研究
本體論在現代西方哲學中，一些流派（實證主義、分析哲學等）反對任何形上學和本體論。但也有些人試圖重新建立關於存在學說的本體論，如胡塞爾的“先驗的本體論”、海德格爾的“基本本體論”、哈特曼的“批判本體論”等，他們往往藉助於超感覺和超理性的直覺去建立概念體系，其觀點帶有唯心主義或不可知論，且往往同錯誤的社會觀點相聯繫，為宗教哲學所支持。
本體論在中國古代哲學中，本體論叫做“本根論”，指探究天地萬物產生、存在、發展變化根本原因和根本依據的學說。中國古代哲學家一般都把天地萬物的本根歸結為無形無象的與天地萬物根本不同的東西，這種東西大體可分為三類：（1）沒有固定形體的物質，如“氣”；（2）抽象的概念或原則，如“無”、“理”；（3）主觀精神，如“心”。這三種觀點分別歸屬於樸素唯物主義、客觀唯心主義和主觀唯心主義。在中國哲學史的研究中，有些學者用“本體論”一詞專指那種在物質世界之外尋找物質世界存在依據的唯心主義學說，如魏晉時期王弼的貴無論。
巴門尼德深刻地提出，“是以外便無非是，存在之為存在者必一，這就不會有不存在者存在”。並且認為存在永存不變，僅有思維與之同一，亦僅有思維可以獲致此真理；而從感覺得來者僅為意見，從意見的觀點看，則有存在和非存在，存在既非一從而有變滅。巴門尼德對being(是，存在)的探討， 建立了本體論研究的基本方向：對於被“是者”所分有的“是”，僅只能由思維向超驗之域探尋，而不能由感覺從經驗之中獲取；此在超驗之域中尋得之“是”，因其絕對的普遍性和本原性，必然只能是一。不過，這一點只有蘇格拉底和柏拉圖才能真有領會，與他同時的希臘哲人或多或少地有所忽略。因而，如原子論者雖然也區分了真理認識和暗昧認識，認識到思維與感覺的不同；但其探尋的“本原”可否由經驗獲致卻極模糊，因而實際上並未能區分超驗和經驗。而在蘇格拉底那些沒有最終結論的對話中，已破除了經驗歸納方法獲取真理的可能性；在柏拉圖的理念論中，則鮮明地以超驗世界的“理念”為真理之根本。
其他表述
本體論然而，到目前為止，對於本體論，還沒有統一的定義和固定的套用領域。史丹福大學的Gruber給出的定義得到了許多同行的認可，即本體論是對概念化的精確描述（Gruber，1995），本體論用於描述事物的本質。
在實現上，本體論是概念化的詳細說明，一個Ontology往往就是一個正式的辭彙表，其核心作用就在於定義某一領域或領域內專業辭彙的還以及他們之間的關係。這一系列的基本概念如同工程一座大廈的基石，為交流各方提供了一個統一的認識。在這一系列概念的支持下，知識的搜尋、積累和共享的效率將大大提高，真正意義上的知識重用和共享也成為可能。
本體論可以分為四種類型：領域、通用、套用和表示。領域本體包含著特定類型領域（如電子、機械、醫藥、教學）等的相關知識，或者是某個學科、某門課程中的相關知識；通用本體則覆蓋了若干個領域，通常也稱為核心本體；套用本體包含特定領域建模所需的全部知識；表示本體不只局限於某個特定的領域，還提供了用於描述事物的實體，如“框架本體”，其中定義了框架、槽的概念。
可見，本體論的建立具有一定的層次性，在教學領域而言，如果說某門課程中的概念、術語及其關係看成是特定的套用本體，那么所有課程中的共同的概念和特徵則具有一定的通用性。
簡單本體
本體論構建本體的簡單步驟是：
1. 列出研究課題所涉及到的詞條（terms）
2. 按照詞條的固有屬性和專屬特徵進行歸納和修改，對詞條建立類（class）以及層級化的分類模型(taxonomy)
3. 加入關係(relation)連繫terms和taxonomies
4. 按照需要，添加實例（instance）作為概念的具象
最後在Protege中，還可以利用其附帶的功能和外掛程式對本體進行文字和圖形化的導出，格式也可以自由選擇。
基本問題
本體論ontology的根本問題是：“存在的最初分類是什麼？”不同流派的哲學家對這個問題有不同的解釋。
這個問題使得在神學、圖書館學和人工智慧的研究方面都需要運用本體論的知識，而且反映到宇宙學、道德和審美觀念上。
存在論歷史
存在論最早可推朔到古希臘的柏拉圖和亞里士多德，亞里士多德曾經定義存在論為“研究物體的存在的科學”。具體地說是研究物體的分類，也就是說：在什麼情況下，一個物體可以被定義為“存在”。比論包括“普遍”的問題和“具體”的問題
觀念，物體，聯繫
關於存在可以提出許多問題：“什麼是存在？”“什麼在存在？”“我是什麼？”等，對於本體論來說，最基本的是找出什麼是物體、什麼是觀念以及它們之間的聯繫。啟蒙時代笛卡兒提出的“我思故我在”開啟了本體論基本問題的先例，但笛卡兒並沒有深入研究，也認為沒有深入研究的必要，他認為“我思故我在”證明了上帝的存在，後來的神學家們也認為：“究竟是誰可以將這句話普遍套用到一切事物中？”當然只有上帝。但到了20世紀，當數理哲學，科學哲學和基本粒子物理學的新發現，將以前許多物質的所謂界限都打破了，人們不再滿足於神學的說法。
實體和環境
在20世紀各個不同時期存在著形上學的主觀主義學派，客觀主義學派，相對論學派等不同流派，後現代主義的實體哲學家們力圖通過在不同環境下的哲學行動來重新定義上述的各個問題，主要依賴於生物學、生態學和認知科學的最新研究成果，了解動物在自然和人工提供的環境中的認知情況。
命題相對於不同環境的變化，使得存在更難定義。如果人們說：“A是B”，“A必定是B”或“A曾經是B”究竟有什麼含義？有的哲學家主張去掉英語中的“是”一詞，改用以免造成容易混淆的抽象含義；另一些哲學家力圖了解辭彙中的深層含義和使用方式；馬丁·海德格爾想區分開“存在”和“物體”的意義。
存在
存在主義者認為“存在”是最基本的概念，好多事物都可以說“是”，動詞“是”有許多種用法，因此是易於混淆的，所以有許多種存在。
簡單的說，本體論就是探討這個世界上存在的一切是不是在背後都有一個抽象的、不依賴於現實世界的基礎。精神的或是物質的，是不是都有自己的抽象的根據。簡單的說，形而下就是指的現實的我們可感的世界，而形而上指的是可感的世界背後的原因，是抽象的，是不可感的，並且是作為可感世界的根據存在的。本體論就是探討形而下的世界的形而上根據的。
