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疾病的發展變化，尤其複雜的疾病，常常是矛盾萬千。因此，在治療時就需要運用標本的理論，藉以分析其主次緩急，便於及時合理地進行治療。標本的原則一般是急則治其標，緩則治其本和標本同治三種情況。
急則治其標，指標病危急，若不及時治療，會危及患者生命，或影響本病的治療。如腹脹滿、大出血、劇痛、高熱等病，皆宜先除脹、止血、止痛、退熱。正如《素問·標本病傳論》所說：“先熱後生中滿者，治其標……先病而後生中滿者，治其標……大小不利，治其標。”待病情相對穩定後，再考慮治療本病。
緩則治其本，指標病不甚急的情況下，採取治本的原則，即針對主要病因、病證進行治療，以解除病的根本。如陰虛發熱，只要滋陰養液治其本，發熱之標便不治自退；外感發熱，只要解表祛邪治其本，發熱之標亦不治而退。
標本同治，指標病本病同時俱急，在時間與條件上皆不宜單治標或單治本，只能採取同治之法。如腎不納氣之喘咳病，本為腎氣虛，標為肺失肅降，治療只宜益腎納氣，肅肺平喘，標本兼顧；又若熱極生風證，本為熱邪亢盛，標為肝風內動，治療只能清熱涼肝，熄風止痙，標本同治。
疾病的標本關係不是絕對的，在一定條件下，可以互相轉化。因此，在臨床中要認真觀察，注意掌握標本轉化的規律，以便正確地不失時機地進行有效的治療。
