職責調整
（一）取消已由自治區人民政府公布取消的行政審批事項。
（二）取消擬定水利行業經濟調節措施、指導水利行業多 種經營工作的職責。
（三）加強水資源的節約、保護和合理配置，保障城鄉供水安全，促進水資源可持續利用。加強防汛抗旱工作，強化預案體系和應急機制建設，減輕水旱災害損失。
（四）加強水能資源管理。按照國家和自治區水資源戰略規劃，加強水能資源調查評價、開發規劃和配置方面的工作，實現水資源的可持續開發利用，保護河流生態環境。
主要職責
（一）負責保障水資源的合理開發利用。起草相關地方性法規和規章，擬訂水利發展政策，組織編制自治區流域綜合規劃、防洪規劃、地下水開發利用保護規劃、水能規劃等自治區重大水利規劃，並依法監督實施。制定水利工程建設有關制度並組織實施，負責提出水利固定資產投資規模和方向、國家及自治區財政性資金安排的意見，按照規定許可權，審批、核准規劃內和年度計畫規模內固定資產投資項目；提出水利建設投資安排建議並組織實施。
（二）負責生活、生產經營和生態環境用水的統籌兼顧和保障。實施自治區水資源的統一監督管理，擬訂自治區水中長期供求規劃、水量分配方案並監督實施，組織開展水資源調查及水能資源調查評價工作，負責重要流域、區域以及重大調水工程的水資源調度，組織實施取水許可、水資源有償使用制度和水資源論證、防洪論證制度；負責水能資源開發利用、水電建設管理，指導水利行業供水和鄉鎮供水工作。
（三）負責水資源保護工作。組織編制自治區水資源保護規劃；組織擬定重要河流湖泊的水功能區劃並監督實施；指導入河排污口設定工作，核定水域納污能力，提出限制排污總量建議；指導飲用水水源保護工作；指導地下水開發利用和城市規劃區地下水資源管理保護工作；指導水生態保護與修復工作。
（四）負責防治水旱災害，承擔自治區防汛抗旱總指揮部的具體工作。組織、協調、監督、指揮自治區防汛抗旱工作，對重要河流、湖泊及水工程實施防汛抗旱調度和應急水量調度。指導水利突發公共事件的應急管理工作。
（五）負責節約用水工作。擬定節約用水政策，編制節約用水規劃。制訂有關標準定額，組織、指導和監督節約用水工作，組織指導節水型社會建設工作。
（六）負責水文工作，對水文工作實行行業管理。組織實施水文水資源監測、水文站網建設和管理，發布水文水資源信息、情報、預報和自治區水資源公報。
（七）指導水利設施、水域及其岸線的管理與保護，指導河流、湖泊、水庫、河口、灘涂的治理和開發；負責河道管理範圍內工程項目建設的管理，組織實施河道采砂許可制度。
（八）指導水利工程建設與運行管理。組織具有控制性或跨流域、跨區域的重要水利工程的建設與運行管理。組織實施水利工程建設的監督和稽察。指導水利建設市場的監督管理。
（九）負責防治水土流失。擬定水土保持規劃並監督實施，組織水土流失的綜合防治、監測預報並定期公告，負責開發建設項目水土保持方案的審批、監督實施及水土保持設施的驗收工作，組織水土保持設施補償費和水土流失防治費的徵收及監督使用，指導重點水土保持建設項目的實施。
（十）指導農村水利工作。組織協調農田水利基本建設、農村飲水安全、節水灌溉等工程建設與管理工作；組織指導牧區水利工作，指導農村水利社會化服務體系建設；指導農村電氣化和小水電代燃料工作。
（十一）負責重大涉水違法事件的查處，協調、仲裁自治區境內重大水事糾紛。組織指導水政監察和水行政執法。監督指導水利行業安全生產工作，指導水利工程的安全監管。
