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崇謙堂為巴色差會（Basel Evangelical Missionary Society）於1926年創建。1924年教會領袖凌善元牧師、彭樂三先生、張和彬先生、林柏如先生及陳桂材先生等見到每主日崇拜教友人數眾多，倡議建造新堂以容納更多聚會人數，於1926年冬季購入崇謙堂村前面正中土地約2500平方尺，隨即動工興建，到1927年4月18日復活節期間完成，並舉行獻堂開幕，由巴色差會駐港之紀振綱牧師主持啟吁儀式。後因信徒增多，凌善元牧師長子凌道場先生四出奔走，及得香港聖公會何明華會督協助，獲香港賽馬會撥贈5,000元作為補助擴建聖堂之用，大埔墟張貴先生設計畫則，南華莆信徒所設的南華建築公司負責承建，遂於1951年進行擴建，10月15日晨，由凌道場先生動土，徐黃英桃女士奠基，宣告興工。擴建聖堂分上下二層，上層為禮堂，可容400坐位，樓下則闢為青年部、圖書室、接待室、主日學課室及文娛活動室等，全部工程，共享港幣40,000元。教堂擴建完成，於12月23日正午12時，舉行獻堂典禮，由區會洪德仁區牧主禮。
崇謙堂曾於1956年10月決議創辦本堂幼稚園，至1957年3月1日在教堂樓下改辟課室，正式開學，由初期之40餘人，增至高峰期200餘人。
信徒數目不斷增加，已逾千人，擴建後的教堂復覺狹窄，於1962年決議再度擴建，於現堂右側山坡，向政府申購，作為新堂及傳道人與職員宿舍，並附設幼稚園。即發起擴建募捐，鼓勵會內信眾，每人每月認捐固定金額，按月繳交至擴建完成為止，更蒙西差會允補助建築費20萬馬克，到1967年崇謙堂董事會再擴大募捐。本可早日動工，但區會所屬一支會與主體意見分歧，教育司對擴建幼稚園事延緩批示，直到支會與區會複合，教育司才批示照準，教會立即進行各項擴建計畫。1974年夏，政府批准所有建築手續，逐招標建築，秋末主日崇拜後，由會長王新民先生主持動土典禮。翌日建築公司開始整理地盤，但鄰近村民以侵占及破壞風水為由，力加反對，教會惟有放棄該處地基，從新物色地點。
1977年崇謙堂董事會用157,498元購得崇謙堂村口左側兩塊田地，總面積約有22,000平方尺，前面一塊作為建造新堂，後面一塊則作為運動場。1978年將山坡地段交回政府，獲豁免補償地價，並批准在新購地段建造新堂。1982年5月2日巴色母會東亞總牧都謀道牧師到港巡視，順道到來舉行動土典禮，同年聖誕節前12月19日主日崇拜後舉行奠基，由巴色會駐港代表陸漢思牧師主禮。1983年夏初建堂工作已接近完成，新堂二樓為禮拜堂，樓下則為幼稚園、職員住所相連在另一座，在該座地下一層則有辦公室及副堂，副堂可容六、七十人。1983年10月23日禮拜日舉行獻堂開幕典禮，先在舊堂舉行簡短主日崇拜，由主禮人及詩班領導向新堂進發，直至二樓禮拜堂正門，巴色會駐香港會長陸漢思牧師啟吁，並引導會眾進入堂內。
崇謙堂村
崇謙堂村於1903年由退休的客籍巴色差會傳教士凌啟蓮牧師創立，是一個客家基督徒社區。凌啟蓮偕同家人由廣東省寶安縣布吉鄉來到新界粉嶺購買田地發展農業。當時崇謙堂村現址尚為一片禾田，凌牧師擲資購買田地並建造村屋數間，以安置佃農。村內有名為“乾德樓”的兩間村屋，建於1910年，是兩層高的客家式的住宅，為崇謙堂第一所崇拜用之禮拜堂，在新教堂啟用後，則作為傳道人住所，為彭樂三先生與凌善元牧師的故居，外有矮牆，大門上刻“乾德門”。
