機構沿革
鐵道部鐵道部是中華人民共和國政府成立最早的部門之一，1949年10月1日，根據1949年9月27日中國人民政治協商會議第一屆全體會議通過的《中華人民共和國中央人民政府組織法》第十八條的規定，設定中央人民政府鐵道部。
1954年9月，第一屆全國人民代表大會第一次會議在北京召開，會議通過了《中華人民共和國憲法》和《中華人民共和國國務院組織法》，成立中華人民共和國國務院。根據國務院《關於設立、調整中央和地方國家機關及有關事項的通知》，中央人民政府鐵道部即告結束。國務院按照《國務院組織法》的規定，將原中央人民政府鐵道部改為中華人民共和國鐵道部，接替相關工作，成為國務院組成部門。
歷史上除1970年至1975年間與原中華人民共和國交通部、中華人民共和國郵電部合併成立新的交通部之外，一直延續至今。
歷任鐵道部長最後晉升為黨和國家領導人的有：萬里、呂正操、段君毅、丁關根、韓杼濱等人。
主要職責
根據第十一屆全國人民代表大會第一次會議審議批准的國務院機構改革方案和《國務院關於機構設定的通知》（國發〔2008〕11號），設立鐵道部，為國務院組成部門。
主要職責是 ：
（一）組織擬訂鐵路行業發展戰略、政策，擬訂鐵路發展規劃，編制國家鐵路年度計畫，參與綜合運輸體系規劃編制工作。研究提出鐵路體制改革方案及有關配套政策建議。
（二）組織起草鐵路行業法律法規草案，制定部門規章並監督實施。依法承擔有關行政許可和執法監督工作。
（三）承擔鐵路安全生產和運輸服務質量監督管理責任。統一管理鐵路運輸組織和集中調度指揮工作，制定鐵路運輸服務質量行業標準並監督實施，規範鐵路運輸市場，協調、指導合資鐵路、地方鐵路工作。
（四）依法監督管理鐵路國有資產，管理國家鐵路企業經營業績考核工作。
（五）負責國家鐵路財務工作。按規定管理鐵路建設基金、國家鐵路資金。依法承擔鐵路運價管理有關工作。
（六）承擔鐵路建設工程質量監督管理責任。按規定製定鐵路工程建設有關制度並組織實施，組織管理大中型鐵路項目建設有關工作，維護鐵路建設行業平等競爭秩序。
（七）研究提出國家鐵路固定資產投資規模和方向、國家財政性資金安排的意見，按國務院規定許可權，審批、核准國家規劃內和年度計畫規模內固定資產投資項目。
（八）擬訂鐵路行業技術政策、標準和管理規程，組織重大新技術、新產品的研究和套用推廣，組織科技合作交流、技術引進和消化吸收工作。依法負責鐵路技術監督、環境保護和節能減排工作。
（九）負責鐵路專運、特運和治安保衛工作。
（十）負責鐵路行業統計、信息、應急和國防動員有關工作。
（十一）負責國家鐵路衛生防疫管理工作，依法實施鐵路衛生監督。
（十二）負責鐵路外事、國際經濟交流合作和國際聯運工作，管理鐵路涉及港澳台有關工作。
（十三）承辦國務院交辦的其他事項。
組織機構
內設機構
1.辦公廳。綜合協調部機關工作；組織起草重要檔案、報告；負責文秘、信息、保密、信訪、值班、新聞發布、機關行政事務管理工作；歸口管理檔案工作。
2.政策法規司。組織擬定鐵路綜合性的經濟政策和鐵路行業法規；研究並組織指導鐵路經濟體制改革工作；依法辦理行政複議工作。
3.發展計畫司。編制鐵路中長期發展規劃和年度建設計畫；辦理大中型建設項目審定的有關工作；組織編制合資鐵路、地方鐵路建設計畫的有關工作；管理國家鐵路戰備、節能、環保工作；歸口管理利用外資工作。