（十二）開展水利科技、教育和外事工作。組織重大水利、水電、水產、風能等科學研究、技術引進和科技推廣，擬訂水利地方技術標準、規程規範並監督實施；組織開展自治區水利行業質量監督工作；指導水利信息化工作；會同有關部門辦理國際河流有關涉外事務；指導水利行業外資引進工作。
（十三）負責自治區漁業水產工作。
（十四）承擔自治區人民政府交辦的其他事項。
內設機構
（一）辦公室（政策研究室）
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、保密、信訪、外事、提案、政務公開、新聞發布、對外宣傳和督查工作；組織起草機關規章制度，負責機關固定資產的管理；研究擬訂水利工作政策；負責水利信息化工作。
（二）規劃計畫處
擬訂自治區水利戰略規劃。組織編制重點流域綜合規劃及專業規劃；負責組織實施水工程建設規劃同意書制度；組織編制、報批重點水利、水電工程項目的前期規劃；組織審查自治區重要水利建設項目建議書、可行性研究報告，審批項目初步設計報告；提出自治區區級水利建設資金、水利前期費規模、方向以及年度安排建議計畫；承擔水利統計工作。
（三）財務審計處
組織編制自治區級水利部門預算、決算，承擔水利資金管理使用、水利工程管理的審計監督及績效評估工作；承擔機關並指導所屬單位財務、國有資產監管和內部審計工作；提出有關水利價格、收費、信貸的建議；指導水利行業財務會計工作。
（四）水政水資源處（自治區節約用水辦公室）
組織水利地方性法規、規章的調研起草工作；組織指導水政監察和水行政執法工作；承辦部門、地區及兵團之間水事糾紛的協調和仲裁工作；承辦行政訴訟、行政複議和法規宣教工作；負責水利行政許可工作並監督實施；組織實施水資源取水許可、水資源費徵收和水資源論證等制度;組織水資源調查、評價和監測工作;指導水量分配、水功能區劃和水資源調度工作並監督實施;組織編制地下水開發利用保護規劃、水功能區劃、水資源保護規劃並監督實施，核定水域納污能力，提出限制排污總量建議，指導入河排污口設定工作；指導飲用水源保護、城市供水水源規劃、城市污水處理回用等非傳統水資源開發的工作；指導城市水務建設和管理；指導計畫用水和節約用水工作；組織指導節水型社會建設工作；負責水文站網管理；指導鑿井工作；承辦國際河流水資源管理及涉外事務；發布自治區水資源公報。
（五）建設與管理處
組織擬訂水利建設政策、法規、制度並監督實施。指導水利設施、水域及其岸線的管理和保護。指導河湖及河口、灘涂的治理和開發。組織實施河道範圍內工程建設方案審查制度。組織實施河道采砂管理工作。指導水利工程建設與運行管理；指導水利建設項目的主體工程開工審批、蓄水安全鑑定、驗收、後評價等；組織具有控制性或跨流域、跨區域的重要水利工程建設與運行管理；組織實施水利工程建設的監督和稽察；負責水利行業工程質量、造價、監理的管理工作；負責管理水利建設市場，監督指導市場準入。
（六）水土保持處
負責水土流失綜合防治工作，組織編制自治區水土保持規劃並監督實施；指導水土保持重點工程的建設工作；組織水土流失的監測、預報並公告；負責開發建設項目水土保持方案的審批、監督實施及水土保持設施的驗收工作；對有關法律、法規的執行情況依法實施監督；組織水土保持設施補償費和水土流失防治費的徵收及監督使用；負責《水土保持法》的宣傳工作。
（七）農牧水利處
