設立
東漢獻帝初平六年(195)，益州牧劉璋分巴郡置固陵郡，郡治魚復縣(今奉節)，建安六年(201)更名巴東郡。北魏《水經注》：“江水又徑魚復縣之故(固)陵，舊郡治故陵溪西二里故陵村”；“楚都丹陽所葬，亦猶枳之巴陵矣，故以故陵為名也，有魚復尉戍此”。劉宋《荊州記》：“魚復縣有固陵村，地多木瓜樹，其子大者如丸”。清末《水經註疏》：“郡謂故陵郡也。此地近楚陵，溪及村皆以故陵名。至後漢興平時，因以魚復為故陵郡。據酈(道元)說則郡本治此，及改郡為巴東(郡)，則治白帝(城)，故以此為舊郡也。溪、村皆在今奉節縣西。”
蜀漢
東漢末年劉備入蜀，荊州軍情加急，建安二十年(215)，改巴東郡(今奉節)為軍鎮江關都尉以備戰。東漢“省諸郡都尉，並職太守”，唯邊郡仍置都尉或屬國都尉，“秩比二千石”與郡同級，“有分縣，治民比郡”。建安二十一年(216)，吳蜀暫時分治荊州後，以“魚復、朐忍、漢豐、羊渠、巫、北井”六縣還置固陵郡(今奉節)。徐慮、蹇機上言請復巴名，於是章武元年(221)，再次更名巴東郡(今奉節)。《華陽國志》：巴東郡(今奉節)、巴西郡(今閬中)、巴郡(今重慶)合稱“三巴”。
《三國志》載，章武元年(221)四月劉備稱帝成都，七月即移駐巴東郡(今奉節)伐吳。章武二年(222)正月克秭歸，二月兵臨夷陵，六月敗於東吳軍。劉備“由步道還魚復，改魚復縣曰永安”，在白帝城置帝王“永安宮”。從此，這位蜀漢皇帝就一直住在巴東郡(今奉節)白帝城。章武三年(223)二月，丞相諸葛亮自成都移白帝城，輔助劉備軍務；三月，劉備突然病篤，託孤於丞相諸葛亮，尚書令李嚴為副；四月癸巳殂於永安宮，時年六十三。劉備自正式登基到駕崩，在成都一共只做了3個月的皇帝！其餘時間一直在白帝城永安宮，巴東郡(今奉節)是當時蜀國事實上的最高政治軍事中心。劉後主時，巴東郡(今奉節)置永安都督，鎮守白帝城，終蜀漢一世。
晉朝
晉初，永安還名魚復，仍置巴東郡(今奉節)，領縣七。晉武帝鹹寧五年(279)末，益州(今成都)龍驤將軍王浚、巴東郡(今奉節)廣武將軍唐彬合建西晉水師，順長江“下巴蜀”滅東吳，完成三國歸晉。太康初，巫、北井二縣歸隸建平(郡)，羊渠省入南浦，巴東郡(今奉節)轄“魚復、朐忍、漢豐、南浦”四縣。晉之巴東郡(今奉節)“以鹽立國”，繁盛一時，人口戶數約為同時期巴郡(今重慶)兩倍，每平方公里人口密度更超巴郡(今重慶)四倍以上！
南北朝
南朝劉宋，巴東郡(今奉節)封巴東國(今奉節)，轄“魚復、朐忍、漢豐、南浦、新浦、巴渠、黽陽”七縣。宋明帝泰始五年(469)，巴東郡(今奉節)白帝城置三巴校尉，兼巴東(郡)太守，轄“巴東郡、巴西郡、巴郡、梓潼郡、建平郡”五郡。齊高帝建元二年(480)，三巴校尉府改巴州(今奉節)，轄“巴東郡、巴郡、建平郡、涪陵郡”四郡。蕭梁普通五年(523)，又改為信州(今奉節)，北周始置信州(今奉節)總管府，轄七州。大象二年(580)，原益州(今成都)總管府轄區的“新州(今三台)、遂州(今遂寧)、普州(今安岳)、合州(今合川)、瀘州(今瀘州)、戎州(今宜賓)”，劃歸信州(今奉節)總管府，致信州(今奉節)總管府轄區擴大到十三州。
隋朝
開皇元年(581)，信州(今奉節)領四郡共六縣“人復、雲安、巫、大昌、長寧、樂鄉”。開皇三年(583)，天下廢郡存州，信州(今奉節)領“人復、雲安、巫、大昌、長寧、樂鄉、安鄉、梁山、武寧”九縣。同年，信州(今奉節)改屬縣“巫”名“巫山”，巫山“縣名”始於此！改屬縣“長寧”名“秭歸”，秭歸“縣名”恢復漢制舊名始於此！《隋書》載：開皇五年(585)十月，元帥楊素任信州(今奉節)總管府總管時，經略長江上游，號令全蜀兵馬，管轄包括成都在內的當時整個四川地區。開皇十八年(598)，信州(今奉節)改轄區西部屬縣“安鄉”名“南浦(今萬州)”；又改轄區東部屬縣“樂鄉”置“巴東縣”，巴東“縣名”始於此！大業三年(607)，復又廢州改郡，信州(今奉節)恢復漢制舊名巴東郡(今奉節)，領“人復、雲安、巫山、大昌、秭歸、巴東、南浦、梁山、武寧、新浦、盛山、臨江、務川、扶陽”十四縣，為當時四川地區第一大郡。
唐朝
武德元年(618)，天下廢郡改州，巴東郡(今奉節)再改信州(今奉節)。武德二年(619)，信州(今奉節)更名夔州(今奉節)，仍置夔州總管府；同年，割屬縣秭歸、巴東二縣置歸州(今秭歸)來屬夔州(今奉節)總管府，為秭歸“州制”之始。武德四年(621)，夔州(今奉節)總管李孝恭平蕭銑，復置硤州(今宜昌)來屬夔州(今奉節)總管府。至此，長江三峽地區以夔州(今奉節)為主，硤州(今宜昌)位次、歸州(今秭歸)再次的三大軍政中心格局遂成型，並一直延續後世宋、元、明、清各季。貞觀十四年(640)，夔州(今奉節)總管府改都督府，轄今重慶直轄市、湖北宜昌及恩施地區、貴州北部、湖南西部等共十九州。天寶元年(742)天下廢州改郡，夔州(今奉節)更名雲安郡，硤州(今宜昌)還名夷陵郡，而歸州(今秭歸)則改用夔州(今奉節)舊名巴東郡。從此，巴東“郡名”從奉節遷至秭歸。乾元元年(758)，天下廢郡改州，於是雲安郡復置夔州(今奉節)，夷陵郡復置硤州(今宜昌)，巴東郡復置歸州(今秭歸)。從此，巴東郡不復存矣。
