注音
dieyataongbeikanzebeikanzemahabeikanzelazasamugadiesoha
喋雅他嗡貝堪則貝堪則瑪哈貝堪則喇雜薩目嘎喋（即三沒揭帝）梭哈
raja秘咒一律不翻譯
心咒結印
藥師佛心咒末法必修
藥師佛二：藥師法門是現生就能得福慧的法門。藥師佛行菩薩道時發十二大願，令我們發揮財富，所求皆得。
三：藥師法門是最適合相貌不好的人修。有人體身下劣諸根不具。醜陋頑愚，盲聾喑啞，攣躄背僂，白癩癲狂，種種病苦。念南無藥師琉璃光如來名號，來生就會長得非常美麗。
四：藥師法門是最適合貧窮的人修。念南無藥師琉璃光如來名號，很快就能得到財富。
五：藥師法門是最適合病苦的人修。眾人有病，逼切無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦。念南無藥師琉璃光如來名字，一經其耳，眾病悉得除身心安樂，家屬資具悉皆豐足。乃至證得無上菩提。
六：藥師法門是最適合諸事不順的人修。眾生心中隨所樂求，一切皆遂。求長壽得長壽。求富饒得富饒。求官位得官位。求男女得男女。
七：藥師法門是最適合求生極樂世界的，藥師經是為像法轉時而宣說的。有人願生西方極樂世界無量壽佛所。聽聞正法，而未定者。修學藥師法門，臨命終時有八菩薩。乘神通來示其道路，即於彼界種種雜色眾寶華中自然化生。易得彌陀本願海，唯修藥師本願海。
八：藥師法門是最適合持戒不嚴的人修。有人學習如來正法。而破戒律。有雖不破戒律而破軌則。有於戒律軌則雖得不壞，聽到藥師琉璃光如來名號。便舍惡行修諸善法。不墮惡趣。設有不能舍諸惡行，修行善法。墮惡趣者。由於如來本願威力。令其現前暫聞名號。從彼命終還生人趣。得正見精進善調意樂。
九：藥師法門是最適合災難重重的人修。災難起時，所謂人眾疾疫難，外國侵逼難，國家政變難，星宿變怪難，日月薄蝕難，非時風雨難，過時不雨難。如果能供養藥師琉璃光如來，眾難解脫。
十：修藥師法門，不會九橫死，不會中邪，因為有藥叉菩薩保護。
十一：若是女人討厭女人身，聽到世尊藥師如來名號，至心稱念，於後不復更受女身。
十二：修藥師法門，聰明智慧，勇健威猛，如大力士，速成佛道。
是故，藥師法門為末法必修法門。(方海權著)
心咒功德
藥師佛心咒功德曼殊室利，若見男子、女人，有病苦者，應當一心，為彼病人常清淨澡漱，或食、或藥、或無蟲水，咒一百八遍，與彼服食，所有病苦悉皆消滅。若有所求，至心念誦，皆得如是無病延年；命終之後，生彼世界，得不退轉，乃至菩提。是故曼殊室利，若有男子、女人，於彼藥師琉璃光如來，至心殷重恭敬供養者，常持此咒，勿令廢忘。
複次，曼殊室利，若有淨信男子、女人，得聞藥師琉璃光如來、應、正等覺所有名號，聞已誦持。晨嚼齒木，澡漱清淨，以諸香花、燒香、塗香，作眾伎樂，供養形像。於此經典，若自書，聽聞其義。於彼法師，應修供養，一切所有資身之具，悉皆施與，勿令乏少。如是便蒙諸佛護念，所求願滿，乃至菩提。（《藥師琉璃光如來本願功德經》）
（註：唐玄奘譯《藥師琉璃光如來本願功德經》，原缺咒語及前後經文。流通本乃據唐義淨譯《藥師琉璃光七佛本願功德經》補入，從說咒前“複次曼殊室利”，至“所求願滿，乃至菩提”，共四百二十八字。）