4.財務司。組織財會監督，維護國家投入鐵路資本的權益；擬定國家鐵路運輸收入清算規章；負責鐵路建設基金、資金和鐵路價格的管理工作；管理國家鐵路事業經費。
5.科學技術司。編制鐵路科技發展規劃和計畫，擬定技術政策、標準和管理規章；負責鐵路技術監督工作；組織重大科技項目攻關、科技合作交流、技術引進工作。
6.人事司。管理部屬單位領導幹部和部機關國家公務員；負責國家鐵路人事工作；向合資鐵路推薦代表國家鐵路的經營者人選。
7.勞動和衛生司。負責國家鐵路勞動工資巨觀調控，編制工資總額計畫；綜合管理勞動工資、機構編制、中等技術及職工教育和衛生防疫工作；指導國家鐵路的再就業工作。
8.建設管理司。擬定鐵路工程建設的標準、規範、規章；管理鐵路工程建設項目設計鑑定；管理鐵路建設、設計、施工和監理單位的資質審查；協調、監督大中型鐵路項目建設並組織竣工驗收。
9.國際合作司。負責鐵路外事工作；管理國家鐵路對外經濟合作交流工作。
10.安全監察司。擬定鐵路行車安全法規、制度並進行監督檢查；管理勞動安全、鍋爐壓力容器安全和勞動保護工作；參與和組織重大事故的調查處理。
11.運輸局。擬定鐵路運輸政策、法規和規章；培育和規範鐵路運輸市場；統一管理全國鐵路運輸調度指揮工作；負責國家鐵路運輸的巨觀管理。
12.公安局。管理鐵路治安保衛工作；組織管理專運、特運的安全警衛；指導鐵路治安綜合治理和消防工作。由鐵道部、公安部雙重領導，業務工作以公安部為主。
鐵路局（鐵路公司）
高鐵現在鐵道部直屬的鐵路局和鐵路公司共有18個，以下按中國鐵路系統的傳統排序：
哈爾濱鐵路局
瀋陽鐵路局
北京鐵路局
太原鐵路局
呼和浩特鐵路局
鄭州鐵路局
武漢鐵路局
西安鐵路局
濟南鐵路局
上海鐵路局
南昌鐵路局
廣州鐵路（集團）公司
南寧鐵路局
成都鐵路局
昆明鐵路局
蘭州鐵路局
烏魯木齊鐵路局
青藏鐵路公司
基層組織
鐵路車站
車務段：負責鐵路列車運營，是各車站的領導機構。
機務段：主要負責鐵路機車的運用、維護和保養等。
工務段：負責線路設備（包括路基、軌枕、軌道、道岔及其附屬設備）的維護。
電務段：負責鐵路信號、鐵路通信、道岔設定、調試、套用、工作等。
車輛段：主要負責所屬鐵路局配屬的鐵路車輛的管理，小規模檢修，整備等。
動車段：負責大規模、大範圍、各個等級（一級至五級）的動車組檢修工作，主要作為客運專線的動車檢修基地，
客運段：主要負責旅客列車工作人員的管理工作。
供電段：主要負責電氣化鐵路的牽引供電、鐵路運輸信號供電、鐵路地區的電力供應、電力設備的檢修與保養等工作。
通信段
其他直屬企業
中鐵快運股份有限責任公司
中鐵貨櫃運輸有限責任公司
中鐵特貨運輸有限責任公司
中國鐵道科學研究院
中國鐵路建設投資公司
鐵道第三勘察設計院集團有限公司
部屬事業單位
鐵道部統計中心
鐵道部黨校
鐵道部資金金清算中心
鐵道部經濟規劃研究院
鐵道部審計中心
鐵道部工程設計鑑定中心
鐵道部工程質量安全監督總站
中國鐵道出版社
鐵道部工程管理中心
人民鐵道報社
鐵道部信息技術中心
鐵道影視音像中心
鐵道部多種經營發展中心
鐵道部機關服務中心
鐵道部利用外資和引進技術中心
中國鐵道博物館
鐵道部人才服務中心
中國鐵路文工團
鐵道部檔案史志中心
鐵道戰備舟橋處
鐵道部專運處
中國火車頭體育工作隊
負債問題
