明隆武元年（1645年），南京被清兵攻占。唐王聿鍵在福州即帝位，改元隆武。李魯便聚集有志興明人士，在福員山結“貞社”，規劃勤王復國之事。閣部曾櫻在杭城任漳南道職，深知其才幹，便寫信相邀。李即往福州，上書獻六策。隆武帝大為欣喜，召其面談，授予工部主事職務。是年十二月，隆武帝駐蹕建水，三關危急，禁旅稀少。李魯又急切上奏，建議確定兵營編制，整頓軍紀，加強警衛。隆武帝以為講得有理，但終不能實行。
隆武二年六月，魯王棄浙江，從海上逃走。李魯又上奏說：如今溫州、邵武、建陽等處均有空隙，即使重兵扼守，也無濟於事，況且駐兵撤回，安海四境已沒有關隘要地，人心渙散，忠義之士灰心，離閩當如避焚穿網，請另選正直而有才能的人來共濟大事。剛巧汀州府報告農民起義軍張恩選圍攻杭、永，魯又建議說：“急守莫如汀城，急練莫如汀兵。此地為五嶺咽喉，務必使之呼吸相應。陛下果真前往，我當執戈前驅，願捐軀為衛。”隆武帝大加讚許：“你慎重思謀，必能擔負大任。”即改授李魯為兵部主事。魯即日夜兼程，向汀州進發，至八月初二日方趕到汀州。
一到汀州，汀州府就接到“張恩選圍杭城甚急”的報告。李魯密對汀帥周之蕃說：大駕早晚即到汀城，公當整頓軍旅護送皇上過嶺。如杭城不守，風聲傳來，人心浮動。皇上又將到此，必須切實考慮發生意外的事變。我當親往上杭先解杭城之圍，然後護駕往杭城。魯隨即返杭，單騎親至農民起義軍營地，勸起義軍反清復明，護駕立功。打通這一關節後，魯即入城議事，宣布屯練項目，編伍就緒，星夜赴汀。隆武帝於八月二十七日抵達汀城。只兩日，清兵接踵而來。八月二十九日，隆武帝為清兵所俘。
李魯在赴汀途中聞變，痛哭回杭。九月四日，清軍貝勒遣吏入城，先誘以高官，後用利害恐嚇，李魯大義凜然道：我生平學經書，只知不惜生命來實現自己的志願，不必用其他言語來玷污我的耳朵！立即奔赴道署，此時巡道傅天佑還在睡大覺，他大聲斥責說：“今日是主辱臣死之日，哪裡是臣子睡大覺的時節！”便生氣地離去。魯原與上杭知縣楊惟中約定當晚一同逃到福員山。待其至縣署，楊已歸順於清，便長嘆說：我最初認為大明曆代皇帝恩育二百年，犬馬尚且識主，何況是人呢！我決不可在城裡死去或投降。於是攜帶詔書、印信返回福員山，途中氣絕而死，時為隆武二年九月五日，終年56歲。清康熙中，諸子蒐集其所著《燼餘集》刊行於世。
