化石時期
褐樹蛇Boiga irregularis 和安樂蜥Anolis carolinensis簡介
現代爬行動物中最為興盛的一個類群。體表滿被角質鱗片，一般無骨板，身體多為長形。前後肢發達或退化。體內受精，雄性有一對由泄殖腔壁向外翻出的囊狀交配器，稱半陰莖。卵生或卵胎生。營水生、陸生、樹棲或地下穴居等多種生活方式。除南極外，分布遍及全球。全世界約有5500種，我國約有290種。
有鱗目是現存爬行動物中種類最多的一類,分布遍及世界各地,形態多樣,其一直被廣泛套用於生態學、生物地理學及探討物種進化的研究.但到目前為止有鱗目內部的系統發生關係一直存在許多爭議.綜述了採用古生物學、形態學、分子生物學等研究方法所提出的有鱗目系統發生關係的多種觀點,以期為該類動物的系統發生研究提供參考資料.
分類
傳統上，有鱗目分為三個亞目：
蜥蜴亞目 Lacertilia
鬣蜥下目 Iguania
壁虎下目 Gekkota
石龍子下目 Scincomorpha
復舌下目 Diploglossa（又譯蛇蜥下目）
厚背下目 Platynota（又譯巨蜥下目）
蛇亞目 Serpentes
真蛇下目 Alethinophidia
盲蛇下目 Scolecophidia
蚓蜥亞目 Amphisbaenia
由於蛇與蚓蜥是從蜥蜴演化而來，蜥蜴被視為是並系群。在較新的分類法中，有鱗目被分為以下亞目，但彼此的演化關係尚未定論：
鬣蜥亞目 Iguania（鬣蜥、變色龍、飛蜥）
硬舌亞目 Scleroglossa
壁虎下目 Gekkota
蛇蜥下目 Anguimorpha（巨蜥、希拉毒蜥、蛇蜥）
石龍子下目 Scincomorpha（石龍子、鞭尾蜥、以及歐洲常見的蜥蜴）
蛇亞目 Serpentes
真蛇下目 Alethinophidia（蝰蛇、蚺、眼鏡蛇）
盲蛇下目 Scolecophidia
蚓蜥亞目 Amphisbaenia
近年有科學家提出另一個名為Toxicofera的演化支。這個理論上的演化支多由有毒物種構成，包含有鱗目的接近60%物種，包含：
蛇亞目 Serpentes
鬣蜥亞目 Iguania
蛇蜥下目 Anguimorpha
毒蜥科 Helodermatidae（希拉毒蜥、墨西哥毒蜥）
婆羅蜥科 Lanthanotidae（鱷蜥、蛇蜥）
巨蜥科 Varanidae（科莫多龍）
