廈門清真寺始建於清道光年間。
同治年間(1862~1874),廈門防軍馬司馬(邊防司令)倡捐拓建寺的前棟。1924年唐柯三任廈門海關監督,再次發動穆斯林重修寺院並立碑記。寺坐西朝東,平面呈狹長方形,分為3進,入門是天井庭院,二門內為大廳和廂房,三門內是禮拜殿,殿頂為懸山式建築。
1982年,廈門市人民政府資助重建,該寺現為廈門特區中外穆斯林宗教活動中心。寺內保存一副清代阿拉伯文木刻對聯和一塊木牌,木牌上記載了1904年常子美調查廈門各處穆斯林墓地的情況,其中收錄的墓地有54處,計279穴,涉及17個姓氏。1988年,廈門清真寺翻建前樓時從地下掘出3方雕刻著阿拉伯文、波斯文的漢文的墓碑,它們分別屬於武顯將軍保琨山(1854)、廣東海陽縣正堂楊石松(1867)和武德將軍安徽壽州人楊致盛(1899)。
現清真寺為九十年代因舊城改造就地重建,2003年完工。
寺內文物:《廈門清真寺碑記》、《重修清真寺碑記》等兩塊石刻。