2010年8月1日，民生銀行發布的《2010年中國交通運輸業發展報告》（下稱《報告》）顯示：由於債務融資比例越來越大，2009年鐵道部門支付的利息已經達到400億元以上，預計未來有可能超過1000億元，這使得鐵路的盈利能力變得脆弱 。《報告》顯示：鐵路建設資金來源中，債務融資的比例，已經由2005年的48.83%，上升為2009年的超過70%。快速增長的債務融資規模，使得鐵道部的資產負債率逐年上升，2009年的負債合計預計超過1萬億元，資產負債率為55%以上，預計2012年有可能超過70%。
截至2012年三季度，鐵道部負債26607億元，資產負債率達61.81% 。而同一時期鐵道部稅後虧損85.41億元。這是未來鐵路改革推進面臨的棘手難題。
併入交通部
2008年3月，第十一屆全國人民代表大會第一次會議上，決定成立新的交通運輸部。有建議，將鐵道部歸入新設的部門，以減少機構的重疊設定。但是，鐵道部副部長陸東福解釋說，“鐵路對中國有著包括國土開發、國防建設、維護國家民族統一的作用；而保留鐵道部，則是從國家戰略的需要考慮的”。
將鐵道部擬定鐵路發展規劃和政策的行政職責劃入交通運輸部；組建國家鐵路局，不再保留鐵道部。2013年2月，鐵道部內部人士透露，鐵道部併入交通部一事已基本敲定 。按照往年的機構改革步驟，如果鐵道部併入交通部的方案提交2013年全國兩會，並在全國人大會議上獲得通過，則隨後將進入具體細化操作，涉及到的相關部委將著手“定職能、定編制、定崗位”的“三定”工作，然後根據這一計畫指標實行職能部門的撤併、人員的分流調動。全部工作完成將花費少則一兩年，多則四五年。
2013年3月，根據10日披露的國務院機構改革和職能轉變方案，中國將實行鐵路政企分開，國務院將組建國家鐵路局和中國鐵路總公司。國家鐵路局，由交通運輸部管理，承擔鐵道部的其他行政職責；中國鐵路總公司，承擔鐵道部的企業職責；不再保留鐵道部。
歷任部長
| 姓名 | 籍貫 | 在任時間 | 最高職務 |
| 滕代遠 | 湖南麻陽 | 1949年－1965年 | 全國政協副主席 |
| 呂正操 | 遼寧海城 | 1965年－1970年 | 全國政協副主席、中顧委委員 |
| 萬里 | 山東東平 | 1975年－1976年 | 中共中央政治局委員、全國人大常委會委員長 |
| 段君毅 | 山東范縣 | 1976年－1978年 | 中央顧問委員會常委 |
| 郭維城 | 遼寧義縣 | 1978年－1981年 | |
| 劉建章 | 河北景縣 | 1981年－1982年 | 中央紀律檢查委員會常委 |
| 陳璞如 | 山東博興 | 1982年－1985年 | 中顧委委員 |
| 丁關根 | 江蘇無錫 | 1985年－1988年 | 中共中央政治局委員、中央書記處書記、中宣部部長 |
| 李森茂 | 天津寧河 | 1988年－1993年 | 全國人大常委會委員、全國人大法律委員會委員 |
| 韓杼濱 | 黑龍江哈爾濱 | 1993年－1998年 | 最高人民檢察院檢察長、中紀委副書記 |
| 傅志寰 | 遼寧海城 | 1998年－2003年 | 全國人大財政經濟委員會主任委員 |
| 劉志軍 | 湖北鄂州 | 2003年－2011年 | |
| 盛光祖 | 江蘇江寧 | 2011年－至2013年3月 |
