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水馬齒目是1981年的克朗奎斯特分類法列出的一個目，包括3科，其依據是外部形態，本目植物的特點是花中只有一根雄蕊。1998年根據基因親緣關係分類的APG 分類法認為應該取消這個目，其屬下的水穗草科被分到山茱萸目之下，其他兩個科直接合併到車前科中，2003年經過修訂的APG II 分類法維持原分類。
科
杉葉藻科 Hippuridaceae水馬齒科 Callitrichaceae
水穗草科 Hydrostachyaceae
外部連結
ITIS中的水馬齒目菊亞綱
| 菊亞綱 | 雙子葉植物綱的一亞綱，共11目，49科，約60000種，為被子植物門中最大的一個亞綱。木本或草本。常單葉，花4輪，花冠常結合，雄蕊與花冠裂片同數或更少，常著生在花冠筒上，絕不與花冠片對生，心皮2—5，常2，結合。 |
| 龍膽目 | 馬錢科；Retziaceae；龍膽科；Saccifoliaceae；夾竹桃科；蘿藦科 |
| 茄目 | Duckeodendraceae；Nolanaceae；茄科；鏇花科；菟絲子科；莕菜科；花荵科；田基麻科 |
| 唇形目 | Lennoaceae；紫草科；馬鞭草科；唇形科 |
| 水馬齒目 | 杉葉藻科；水馬齒科；Hydrostachyaceae |
| 車前目 | 車前科 |
| 玄參目 | 醉魚草科；木犀科；玄參科；Globulariaceae；苦檻藍科；列當科；苦苣苔科；爵床科；胡麻科；紫葳科；Mcndonciaceae；狸藻科 |
| 桔梗目 | 五膜草科；尖瓣花科；桔梗科；花柱草科；Donatiaceae；Brunoniaceae；草海桐科 |
| 茜草目 | 茜草科；假牛繁縷科 |
| 川續斷目 | 忍冬科；五福花科；敗醬科；川續斷科 |
| Calycerales | Calyceraceae |
| 菊目 | 菊科 |