研究提出自治區農牧區水利的方針政策、發展規劃，擬定有關的規範和標準；指導自治區農田水利（含牧區水利）基本建設、鄉鎮供水、農村飲水安全、節水灌溉、排水等工程建設與管理；擬訂大、中、小型灌區及灌排骨幹工程發展規劃和更新計畫；指導自治區農村水利社會化服務體系建設。
（八）科技與國際合作處
負責水利科技工作，組織編制自治區水利科技發展規劃；負責水利科技項目和科技成果的管理工作，組織重大水利科學研究、技術引進與科技推廣工作；指導水利科技創新體系建設，指導水利行業科研機構和水利科技信息工作；擬訂水利行業性地方性技術標準和規程、規範並監督實施；負責水利系統對外交流與合作。
（九）安全監督處
指導水利行業安全生產工作，組織開展水利行業安全生產大檢查，承擔自治區水利廳安全生產領導小組辦公室的日常工作；監督指導水庫、水電站、大壩的安全監管，組織實施水利工程安全監督；指導水利水電工程設施、防洪設施、水庫大壩及重點水利工程的安全監管和保衛工作；組織參與重大水利安全事故的調查處理。指導水利重大安全事故的應急處理。
（十）政治部
擬訂水利系統人才規劃及相關政策，組織指導機關及所屬單位幹部人事制度改革；負責機關和所屬單位幹部隊伍建設和幹部監督工作；負責機關和所屬單位人事、機構編制、勞動工資和黨建等工作；負責水利專業技術職稱評審、廳系統專業技術職務評聘和專家管理工作。
（十一）勞動培訓教育處
組織指導機關和所屬單位社會保障、職工再就業、勞動保護、衛生保健和療養休養工作；負責水利系統職工培訓、繼續教育、工人技能鑑定工作；擬訂水利幹部教育培訓規劃並監督實施；負責水利廳培訓中心工作；編制水利教育發展規劃；指導水利廳直屬院校的工作。
機關黨委（黨建處）負責機關及所屬單位的黨建工作。
監察室（與紀檢組合署辦公）為自治區紀委（監察廳）的派駐機構，負責機關和所屬單位紀律檢查和行政監察工作。
離退休幹部工作處負責機關的離退休幹部工作，指導所屬單位的離退休幹部工作。
人員編制
自治區水利廳機關行政編制為90名。其中：廳級領導職數7名（含紀檢組長），政治部主任1名，總工程師1名、總規劃師1名，處級領導職數36名（含機關黨委專職副書記1名、離退休幹部工作處領導職數3名）。
自治區紀委（監察廳）雙派駐紀檢監察機構行政編制另文下達。
其他事項
（一）水資源保護與水污染防治的職責分工。自治區水利廳對水資源保護負責，自治區環境保護廳對水環境質量和水污染防治負責。兩部門要進一步加強協調與配合，建立部門間協商機制，定期通報水資源保護與水污染防治有關情況，協商解決有關重大問題。自治區環境保護廳發布水環境信息，對信息的準確性、及時性負責。自治區水利廳發布水文水資源信息中涉及水環境質量的內容，應與自治區環境保護廳協商一致。
（二）河道采砂管理的職責分工。自治區水利廳對河道采砂影響防洪安全、河勢穩定、堤防安全負責，自治區國土資源廳對保障河道內砂石資源合理開發利用負責。由自治區水利廳牽頭，會同自治區國土資源廳等部門，負責河道采砂監督管理工作，統一編制河道采砂規劃和計畫。
（三）加強對自治區塔里木河流域管理局、額爾齊斯河流域開發工程建設管理局、伊犁河流域開發工程建設管理局工作的領導，明確監管職責，實現流域水資源的可持續利用。自治區塔里木河流域管理局為自治區水利廳派出的流域管理機構，接受自治區水利廳領導，是塔里木河流域水利委員會的辦事機構。在所管轄的範圍內依法行使水行政管理職責。自治區額爾齊斯河流域開發工程建設管理局、伊犁河流域開發工程建設管理局接受自治區水利廳領導，具體負責額爾齊斯河流域和伊犁河流域工程的開發建設管理工作。
