職責調整
（一）將原自治區環境保護局的職責劃入自治區環保廳。
（二）增加水污染排放許可證審批和發放職責。
（三）取消已由自治區人民政府公布取消的行政審批事項。
（四）將環境標誌認證職責交給自治區環保廳有關事業單位。
（五）加強環境政策、規劃和重大問題的統籌協調職責。加強環境治理和對生態保護的指導、協調、監督的職責。加強落實國家減排目標、環境監管的職責。
主要職責
（一）落實國家環境保護基本制度。貫徹執行國家環境保護政策、規劃，擬訂並組織實施自治區環境保護政策、規劃，起草法規、條例草案；組織制定自治區環境標準和技術規範；組織編制環境功能區劃；組織擬訂重要飲用水水源地、重點區域、流域、地下水污染防治規劃並監督實施。
（二）負責重大環境問題的統籌協調和監督管理。組織協調重大環境污染事故和生態破壞事件的調查處理，指導協調重大突發環境事件的應急、預警工作；協調解決有關跨區域環境污染糾紛，統籌協調自治區流域、區域污染防治工作。
（三）承擔落實國家和自治區減排目標的責任。執行國家主要污染物排放總量控制和排污許可證制度，按照國家減排目標制定自治區總量控制計畫並組織實施，督查、督辦、核查各地污染物減排任務完成情況；實施環境保護目標責任制、總量減排考核並公布考核結果。
（四）負責提出自治區環境保護領域固定資產投資規模和方向、國家和自治區財政性資金安排的意見；參與指導和推動循環經濟和環保產業發展。
（五）承擔從源頭上預防、控制環境污染和環境破壞的責任。受自治區委託對重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計畫進行環境影響評價；對自治區涉及環境保護的法規、條例草案提出有關環境保護方面的意見；按照國家和自治區規定審批項目環境影響評價檔案。
（六）負責環境污染防治的監督管理。研究擬訂水體、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車等的污染防治管理細則並組織實施；負責水污染排放許可證審批和發放工作；會同有關部門監督管理飲用水水源地環境保護工作；組織指導城鎮和農村的環境綜合整治工作。
（七）指導、協調、監督生態保護工作。擬訂生態保護規劃，組織評估生態環境質量狀況，監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作；向自治區人民政府提出新建自治區級自然保護區審批建議；指導、協調、監督各種類型的自然保護區、風景名勝區、森林公園環境保護工作；協調和監督野生動植物保護、濕地環境保護、荒漠化防治工作；協調指導農村環境保護；監督生物技術環境安全；組織協調生物多樣性保護。
（八）負責核安全和輻射安全的監督管理。參與核事故應急處理，組織實施輻射環境事故應急處理工作；監督管理核設施安全、放射源安全；監督管理核設施、核技術套用、電磁輻射、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治。
（九）負責環境監測和信息發布。制定環境監測制度和規範，組織實施環境質量監測和污染源監督性監測；組織對環境質量狀況進行調查評估、預測預警；組織建設和管理自治區環境監測網和環境信息網；建立和實行環境質量公告制度，負責發布自治區環境綜合性報告和重大環境信息。
（十）開展環境保護科技工作。組織環境保護科學研究和技術示範；開展環境保護國際合作交流。
（十一）組織、指導和協調環境保護宣傳教育工作。制定並組織實施環境保護宣傳教育規劃，開展生態文明建設和環境友好型社會建設的有關宣傳教育工作，推動社會公眾和社會組織參與環境保護。
（十二）承辦自治區人民政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，自治區環保廳設11個內設機構：
（一）辦公室負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開、機關財務等工作。
（二）政策法規處組織擬訂自治區環境保護條例、規章，並監督實施；承擔機關有關規範性檔案的合法性審核工作；承擔機關行政複議、行政應訴等工作。
