文庫歷史
《新語絲》雜誌每個月才固定出一期，吸引大家每天訪問新語絲網站的，主要是基本上每天更新的電子文庫，新加入的文章稱為“新到資料”，簡稱“新到”。這個文庫創建於1995年6月。當時在ACT上時不時有人張貼自己輸入的中文經典作品，為避免散失和便於查找，我提議建一個公共存檔處。最初的計畫只是收藏最有價值的古典文學作品和魯迅著作，後來才慢慢擴大了收藏範圍。它一開始是一個存檔點，供下載離線閱讀或列印。1996年10月，才建立了新語絲網站，不過主要檔案仍然是純文本，即是存檔時代的殘餘。這個文庫起初是我個人的資料庫，後來雖然叫做“新語絲電子文庫”，但與《新語絲》雜誌不同，仍然是由我一個人管理。事實上，除了1998年9－10月我回國探親期間由杏兒代勞，從建立到現在，電子文庫的每一篇收藏都是經我過目後親手加入的。這樣做的好處，是保證了質量的一致性。壞處當然是由於個人精力有限，無法大批加入新資料，一開始時每次更新只加入一、二篇文章，以後每次加入的篇數逐漸增加，到現在控制在每次十篇左右。
文庫特色
新語絲電子文庫以前以資料齊全出名，曾經發起、組織“魯迅著作電子化工程”、“宋詞電子化工程”、“唐詩電子化工程”。國內後起的電子文庫、電子書屋在其草創時，都是拿新語絲電子文庫的收藏墊底的。新語絲文庫做為最早的中文電子文庫之一，如何處理作品的著作權問題，備受關注。為了避免著作權糾紛，更為了表明我們支持作者維護著作權的誠意，為各中文電子文庫帶個好頭，從1999年1月1日起，只有在獲得作者本人授權後，我們才會新加入當代作家的書籍。據我所知，即使是中文商業網站，也沒有象新語絲這樣注意著作權問題。新語絲電子文庫現在在數量上已無法跟商業的網站相比，改以文章的質量取勝。從1999年5月份新語絲率先在網上批判法 輪 功開始，新語絲“新到資料”大量地刊登網人撰寫的評論文章，其“文庫”色彩越來越淡，演變成了一個發表時評的平台。
收錄規定
自一九九九年一月一日起，根據《中華人民共和國著作權法》和《中華人民共和國著作權法實施條例》的有關規定，
讀者在向新語絲電子文庫送交在中華人民共和國境內發表的作品時，請依據以下的指導：
（一）送交報刊、雜誌、電台、電視台的新聞報導、評論之前，可以不必徵得原著作人的同意，但必須註明出處。
（二）送交已刊登在報刊、雜誌上的作品，除原著作人聲明不得轉載、摘編的外，可以不必徵得原著作人的同意，但必須註明出處和作者名字。新語絲電子文庫將作為文摘、資料收藏。
（三）從當代作家的圖書中摘錄個別片段，視為合理使用，可以不必徵得原著作人的同意，但必須註明出處和作者名字。新語絲電子文庫將作為文摘、資料收藏。
（四）送交當代作家的圖書的全文或大部分，必須事先徵得原著作人的同意，並在開頭加以註明。
（五）對於一九九九年一月一日之前已在新語絲電子文庫收藏或連載的作品，因其著作權情況無法判斷，將給予保留或繼續連載。原著作人若有不同意見，請向新語絲社提出，新語絲社將無條件根據原著作人
的要求給予刪除。
（六）新語絲社為非贏利性機構，新語絲電子文庫的收藏均供免費取閱，未以之牟取利潤；故目前無法根據有關規定向原著作人支付稿酬。 在經濟條件許可時，我們將給原著作人一定的報酬。
方舟子學術打假記錄
| 時間 | 涉及人員 | 事件 | 時間 | 涉及人員 | 事件 |
| 2000年9月 | 楊池明 | 楊池明事件 | 2004年7月 | 薛涌 | 薛涌事件 |
| 2000年8-9月 | 陳曉寧 | 基因皇后事件 | 2004年10月 | 丁祖詒 | 西安翻譯學院美國排名事件 |
| 2000年11月 | 斯德誼 | 北航抄襲事件 | 2005年 | 夏建統 | 夏建統事件 |
| 2001年11月 | 吳征 | 吳征假文憑事件 | 2005年12月 | 潘知常 | 潘知常事件 |
| 2002年1月 | 王銘銘 | 王銘銘剽竊事件 | 2005年12月 | 丘小慶 | 丘小慶事件 |
| 2003年 | 陳進 | 漢芯造假門 | 2006年1月 | 朱蘇力 | 朱蘇力招生事件 |
| 2003年1月 | 顧冠群 | 顧冠群事件 | 2006年3月 | 魏於全 | 魏於全事件 |
| 2003年5月 | 汪丁丁 | 汪丁丁事件 | 2006年8月 | 肖傳國 | 肖傳國事件 |
| 2003年8月 | 董關鵬 | 董關鵬事件 | 2010年7月 | 唐駿 | 唐駿學位門 |
| 2004年3月 | 朱涵 | 朱涵事件 |