歷史沿革
新疆地處亞洲內陸腹地，屬乾旱半乾旱地區，遠離水汽源，氣候乾燥，降雨稀少，蒸發強烈，乾旱是新疆自然地理的基本特徵，是典型的灌溉農業。新疆水利灌溉有悠久的歷史，歷來的統治者都也重視水利工作。不注重興修水利，則國計民生無以為繼，只是各個時期的生產力水平、管理水平、生產關係的不同，或隨著政局的戰亂與穩定不同，水利機構的建立與完善程度和水利的治理水平不同而已。本沿革因時間久遠、有些資料缺少文字記載只好“闕如”了。
1759年，滿清政府在伊犁設新疆總統將軍，由清朝軍事長官：既統轄軍隊又統轄軍墾，也管水利，地方實行伯克，管水利的伯克叫密剌布伯克。
1884年，新疆共設四道六府八個直隸廳，二個分防廳，水利工作附在農事之內。
1915年2月，民國初年，新疆都督楊增新，在新疆成立了第一個專業水利委員會。1916年7月6日，新疆督軍署下設政務廳，政務廳下設實業科，實業科內有管水利的。1917年9月8日，新疆設實業廳，實業廳主管新疆的農林工礦墾牧水利。
盛世才時期，新疆的水利由農礦廳管理。以後（ 1933年），水利工作又由建設廳管理。1940年，新疆建設廳下設水利科。李萬義、郭彥俠、孫家祿先後任該科科長。
1944年6月7日，國民黨重慶中央行政院水利委員會薛篤弼委員長派遣一個水利勘測總隊到新疆工作。王鶴亭時任總隊副總隊長代理總隊長兼總工程師。
1946年6月，張治中主持新疆國民黨省政府並與三區革命地區和談成功，重新組成聯合政府，水利科仍下屬省建設廳。
1946年6月6日（相傳為大禹誕辰的節日），新疆省政府決定建設廳的墾殖科、水利科人員與新疆水利勘測總隊部分人員合併正式成立新疆省政府水利局。局長兼總工程師王鶴亭；副局長孫家祿、馬吉提·阿克毛拉也夫、顧問顧乾貞、塗治、副總工程師劉鍾瓚、張家瑤。一直到1949年新疆和平解放。
解放前，新疆省水利局直屬水利機構有：第一、二、三、四工程處，第一、二、三測量隊，第一、二、三、四工程隊，第一、二、三、四工務所，新疆水文總站，迪化水文站，焉耆水文站，天池水文站，天池水庫管理所，紅雁池水庫管理所、迪化代水泥製造廠。
1944年以後各縣成立水利委員會的有：河南縣（查布察爾）、鞏哈縣（尼勒克）、呼圖壁縣、綏來縣（瑪納斯）、綏定縣、精河縣、塔城縣，迪化縣（烏魯木齊）、裕民縣、沙灣縣、霍城縣、和闐區、焉耆區、吐魯番縣、伊寧縣、博樂縣、鞏留縣、拜城縣、阿瓦提縣、布爾津縣、烏蘇縣、疏附縣、阿克蘇縣、葉城縣，伽師縣、巴楚縣、烏什縣、溫宿縣、英吉沙縣、額敏縣、鎮西縣（巴里坤）、乾德縣（米泉）、昌吉縣、溫泉縣、昭蘇縣等36個縣。
1946年，建有三區革命政府水利局。
1949年12月21日，新疆和平解放後，新疆省政府第二次委員會上決定將原國民黨新疆省水利局和國民黨中央水利委員會派來新疆工作的水利勘測總隊合併，成立新疆省水利廳。對原水利局人員全部留用，其工作機構暫時保留。爾後，開始對水利廳機構和下屬單位進行整頓和改編。
1950年1月5日新疆省人民政府正式以秘字第[0051]號代電批准成立新疆省水利廳並任命廳長、副廳長（政務院政人字[18]號令：1949年11月30日政務院13次會議批准任命。）廳長阿里木江、副廳長王鶴亭。
1950年6月6日新疆省人民政府通令：“從6月1日起水利廳名義取消、改為水利局、歸農林廳領導”。改為水利局後，機關工作機構和下屬單位進一步縮編。