（三）規劃財務處組織編制自治區環境保護功能區劃、環境保護規劃；協調、審核環境保護專項規劃；組織實施政府環境保護目標責任制；負責管理環保專項資金和項目；承擔直屬單位財務、國有資產管理、內部審計等工作。
（四）科技標準處（宣傳教育處）承擔環境保護科技工作；組織擬訂環境保護科技規劃與計畫；管理環境保護科研項目和成果；組織環境保護技術研發、集成示範與推廣；組織擬訂自治區環境保護標準和技術規範；參與指導和推動循環經濟和環保產業發展工作；擬訂並組織實施環境保護宣傳教育規劃與計畫；負責發布自治區環境綜合性報告和重大環境信息；組織開展生態文明建設和環境友好型社會建設的宣傳教育工作；組織協調環境保護國際合作交流。
（五）污染物排放總量控制處負責水污染排放許可證審批和發放工作；按照國家總量減排目標提出自治區總量控制計畫並組織實施；督查考核各地總量控制計畫完成情況；負責環境統計和污染源普查工作。
（六）環境影響評價處承擔規劃環境影響評價、政策環境影響評價、項目環境影響評價綜合管理工作；協助管理環境影響評價機構資質和相關職業資格；提出區域限批、流域限批和行業限批的建議並組織實施。
（七）監測監察處組織制定自治區環境監測制度和規範；組織開展和指導環境監測工作；調查評估自治區環境質量狀況並進行預測預警；組織編制自治區環境狀況公報；組織擬訂自治區環境監察制度並組織實施；組織實施排污收費、限期治理等管理制度；組織協調重大環境污染事故和生態破壞事件的調查處理；負責環境保護行政處罰工作；組織開展建設項目環境保護“三同時”監督檢查工作；組織擬訂突發環境事件應急預案；指導協調重大突發環境事件的應急、預警工作。
（八）污染防治處擬訂和組織實施水體、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車的污染防治規劃、標準和規範；組織實施排污申報登記制度；組織實施城市環境綜合整治定量考核工作。
（九）自然生態保護處指導、協調並監督生態保護工作；組織編制生態保護規劃；向自治區人民政府提出新建自治區級自然保護區審批建議；組織開展生物多樣性保護、生物遺傳資源、農村生態環境保護工作；開展自治區生態狀況評估；指導生態示範創建與生態農業建設；參與生物安全管理工作。
（十）核與輻射管理處負責核安全、輻射安全、放射性廢物管理工作；參與核事故應急處理，負責組織輻射環境事故的應急處理工作；對核設施安全、放射源安全和電磁輻射、核技術套用、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治實行監督管理。
（十一）組織人事處承擔機關和直屬單位的組織人事、勞動工資、職稱、外事和機構編制工作；承辦地州市環保部門領導幹部協管工作；承擔環境保護行政體制改革和幹部培訓等工作。
機關黨委 負責機關及直屬單位的黨群工作。
監察室（與紀檢組合署辦公） 為自治區紀委（監察廳）的派駐機構，負責機關和直屬單位紀律檢查和行政監察工作。
離退休幹部工作處 負責機關的離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。
人員編制
自治區環保廳機關行政編制為70名。其中：廳級領導職數6名（含紀檢組長)，總工程師1名，核安全總工程師1名，處級領導職數30名（含機關黨委專職副書記1名、離退休幹部工作處領導職數1名）。
自治區紀委（監察廳）雙派駐紀檢監察機構行政編制另文下達。
其他事項
水污染防治與水資源保護的職責分工。自治區環保廳對水環境質量和水污染防治負責，自治區水利廳對水資源保護負責。兩部門要進一步加強協調與配合，建立部門間協商機制，定期通報水污染防治與水資源保護有關情況，協商解決有關重大問題。環境保護廳發布水環境信息，對信息的準確性、及時性負責。水利廳發布水文水資源信息中涉及水環境質量的內容，應與環境保護廳協商一致。
附則
本規定由新疆維吾爾自治區機構編制委員會辦公室負責解釋，其調整由新疆維吾爾自治區機構編制委員會辦公室按規定程式辦理。