1952年4月1日，水利局撤消。機關工作人員大部分調離，小部分人員歸農林廳，成立水利科。時過一年即1953年4月，又成立水利局，恢復和重建了部分科室和下屬單位。
1956年9月，省水利局改為自治區水利廳。相繼成立了水利水電勘測設計院，水文總站等機構和單位，使水利廳機構更趨完善。廳長陳實、副廳長王鶴亭、馬吉提·阿合毛拉也夫、哈吾力·吐遜、李浴、張羽。
這一時期，特別是進入“一五”後，隨著水利事業的發展，廳屬及專州水利機構也相應得到很大的發展。至 1960年底，全疆各專州成立了水利局，各縣（市）都成立了水利科，全疆成立大河流域管理機構15處，灌溉管理處（站）160處，各專州水利部門都擁有大小不等的專業施工隊伍，共有水利職工9000人。
1959年至1962年，國家經歷了三年自然災害的磨難，提出“調整、鞏固、充實、提高”的八字方針，開始了大規模精簡機構的工作。水利廳遵照黨中央提出 的“八字方針”，精簡、合併、撤消了部分機構和單位，裁撤了部分職工，自辦農場、充實基層，減少國家負擔，同時加強了為農業服務的力度。
水利廳機關也作了較大的調整、行政事務、政治、人事管理、採取水利廳辦公室和勘測設計院本部合署辦公的形式，廳辦和設計院辦公室合併，人事和組織合併。
1962年，自治區水產局併入水利廳、成立水利廳水產處。
1966年5月16日，“文革”開始，9月，水利廳各級黨政機構癱瘓。
1968年9月，自治區革委會成立。隨後，水利廳成立了以軍代表為主體的革命領導小組。
1969年底，自治區革委會成立農業局，主管農、林、水、牧等系統的工作。
1970年，自治區革委會成立水林局、把水利和林業從農業局中分離出來，同年又合併回農業局。
1971年6月15日，自治區革委會批准成立水利電力局，從農業局分離出來並成立水利電力局革命領導小組。組長分別是：楊玉山（軍代表），褚南聲、陳實；副組長分別是：李浴、張羽、哈吾力·吐遜（維）、李庚友、克尤木·巴斯提（維）、範金龍；顧問：王鶴亭。
1974年8月，自治區水利電力局核心領導小組改為黨的核心小組。
1976年10月“文革”結束，1978年7月自治區革委會水利電力局革命領導小組組長、副組長改稱局長、副局長。局長：陳實；副局長：李庚友、哈吾力·吐遜、李浴、範金龍、克尤木·巴斯提、王鶴亭。
1979年2月，自治區水電局改為自治區水利局。局長：哈吾力·吐遜、副局長：李庚友、範金龍、李錫齡、陳鴻彥、王鶴亭。
1981年1月1日，水利局改名為自治區水利廳。
1981年5月，自治區調任維吾爾·米努甫為水利廳廳長；1983年7月，調任範金龍為新疆駐京辦事處主任；1984年10月，調任昌吉州副州長張立德為水利廳副廳長；1984年10月，區黨委免去陳鴻彥副廳長職務；1983年5月，副廳長兼總工程師李錫齡改任總工程師；副廳長阿扎買提·阿合買托夫改任顧問；1985年5月，區黨委調任總工辦主任唐其釗為副廳長；1986年7月，免去李庚友副廳長職務（退二線）；1987年7月，區黨委調任科教處處長伊馬木·日木土拉為副廳長。
黨的十一屆三中全會以後，水利廳加強了幹部的“革命化，年輕化，知識化，專業化”建設，提高了幹部的素質。 1981年以後，水利廳的組織系統更加完善，工作機構由過去的15個增加到1987年10月的24個。工作機構系統化、規範化、處理日常事務更為及時，更加適應四化建設的要求。
單位榮譽
2017年11月，被獲評第五屆全國文明單位。
現任領導
廳長：李更生
